《跨蛋白质组学分析流程指南》
A guided tour of the Trans-Proteomic Pipeline.
机构信息
Institute for Systems Biology, Seattle, WA, USA.
出版信息
Proteomics. 2010 Mar;10(6):1150-9. doi: 10.1002/pmic.200900375.
Abstract
The Trans-Proteomic Pipeline (TPP) is a suite of software tools for the analysis of MS/MS data sets. The tools encompass most of the steps in a proteomic data analysis workflow in a single, integrated software system. Specifically, the TPP supports all steps from spectrometer output file conversion to protein-level statistical validation, including quantification by stable isotope ratios. We describe here the full workflow of the TPP and the tools therein, along with an example on a sample data set, demonstrating that the setup and use of the tools are straightforward and well supported and do not require specialized informatic resources or knowledge.
摘要
跨蛋白质组分析管道（TPP）是一套用于分析 MS/MS 数据集的软件工具。这些工具在一个单一的集成软件系统中涵盖了蛋白质组学数据分析工作流程的大部分步骤。具体来说，TPP 支持从光谱仪输出文件转换到蛋白质水平统计验证的所有步骤，包括通过稳定同位素比进行定量。我们在这里描述了 TPP 的完整工作流程以及其中的工具，并提供了一个示例数据集，证明了工具的设置和使用简单明了，并且得到了很好的支持，不需要专门的信息学资源或知识。
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