• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利:CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法,用中文像聊天一样搜索,搜遍4000万医学文献。AI智能推荐,让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版,准确专业,支持PDF/Word/PPT等文件格式,支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述,25分钟生成高质量综述,智能提取关键信息,辅助科研写作。

立即免费体验

DNA序列中的组成变化。

Compositional variations in DNA sequences.

作者信息

Nussinov R

机构信息

Laboratory of Mathematical Biology, NCI, NIH, Bethesda, MD 20892.

出版信息

Comput Appl Biosci. 1991 Jul;7(3):287-93. doi: 10.1093/bioinformatics/7.3.287.

DOI:10.1093/bioinformatics/7.3.287
PMID:1913208
Abstract

Biologically occurring nucleotide sequences differ from randomly generated ones. Here we describe general patterns found in prokaryotic and in eukaryotic DNA. In the accompanying paper (Nussinov, 1991) we also describe DNA signals recognized by their corresponding protein factors. In particular, we focus on modes of searches for such patterns and signals and on the potential properties such sequences may possess.

摘要

生物产生的核苷酸序列与随机生成的序列不同。在此我们描述原核生物和真核生物DNA中发现的一般模式。在随附的论文(努西诺夫,1991年)中,我们还描述了被其相应蛋白质因子识别的DNA信号。特别地,我们专注于寻找此类模式和信号的方式以及此类序列可能具有的潜在特性。

相似文献

1
Compositional variations in DNA sequences.DNA序列中的组成变化。
Comput Appl Biosci. 1991 Jul;7(3):287-93. doi: 10.1093/bioinformatics/7.3.287.
2
Signals in DNA sequences and their potential properties.DNA序列中的信号及其潜在特性。
Comput Appl Biosci. 1991 Jul;7(3):295-9. doi: 10.1093/bioinformatics/7.3.295.
3
Genomes are covered with ubiquitous 11 bp periodic patterns, the "class A flexible patterns".基因组覆盖着普遍存在的11个碱基对的周期性模式,即“A类柔性模式”。
BMC Bioinformatics. 2005 Aug 24;6:206. doi: 10.1186/1471-2105-6-206.
4
Methods for calculating the probabilities of finding patterns in sequences.计算序列中模式出现概率的方法。
Comput Appl Biosci. 1989 Apr;5(2):89-96. doi: 10.1093/bioinformatics/5.2.89.
5
Detecting periodic patterns in biological sequences.检测生物序列中的周期性模式。
Bioinformatics. 1998;14(6):498-507. doi: 10.1093/bioinformatics/14.6.498.
6
DNA sequence compression using the burrows-wheeler transform.使用Burrows-Wheeler变换的DNA序列压缩
Proc IEEE Comput Soc Bioinform Conf. 2002;1:303-13.
7
Detection of inter-spread repeat sequence in genomic DNA sequence.基因组DNA序列中散布重复序列的检测。
Genome Inform. 2004;15(1):170-9.
8
WindowMasker: window-based masker for sequenced genomes.窗口掩码器:用于测序基因组的基于窗口的掩码器。
Bioinformatics. 2006 Jan 15;22(2):134-41. doi: 10.1093/bioinformatics/bti774. Epub 2005 Nov 15.
9
DNA profiling by detection of repetitive nucleotide sequences on human chromosome 6.
Acta Biol Hung. 2002;53(4):495-8. doi: 10.1556/ABiol.53.2002.4.10.
10
Using RepeatMasker to identify repetitive elements in genomic sequences.使用RepeatMasker来识别基因组序列中的重复元件。
Curr Protoc Bioinformatics. 2004 May;Chapter 4:Unit 4.10. doi: 10.1002/0471250953.bi0410s05.

引用本文的文献

1
Modeling binding specificities of transcription factor pairs with random forests.用随机森林模型模拟转录因子对的结合特异性。
BMC Bioinformatics. 2022 Jun 3;23(1):212. doi: 10.1186/s12859-022-04734-7.
2
HIV chromatin is a preferred target for drugs that bind in the DNA minor groove.HIV 染色质是结合在 DNA 小沟中的药物的首选靶标。
PLoS One. 2019 Dec 30;14(12):e0216515. doi: 10.1371/journal.pone.0216515. eCollection 2019.
3
Comparative analysis using K-mer and K-flank patterns provides evidence for CpG island sequence evolution in mammalian genomes.
使用 K-mer 和 K-flank 模式进行比较分析为哺乳动物基因组中 CpG 岛序列的进化提供了证据。
Nucleic Acids Res. 2013 May;41(9):4783-91. doi: 10.1093/nar/gkt144. Epub 2013 Mar 21.
4
Significance tests and weighted values for AFLP similarities, based on Arabidopsis in silico AFLP fragment length distributions.基于拟南芥电子AFLP片段长度分布的AFLP相似性的显著性检验和加权值。
Genetics. 2004 Aug;167(4):1915-28. doi: 10.1534/genetics.103.015693.
5
A quality control algorithm for DNA sequencing projects.一种用于DNA测序项目的质量控制算法。
Nucleic Acids Res. 1993 Aug 11;21(16):3829-38. doi: 10.1093/nar/21.16.3829.
6
Structural and thermodynamic properties of DNA uncover different evolutionary histories.DNA的结构和热力学特性揭示了不同的进化历史。
J Mol Evol. 1995 Jun;40(6):698-704. doi: 10.1007/BF00160519.