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在基因调控网络推断中整合基因表达、芯片杂交（ChIP-chip）和序列数据的计算方法。

Computational approaches to the integration of gene expression, ChIP-chip and sequence data in the inference of gene regulatory networks.

作者信息

Cooke Emma J, Savage Richard S, Wild David L

机构信息

MOAC Doctoral Training Centre, University of Warwick, Coventry CV4 7AL, UK.

出版信息

Semin Cell Dev Biol. 2009 Sep;20(7):863-8. doi: 10.1016/j.semcdb.2009.08.004. Epub 2009 Aug 12.

DOI:10.1016/j.semcdb.2009.08.004
PMID:19682595
Abstract

A major challenge in systems biology is the ability to model complex regulatory interactions, such as gene regulatory networks, and a number of computational approaches have been developed over recent years to address this challenge. This paper reviews a number of these approaches, with a focus on probabilistic graphical models and the integration of diverse data sets, such as gene expression and transcription factor binding site location and activity.

摘要

系统生物学中的一个主要挑战是对复杂调控相互作用（如基因调控网络）进行建模的能力，近年来已经开发了许多计算方法来应对这一挑战。本文综述了其中的一些方法，重点关注概率图模型以及多种数据集（如基因表达、转录因子结合位点位置和活性）的整合。

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