• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利:CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法,用中文像聊天一样搜索,搜遍4000万医学文献。AI智能推荐,让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版,准确专业,支持PDF/Word/PPT等文件格式,支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述,25分钟生成高质量综述,智能提取关键信息,辅助科研写作。

立即免费体验

AMoRe:古典与现代。

AMoRe: classical and modern.

作者信息

Trapani Stefano, Navaza Jorge

机构信息

IBS, Institut de Biologie Structurale Jean-Pierre Ebel, 41 Rue Jules Horowitz, F-38027 Grenoble, CEA, France.

出版信息

Acta Crystallogr D Biol Crystallogr. 2008 Jan;64(Pt 1):11-6. doi: 10.1107/S0907444907044460. Epub 2007 Dec 5.

DOI:10.1107/S0907444907044460
PMID:18094462
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC2394814/
Abstract

An account is given of the latest developments of the AMoRe package: new rotational search algorithms, exploitation of noncrystallographic symmetry, generation and use of ensemble models and interactive graphical molecular replacement.

摘要

本文介绍了AMoRe软件包的最新进展:新的旋转搜索算法、非晶体学对称性的利用、集合模型的生成与使用以及交互式图形分子置换。

https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/049f/2644914/21d65c74a65c/d-64-00011-fig3.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/049f/2644914/57839a17c429/d-64-00011-fig1.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/049f/2644914/9d16f4f548b8/d-64-00011-fig2.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/049f/2644914/21d65c74a65c/d-64-00011-fig3.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/049f/2644914/57839a17c429/d-64-00011-fig1.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/049f/2644914/9d16f4f548b8/d-64-00011-fig2.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/049f/2644914/21d65c74a65c/d-64-00011-fig3.jpg

相似文献

1
AMoRe: classical and modern.AMoRe:古典与现代。
Acta Crystallogr D Biol Crystallogr. 2008 Jan;64(Pt 1):11-6. doi: 10.1107/S0907444907044460. Epub 2007 Dec 5.
2
The Fab and Fc fragments of IgA1 exhibit a different arrangement from that in IgG: a study by X-ray and neutron solution scattering and homology modelling.IgA1的Fab和Fc片段呈现出与IgG不同的排列方式:一项通过X射线和中子溶液散射以及同源建模的研究。
J Mol Biol. 1999 Mar 12;286(5):1421-47. doi: 10.1006/jmbi.1998.2556.
3
Crystal structure of Fab198, an efficient protector of the acetylcholine receptor against myasthenogenic antibodies.Fab198的晶体结构,一种乙酰胆碱受体抵御致重症肌无力抗体的高效保护剂。
Eur J Biochem. 2001 Jul;268(13):3685-93. doi: 10.1046/j.1432-1327.2001.02274.x.
4
An approach to multi-copy search in molecular replacement.分子置换中多拷贝搜索的一种方法。
Acta Crystallogr D Biol Crystallogr. 2000 Dec;56(Pt 12):1622-4. doi: 10.1107/s0907444900013780.
5
Structure of a monoclonal 2E8 Fab antibody fragment specific for the low-density lipoprotein-receptor binding region of apolipoprotein E refined at 1.9 A.针对载脂蛋白E低密度脂蛋白受体结合区域的单克隆2E8 Fab抗体片段的结构,分辨率为1.9埃。
Acta Crystallogr D Biol Crystallogr. 1999 Jan;55(Pt 1):122-8. doi: 10.1107/S090744499800938X. Epub 1999 Jan 1.
6
On the use of strong Patterson function signals in many-body molecular replacement.关于在多体分子置换中强帕特森函数信号的应用。
Acta Crystallogr D Biol Crystallogr. 1998 Sep 1;54(Pt 5):817-21. doi: 10.1107/s0907444997019434.
7
Structure of an immunoglobulin Fab fragment specific for poly(dG).poly(dC).对聚(dG)·聚(dC)具有特异性的免疫球蛋白Fab片段的结构。
J Biol Chem. 1994 Feb 4;269(5):3605-14.
8
Ligand-induced domain movement in an antibody Fab: molecular dynamics studies confirm the unique domain movement observed experimentally for Fab NC6.8 upon complexation and reveal its segmental flexibility.配体诱导的抗体Fab结构域运动:分子动力学研究证实了实验观察到的Fab NC6.8在形成复合物时独特的结构域运动,并揭示了其片段灵活性。
J Mol Biol. 1998 May 1;278(2):301-6. doi: 10.1006/jmbi.1998.1684.
9
Elbow flexibility and ligand-induced domain rearrangements in antibody Fab NC6.8: large effects of a small hapten.抗体Fab NC6.8中的肘部灵活性和配体诱导的结构域重排:小分子半抗原的巨大影响
Biophys J. 2000 Aug;79(2):614-28. doi: 10.1016/S0006-3495(00)76320-X.
10
Crystallographic analysis of the interaction between cyclosporin A and the Fab fragment of a monoclonal antibody.环孢菌素A与单克隆抗体Fab片段相互作用的晶体学分析
Proteins. 1993 Apr;15(4):339-48. doi: 10.1002/prot.340150402.

引用本文的文献

1
The CCP4 suite: integrative software for macromolecular crystallography.Ccp4 套件:用于大分子晶体学的集成软件。
Acta Crystallogr D Struct Biol. 2023 Jun 1;79(Pt 6):449-461. doi: 10.1107/S2059798323003595. Epub 2023 May 30.
2
Structural basis of peptidoglycan endopeptidase regulation.肽聚糖内肽酶调控的结构基础。
Proc Natl Acad Sci U S A. 2020 May 26;117(21):11692-11702. doi: 10.1073/pnas.2001661117. Epub 2020 May 11.
3
Insights into the ubiquitin transfer cascade catalyzed by the effector SidC.解析效应因子 SidC 催化的泛素转移级联反应

本文引用的文献

1
The concept of resolution in the domain of rotations.旋转领域中的分辨率概念。
Acta Crystallogr A. 2007 Mar;63(Pt 2):126-30. doi: 10.1107/S0108767306055310. Epub 2007 Feb 15.
2
Calculation of spherical harmonics and Wigner d functions by FFT. Applications to fast rotational matching in molecular replacement and implementation into AMoRe.通过快速傅里叶变换计算球谐函数和维格纳d函数。在分子置换快速旋转匹配中的应用及在AMoRe中的实现。
Acta Crystallogr A. 2006 Jul;62(Pt 4):262-9. doi: 10.1107/S0108767306017478. Epub 2006 Jun 21.
3
Combining experimental data for structure determination of flexible multimeric macromolecules by molecular replacement.
Elife. 2018 Jul 17;7:e36154. doi: 10.7554/eLife.36154.
4
Mechanism of phosphoribosyl-ubiquitination mediated by a single Legionella effector.由单个军团菌效应蛋白介导的磷酸核糖基泛素化机制。
Nature. 2018 May;557(7707):729-733. doi: 10.1038/s41586-018-0147-6. Epub 2018 May 23.
5
Databases, Repositories, and Other Data Resources in Structural Biology.结构生物学中的数据库、储存库及其他数据资源。
Methods Mol Biol. 2017;1607:643-665. doi: 10.1007/978-1-4939-7000-1_27.
6
Engineering Archeal Surrogate Systems for the Development of Protein-Protein Interaction Inhibitors against Human RAD51.构建古菌替代系统以开发针对人类RAD51的蛋白质-蛋白质相互作用抑制剂。
J Mol Biol. 2016 Nov 20;428(23):4589-4607. doi: 10.1016/j.jmb.2016.10.009. Epub 2016 Oct 8.
7
ATP half-sites in RadA and RAD51 recombinases bind nucleotides.RadA和RAD51重组酶中的ATP半位点结合核苷酸。
FEBS Open Bio. 2016 Apr 6;6(5):372-85. doi: 10.1002/2211-5463.12052. eCollection 2016 May.
8
Structure of the Legionella Virulence Factor, SidC Reveals a Unique PI(4)P-Specific Binding Domain Essential for Its Targeting to the Bacterial Phagosome.嗜肺军团菌毒力因子SidC的结构揭示了一个独特的PI(4)P特异性结合结构域,该结构域对其靶向细菌吞噬体至关重要。
PLoS Pathog. 2015 Jun 12;11(6):e1004965. doi: 10.1371/journal.ppat.1004965. eCollection 2015 Jun.
9
Molecular basis of E. coli L-threonine aldolase catalytic inactivation at low pH.大肠杆菌L-苏氨酸醛缩酶在低pH值下催化失活的分子基础
Biochim Biophys Acta. 2015 Apr;1854(4):278-83. doi: 10.1016/j.bbapap.2014.12.023. Epub 2015 Jan 2.
10
Structural analysis and mutant growth properties reveal distinctive enzymatic and cellular roles for the three major L-alanine transaminases of Escherichia coli.结构分析和突变体生长特性揭示了大肠杆菌三种主要L-丙氨酸转氨酶独特的酶促作用和细胞功能。
PLoS One. 2014 Jul 11;9(7):e102139. doi: 10.1371/journal.pone.0102139. eCollection 2014.
结合用于通过分子置换确定柔性多聚体大分子结构的实验数据。
Acta Crystallogr D Biol Crystallogr. 2006 May;62(Pt 5):467-75. doi: 10.1107/S0907444906005361. Epub 2006 Apr 19.
4
On the computation of the fast rotation function.关于快速旋转函数的计算
Acta Crystallogr D Biol Crystallogr. 1993 Nov 1;49(Pt 6):588-91. doi: 10.1107/S0907444993005141.
5
The importance of alignment accuracy for molecular replacement.分子置换中比对准确性的重要性。
Acta Crystallogr D Biol Crystallogr. 2004 Jul;60(Pt 7):1229-36. doi: 10.1107/S0907444904010145. Epub 2004 Jun 22.
6
Structural genomics of highly conserved microbial genes of unknown function in search of new antibacterial targets.寻找新型抗菌靶点的未知功能高度保守微生物基因的结构基因组学
J Struct Funct Genomics. 2003;4(2-3):141-57. doi: 10.1023/a:1026177202925.
7
On the fitting of model electron densities into EM reconstructions: a reciprocal-space formulation.关于将模型电子密度拟合到电子显微镜重建结果中:一种倒易空间公式化方法。
Acta Crystallogr D Biol Crystallogr. 2002 Oct;58(Pt 10 Pt 2):1820-5. doi: 10.1107/s0907444902013707. Epub 2002 Sep 28.
8
Solution solution: using NMR models for molecular replacement.解决方案:使用核磁共振模型进行分子置换。
Acta Crystallogr D Biol Crystallogr. 2001 Oct;57(Pt 10):1457-61. doi: 10.1107/s0907444901010824. Epub 2001 Sep 21.
9
Spherically averaged phased translation function and its application to the search for molecules and fragments in electron-density maps.球平均相位平移函数及其在电子密度图中搜索分子和片段的应用。
Acta Crystallogr D Biol Crystallogr. 2001 Oct;57(Pt 10):1451-6. doi: 10.1107/s0907444901012409. Epub 2001 Sep 21.
10
How to take advantage of non-crystallographic symmetry in molecular replacement: 'locked' rotation and translation functions.如何在分子置换中利用非晶体学对称性:“锁定”旋转和平移函数。
Acta Crystallogr D Biol Crystallogr. 2001 Oct;57(Pt 10):1383-9. doi: 10.1107/s0907444901012446. Epub 2001 Sep 21.