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弥合医学与生物信息学之间的差距:结肠癌的本体论案例研究

Bridging the gap between medical and bioinformatics: an ontological case study in colon carcinoma.

作者信息

Kumar Anand, Yip Yum Lina, Smith Barry, Grenon Pierre

机构信息

IFOMIS, University of Saarland, Saarbruecken, Germany.

出版信息

Comput Biol Med. 2006 Jul-Aug;36(7-8):694-711. doi: 10.1016/j.compbiomed.2005.07.001. Epub 2005 Dec 15.

DOI:10.1016/j.compbiomed.2005.07.001
PMID:16343472
Abstract

Ontological principles are needed in order to bridge the gap between medical and biological information in a robust and computable fashion. This is essential in order to draw inferences across the levels of granularity which span medicine and biology, an example of which include the understanding of the roles of tumor markers in the development and progress of carcinoma. Such information integration is also important for the integration of genomics information with the information contained in the electronic patient records in such a way that real time conclusions can be drawn. In this paper, we describe a large multi-granular datasource built by using ontological principles and focusing on the case of colon carcinoma.

摘要

为了以一种稳健且可计算的方式弥合医学和生物学信息之间的差距,需要本体论原则。这对于跨越医学和生物学的不同粒度层次进行推理至关重要,例如理解肿瘤标志物在癌症发生和发展中的作用。这种信息整合对于将基因组学信息与电子病历中包含的信息进行整合,以便能够得出实时结论也很重要。在本文中,我们描述了一个通过使用本体论原则构建的大型多粒度数据源,并重点关注结肠癌的情况。

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