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RICD：一个用于水稻功能基因组学的籼稻cDNA数据库资源。

RICD: a rice indica cDNA database resource for rice functional genomics.

作者信息

Lu Tingting, Huang Xuehui, Zhu Chuanrang, Huang Tao, Zhao Qiang, Xie Kabing, Xiong Lizhong, Zhang Qifa, Han Bin

机构信息

National Center for Gene Research & Institute of Plant Physiology and Ecology, Shanghai Institutes of Biological Sciences, Chinese Academy of Sciences, PR China.

出版信息

BMC Plant Biol. 2008 Nov 26;8:118. doi: 10.1186/1471-2229-8-118.

DOI:10.1186/1471-2229-8-118
PMID:19036133
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC2605458/
Abstract

BACKGROUND

The Oryza sativa L. indica subspecies is the most widely cultivated rice. During the last few years, we have collected over 20,000 putative full-length cDNAs and over 40,000 ESTs isolated from various cDNA libraries of two indica varieties Guangluai 4 and Minghui 63. A database of the rice indica cDNAs was therefore built to provide a comprehensive web data source for searching and retrieving the indica cDNA clones.

RESULTS

Rice Indica cDNA Database (RICD) is an online MySQL-PHP driven database with a user-friendly web interface. It allows investigators to query the cDNA clones by keyword, genome position, nucleotide or protein sequence, and putative function. It also provides a series of information, including sequences, protein domain annotations, similarity search results, SNPs and InDels information, and hyperlinks to gene annotation in both The Rice Annotation Project Database (RAP-DB) and The TIGR Rice Genome Annotation Resource, expression atlas in RiceGE and variation report in Gramene of each cDNA.

CONCLUSION

The online rice indica cDNA database provides cDNA resource with comprehensive information to researchers for functional analysis of indica subspecies and for comparative genomics. The RICD database is available through our website http://www.ncgr.ac.cn/ricd.

摘要

背景

籼稻是种植最为广泛的水稻亚种。在过去几年中，我们从两个籼稻品种广陆矮4号和明恢63的各种cDNA文库中收集了20000多个假定的全长cDNA和40000多个EST。因此构建了一个籼稻cDNA数据库，为搜索和检索籼稻cDNA克隆提供一个全面的网络数据源。

结果

籼稻cDNA数据库（RICD）是一个由MySQL-PHP驱动的在线数据库，具有用户友好的网络界面。它允许研究人员通过关键词、基因组位置、核苷酸或蛋白质序列以及假定功能来查询cDNA克隆。它还提供了一系列信息，包括序列、蛋白质结构域注释、相似性搜索结果、SNP和InDel信息，以及指向水稻注释项目数据库（RAP-DB）和TIGR水稻基因组注释资源中基因注释的超链接、RiceGE中的表达图谱以及每个cDNA在Gramene中的变异报告。

结论

在线籼稻cDNA数据库为研究人员提供了具有全面信息的cDNA资源，用于籼稻亚种的功能分析和比较基因组学研究。可通过我们的网站http://www.ncgr.ac.cn/ricd访问RICD数据库。

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