• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利：CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法，用中文像聊天一样搜索，搜遍4000万医学文献。AI智能推荐，让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版，准确专业，支持PDF/Word/PPT等文件格式，支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述，25分钟生成高质量综述，智能提取关键信息，辅助科研写作。

立即免费体验

EGene：用于自动序列分析的可配置流水线生成系统。

EGene: a configurable pipeline generation system for automated sequence analysis.

作者信息

Durham Alan M, Kashiwabara André Y, Matsunaga Fernando T G, Ahagon Paulo H, Rainone Flávia, Varuzza Leonardo, Gruber Arthur

机构信息

Depto. de Ciências da Computação, Instituto de Matemática e Estatística São Paulo, SP, 05508-900, Brazil.

出版信息

Bioinformatics. 2005 Jun 15;21(12):2812-3. doi: 10.1093/bioinformatics/bti424. Epub 2005 Apr 6.

DOI:10.1093/bioinformatics/bti424
PMID:15814554
Abstract

UNLABELLED

EGene is a generic, flexible and modular pipeline generation system that makes pipeline construction a modular job. EGene allows for third-party programs to be used and integrated according to the needs of distinct projects and without any previous programming or formal language experience being required. EGene comes with CoEd, a visual tool to facilitate pipeline construction and documentation. A series of components to build pipelines for sequence processing is provided.

AVAILABILITY

http://www.lbm.fmvz.usp.br/egene/

CONTACT

alan@ime.usp.br; argruber@usp.br

SUPPLEMENTARY INFORMATION

http://www.lbm.fmvz.usp.br/egene/

摘要

未标注

EGene是一个通用、灵活且模块化的管道生成系统，它使管道构建成为一项模块化工作。EGene允许根据不同项目的需求使用和集成第三方程序，且无需任何先前的编程经验或形式语言经验。EGene附带了CoEd，这是一个用于促进管道构建和文档编制的可视化工具。提供了一系列用于构建序列处理管道的组件。

可用性

http://www.lbm.fmvz.usp.br/egene/

联系方式

alan@ime.usp.br；argruber@usp.br

补充信息

http://www.lbm.fmvz.usp.br/egene/

相似文献

1
EGene: a configurable pipeline generation system for automated sequence analysis.EGene：用于自动序列分析的可配置流水线生成系统。
Bioinformatics. 2005 Jun 15;21(12):2812-3. doi: 10.1093/bioinformatics/bti424. Epub 2005 Apr 6.
2
PLATCOM: a Platform for Computational Comparative Genomics.PLATCOM：一个用于计算比较基因组学的平台。
Bioinformatics. 2005 May 15;21(10):2514-6. doi: 10.1093/bioinformatics/bti350. Epub 2005 Feb 24.
3
VAMP: visualization and analysis of array-CGH, transcriptome and other molecular profiles.VAMP：阵列比较基因组杂交、转录组及其他分子图谱的可视化与分析
Bioinformatics. 2006 Sep 1;22(17):2066-73. doi: 10.1093/bioinformatics/btl359. Epub 2006 Jul 4.
4
TOPP--the OpenMS proteomics pipeline.TOPP——开放式质谱蛋白质组学流程
Bioinformatics. 2007 Jan 15;23(2):e191-7. doi: 10.1093/bioinformatics/btl299.
5
ESTuber db: an online database for Tuber borchii EST sequences.ESTuber数据库：一个用于意大利白块菌EST序列的在线数据库。
BMC Bioinformatics. 2007 Mar 8;8 Suppl 1(Suppl 1):S13. doi: 10.1186/1471-2105-8-S1-S13.
6
LS-SNP: large-scale annotation of coding non-synonymous SNPs based on multiple information sources.LS-SNP：基于多信息源的编码非同义单核苷酸多态性的大规模注释
Bioinformatics. 2005 Jun 15;21(12):2814-20. doi: 10.1093/bioinformatics/bti442. Epub 2005 Apr 12.
7
BIAS: Bioinformatics Integrated Application Software.BIAS：生物信息学集成应用软件。
Bioinformatics. 2005 Apr 15;21(8):1745-6. doi: 10.1093/bioinformatics/bti170. Epub 2004 Nov 30.
8
JUICE: a data management system that facilitates the analysis of large volumes of information in an EST project workflow.JUICE：一个数据管理系统，可在EST项目工作流程中促进对大量信息的分析。
BMC Bioinformatics. 2006 Nov 23;7:513. doi: 10.1186/1471-2105-7-513.
9
SNPP: automating large-scale SNP genotype data management.SNPP：大规模单核苷酸多态性（SNP）基因型数据管理自动化
Bioinformatics. 2005 Jan 15;21(2):266-8. doi: 10.1093/bioinformatics/bth486. Epub 2004 Sep 17.
10
GeneTools--application for functional annotation and statistical hypothesis testing.基因工具——用于功能注释和统计假设检验的应用程序。
BMC Bioinformatics. 2006 Oct 24;7:470. doi: 10.1186/1471-2105-7-470.

引用本文的文献

1
Draft Genome Sequence of Curtobacterium sp. Strain ER1/6, an Endophytic Strain Isolated from Citrus sinensis with Potential To Be Used as a Biocontrol Agent.来自甜橙的具有生防潜力的内生菌株短小杆菌属菌株ER1/6的基因组序列草图
Genome Announc. 2016 Nov 17;4(6):e01264-16. doi: 10.1128/genomeA.01264-16.
2
GenSeed-HMM: A Tool for Progressive Assembly Using Profile HMMs as Seeds and its Application in Alpavirinae Viral Discovery from Metagenomic Data.GenSeed-HMM：一种使用隐马尔可夫模型轮廓作为种子进行渐进式组装的工具及其在从宏基因组数据中发现阿尔帕病毒科病毒中的应用
Front Microbiol. 2016 Mar 4;7:269. doi: 10.3389/fmicb.2016.00269. eCollection 2016.
3
The Pangenome of the Anticarsia gemmatalis Multiple Nucleopolyhedrovirus (AgMNPV).
甜菜夜蛾多核多角体病毒（AgMNPV）的泛基因组
Genome Biol Evol. 2015 Nov 27;8(1):94-108. doi: 10.1093/gbe/evv231.
4
Insights into the dynamics of hind leg development in honey bee (Apis mellifera L.) queen and worker larvae - A morphology/differential gene expression analysis.蜜蜂（西方蜜蜂）蜂王和工蜂幼虫后腿发育动态的研究——形态学/差异基因表达分析
Genet Mol Biol. 2015 Jul-Sep;38(3):263-77. doi: 10.1590/S1415-475738320140393. Epub 2015 Aug 21.
5
Begin at the beginning: A BAC-end view of the passion fruit (Passiflora) genome.从头开始：百香果（西番莲属）基因组的BAC末端视图
BMC Genomics. 2014 Sep 26;15(1):816. doi: 10.1186/1471-2164-15-816.
6
Identification of differentially expressed genes in female Drosophila antonietae and Drosophila meridionalis in response to host cactus odor.鉴定雌性果蝇 antonietae 和果蝇 meridionalis 对宿主仙人掌气味反应的差异表达基因。
BMC Evol Biol. 2014 Sep 2;14:191. doi: 10.1186/s12862-014-0191-2.
7
The mitochondrial genome of the leaf-cutter ant Atta laevigata: a mitogenome with a large number of intergenic spacers.切叶蚁Atta laevigata的线粒体基因组：一个具有大量基因间隔区的线粒体基因组。
PLoS One. 2014 May 14;9(5):e97117. doi: 10.1371/journal.pone.0097117. eCollection 2014.
8
Sequence and expression characteristics of long noncoding RNAs in honey bee caste development--potential novel regulators for transgressive ovary size.长链非编码 RNA 在蜜蜂品级发育中的序列和表达特征——对卵巢大小超亲代的潜在新型调控因子。
PLoS One. 2013 Oct 31;8(10):e78915. doi: 10.1371/journal.pone.0078915. eCollection 2013.
9
The Eimeria transcript DB: an integrated resource for annotated transcripts of protozoan parasites of the genus Eimeria.艾美虫转录数据库：原生动物艾美耳属寄生虫注释转录本的综合资源。
Database (Oxford). 2013 Feb 14;2013:bat006. doi: 10.1093/database/bat006. Print 2013.
10
XiP: a computational environment to create, extend and share workflows.XiP：一个用于创建、扩展和共享工作流程的计算环境。
Bioinformatics. 2013 Jan 1;29(1):137-9. doi: 10.1093/bioinformatics/bts630. Epub 2012 Oct 25.