• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利：CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法，用中文像聊天一样搜索，搜遍4000万医学文献。AI智能推荐，让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版，准确专业，支持PDF/Word/PPT等文件格式，支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述，25分钟生成高质量综述，智能提取关键信息，辅助科研写作。

立即免费体验

MINOMICS：在基因组背景下可视化原核生物转录组学和蛋白质组学数据。

MINOMICS: visualizing prokaryote transcriptomics and proteomics data in a genomic context.

作者信息

Brouwer Rutger W W, van Hijum Sacha A F T, Kuipers Oscar P

机构信息

Department of Molecular Genetics Groningen Biomolecular Sciences and Biotechnology Institute, University of Groningen, Kerklaan 30, 9751 NN, Haren, The Netherlands.

出版信息

Bioinformatics. 2009 Jan 1;25(1):139-40. doi: 10.1093/bioinformatics/btn588. Epub 2008 Nov 12.

DOI:10.1093/bioinformatics/btn588
PMID:19008250
Abstract

UNLABELLED

We have developed MINOMICS, a tool that allows facile and in-depth visualization of prokaryotic transcriptomic and proteomic data in conjunction with genomics data. MINOMICS generates interactive linear genome maps in which multiple experimental datasets are displayed together with operon, regulatory motif, transcriptional promoter and transcriptional terminator information.

AVAILABILITY

MINOMICS is freely accessible at http://www.minomics.nl

摘要

未标注

我们开发了MINOMICS，这是一种工具，可将原核生物转录组学和蛋白质组学数据与基因组学数据相结合，实现便捷且深入的可视化。MINOMICS生成交互式线性基因组图谱，其中多个实验数据集与操纵子、调控基序、转录启动子和转录终止子信息一起显示。

可用性

可通过http://www.minomics.nl免费访问MINOMICS。

相似文献

1
MINOMICS: visualizing prokaryote transcriptomics and proteomics data in a genomic context.MINOMICS：在基因组背景下可视化原核生物转录组学和蛋白质组学数据。
Bioinformatics. 2009 Jan 1;25(1):139-40. doi: 10.1093/bioinformatics/btn588. Epub 2008 Nov 12.
2
MOTIFATOR: detection and characterization of regulatory motifs using prokaryote transcriptome data.MOTIFATOR：利用原核生物转录组数据检测和表征调控基序
Bioinformatics. 2009 Feb 15;25(4):550-1. doi: 10.1093/bioinformatics/btp013. Epub 2009 Jan 25.
3
ProGenExpress: visualization of quantitative data on prokaryotic genomes.ProGenExpress：原核生物基因组定量数据的可视化
BMC Bioinformatics. 2005 Apr 13;6:98. doi: 10.1186/1471-2105-6-98.
4
Pathway-based visualization of cross-platform microarray datasets.基于通路的跨平台微阵列数据集可视化。
Bioinformatics. 2012 Dec 1;28(23):3021-6. doi: 10.1093/bioinformatics/bts583. Epub 2012 Oct 9.
5
PredictRegulon: a web server for the prediction of the regulatory protein binding sites and operons in prokaryote genomes.PredictRegulon：用于预测原核生物基因组中调控蛋白结合位点和操纵子的网络服务器。
Nucleic Acids Res. 2004 Jul 1;32(Web Server issue):W318-20. doi: 10.1093/nar/gkh364.
6
GARBAN II: an integrative framework for extracting biological information from proteomic and genomic data.GARBAN II：一个用于从蛋白质组学和基因组学数据中提取生物信息的综合框架。
Proteomics. 2006 Apr;6 Suppl 1:S12-5. doi: 10.1002/pmic.200500313.
7
FatiGO +: a functional profiling tool for genomic data. Integration of functional annotation, regulatory motifs and interaction data with microarray experiments.FatiGO +：一种用于基因组数据的功能分析工具。功能注释、调控基序和相互作用数据与微阵列实验的整合。
Nucleic Acids Res. 2007 Jul;35(Web Server issue):W91-6. doi: 10.1093/nar/gkm260. Epub 2007 May 3.
8
VESPA: software to facilitate genomic annotation of prokaryotic organisms through integration of proteomic and transcriptomic data.VESPA：通过整合蛋白质组学和转录组学数据，为原核生物的基因组注释提供便利的软件。
BMC Genomics. 2012 Apr 5;13:131. doi: 10.1186/1471-2164-13-131.
9
WebACT--an online companion for the Artemis Comparison Tool.WebACT——阿耳忒弥斯比较工具的在线辅助工具。
Bioinformatics. 2005 Sep 15;21(18):3665-6. doi: 10.1093/bioinformatics/bti601. Epub 2005 Aug 2.
10
SMART 4.0: towards genomic data integration.SMART 4.0：迈向基因组数据整合
Nucleic Acids Res. 2004 Jan 1;32(Database issue):D142-4. doi: 10.1093/nar/gkh088.

引用本文的文献

1
Proteomics progresses in microbial physiology and clinical antimicrobial therapy.蛋白质组学在微生物生理学和临床抗菌治疗中的进展。
Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 2017 Mar;36(3):403-413. doi: 10.1007/s10096-016-2816-4. Epub 2016 Nov 4.
2
GAPP: A Proteogenomic Software for Genome Annotation and Global Profiling of Post-translational Modifications in Prokaryotes.GAPP：一种用于原核生物基因组注释和翻译后修饰全局分析的蛋白质基因组学软件。
Mol Cell Proteomics. 2016 Nov;15(11):3529-3539. doi: 10.1074/mcp.M116.060046. Epub 2016 Sep 14.
3
Proteogenomics from a bioinformatics angle: A growing field.
从生物信息学角度看蛋白质基因组学：一个不断发展的领域。
Mass Spectrom Rev. 2017 Sep;36(5):584-599. doi: 10.1002/mas.21483. Epub 2015 Dec 15.
4
ESSENTIALS: software for rapid analysis of high throughput transposon insertion sequencing data.ESSENTIALS：一种用于快速分析高通量转座子插入测序数据的软件。
PLoS One. 2012;7(8):e43012. doi: 10.1371/journal.pone.0043012. Epub 2012 Aug 10.
5
PhenoLink--a web-tool for linking phenotype to ~omics data for bacteria: application to gene-trait matching for Lactobacillus plantarum strains.PhenoLink--一个将表型与细菌的组学数据相链接的网络工具：在植物乳杆菌菌株的基因-表型匹配中的应用。
BMC Genomics. 2012 May 4;13:170. doi: 10.1186/1471-2164-13-170.
6
Genome-scale diversity and niche adaptation analysis of Lactococcus lactis by comparative genome hybridization using multi-strain arrays.利用多菌株阵列比较基因组杂交分析乳球菌的全基因组多样性和生态位适应。
Microb Biotechnol. 2011 May;4(3):383-402. doi: 10.1111/j.1751-7915.2011.00247.x. Epub 2011 Feb 21.
7
Mixed-culture transcriptome analysis reveals the molecular basis of mixed-culture growth in Streptococcus thermophilus and Lactobacillus bulgaricus.混合培养转录组分析揭示了嗜热链球菌和保加利亚乳杆菌混合培养生长的分子基础。
Appl Environ Microbiol. 2010 Dec;76(23):7775-84. doi: 10.1128/AEM.01122-10. Epub 2010 Oct 1.