过敏原图谱：一个全面的过敏原信息知识中心和分析资源。
Allergen Atlas: a comprehensive knowledge center and analysis resource for allergen information.
作者信息
Tong Joo Chuan, Lim Shen Jean, Muh Hon Cheng, Chew Fook Tim, Tammi Martti T
机构信息
Data Mining Department, Institute for Infocomm Research, South Tower, Singapore.
出版信息
Bioinformatics. 2009 Apr 1;25(7):979-80. doi: 10.1093/bioinformatics/btp077. Epub 2009 Feb 11.
SUMMARY
A variety of specialist databases have been developed to facilitate the study of allergens. However, these databases either contain different subsets of allergen data or are deficient in tools for assessing potential allergenicity of proteins. Here, we describe Allergen Atlas, a comprehensive repository of experimentally validated allergen sequences collected from in-house laboratory, online data submission, literature reports and all existing general-purpose and specialist databases. Each entry was manually verified, classified and hyperlinked to major databases including Swiss-Prot, Protein Data Bank (PDB), Gene Ontology (GO), Pfam and PubMed. The database is integrated with analysis tools that include: (i) keyword search, (ii) BLAST, (iii) position-specific iterative BLAST (PSI-BLAST), (iv) FAO/WHO criteria search, (v) graphical representation of allergen information network and (vi) online data submission. The latest version contains information of 1593 allergen sequences (496 IUIS allergens, 978 experimentally verified allergens and 119 new sequences), 56 IgE epitope sequences, 679 links to PDB structures and 155 links to Pfam domains.
AVAILABILITY
Allergen Atlas is freely available at http://tiger.dbs.nus.edu.sg/ATLAS/.
摘要
已开发出多种专业数据库以促进过敏原研究。然而，这些数据库要么包含不同的过敏原数据子集，要么缺乏评估蛋白质潜在致敏性的工具。在此，我们描述了过敏原图谱（Allergen Atlas），这是一个全面的数据库，收录了从内部实验室、在线数据提交、文献报告以及所有现有的通用和专业数据库中收集的经过实验验证的过敏原序列。每个条目都经过人工验证、分类，并与包括瑞士蛋白质数据库（Swiss-Prot）、蛋白质数据库（PDB）、基因本体论（GO）、蛋白质家族数据库（Pfam）和医学期刊数据库（PubMed）在内的主要数据库建立了超链接。该数据库集成了多种分析工具，包括：（i）关键词搜索，（ii）基本局部比对搜索工具（BLAST），（iii）位置特异性迭代比对搜索工具（PSI-BLAST），（iv）联合国粮食及农业组织/世界卫生组织（FAO/WHO）标准搜索，（v）过敏原信息网络的图形表示，以及（vi）在线数据提交。最新版本包含1593个过敏原序列（496个国际免疫学会联盟（IUIS）过敏原、978个经过实验验证的过敏原和119个新序列）、56个免疫球蛋白E（IgE）表位序列、679个与PDB结构的链接以及155个与Pfam结构域的链接。
可用性
可通过http://tiger.dbs.nus.edu.sg/ATLAS/免费访问过敏原图谱（Allergen Atlas）。
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