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使用XML补丁对通路模型进行版本控制。

Version control of pathway models using XML patches.

作者信息

Saffrey Peter, Orton Richard

机构信息

Department of Computing Science, University of Glasgow, Glasgow, G12 8QQ, UK.

出版信息

BMC Syst Biol. 2009 Mar 17;3:34. doi: 10.1186/1752-0509-3-34.

DOI:10.1186/1752-0509-3-34
PMID:19292901
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC2674044/
Abstract

BACKGROUND

Computational modelling has become an important tool in understanding biological systems such as signalling pathways. With an increase in size complexity of models comes a need for techniques to manage model versions and their relationship to one another. Model version control for pathway models shares some of the features of software version control but has a number of differences that warrant a specific solution.

RESULTS

We present a model version control method, along with a prototype implementation, based on XML patches. We show its application to the EGF/RAS/RAF pathway.

CONCLUSION

Our method allows quick and convenient storage of a wide range of model variations and enables a thorough explanation of these variations. Trying to produce these results without such methods results in slow and cumbersome development that is prone to frustration and human error.

摘要

背景

计算建模已成为理解诸如信号通路等生物系统的重要工具。随着模型规模复杂性的增加，需要有技术来管理模型版本及其相互关系。通路模型的模型版本控制与软件版本控制有一些共同特征，但也存在许多差异，需要特定的解决方案。

结果

我们提出了一种基于XML补丁的模型版本控制方法以及一个原型实现。我们展示了其在EGF/RAS/RAF通路中的应用。

结论

我们的方法允许快速方便地存储各种模型变体，并能对这些变体进行全面解释。若没有此类方法而试图产生这些结果，将会导致缓慢且繁琐的开发过程，容易令人沮丧且易出现人为错误。

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