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磷酸化位点识别基序的聚类可用于预测细胞周期蛋白依赖性激酶的靶点。

Clustering of phosphorylation site recognition motifs can be exploited to predict the targets of cyclin-dependent kinase.

作者信息

Moses Alan M, Hériché Jean-Karim, Durbin Richard

机构信息

Wellcome Trust Sanger Institute, Wellcome Trust Genome Campus, Hinxton, Cambridge, CB10 1HH, UK.

出版信息

Genome Biol. 2007;8(2):R23. doi: 10.1186/gb-2007-8-2-r23.

DOI:10.1186/gb-2007-8-2-r23
PMID:17316440
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC1852407/
Abstract

Protein kinases are critical to cellular signalling and post-translational gene regulation, but their biological substrates are difficult to identify. We show that cyclin-dependent kinase (CDK) consensus motifs are frequently clustered in CDK substrate proteins. Based on this, we introduce a new computational strategy to predict the targets of CDKs and use it to identify new biologically interesting candidates. Our data suggest that regulatory modules may exist in protein sequence as clusters of short sequence motifs.

摘要

蛋白激酶对细胞信号传导和翻译后基因调控至关重要，但其生物学底物难以确定。我们发现细胞周期蛋白依赖性激酶（CDK）共有基序经常聚集在CDK底物蛋白中。基于此，我们引入了一种新的计算策略来预测CDK的靶标，并利用它来识别新的具有生物学意义的候选物。我们的数据表明，调控模块可能以短序列基序簇的形式存在于蛋白质序列中。

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