• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利：CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法，用中文像聊天一样搜索，搜遍4000万医学文献。AI智能推荐，让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版，准确专业，支持PDF/Word/PPT等文件格式，支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述，25分钟生成高质量综述，智能提取关键信息，辅助科研写作。

立即免费体验

Partitioning biological data with transitivity clustering.

作者信息

Wittkop Tobias, Emig Dorothea, Lange Sita, Rahmann Sven, Albrecht Mario, Morris John H, Böcker Sebastian, Stoye Jens, Baumbach Jan

出版信息

Nat Methods. 2010 Jun;7(6):419-20. doi: 10.1038/nmeth0610-419.

DOI:10.1038/nmeth0610-419
PMID:20508635
Abstract
摘要

相似文献

1
Partitioning biological data with transitivity clustering.通过传递性聚类对生物数据进行划分。
Nat Methods. 2010 Jun;7(6):419-20. doi: 10.1038/nmeth0610-419.
2
Gaussian model-based partitioning using iterated local search.基于高斯模型的划分，采用迭代局部搜索算法。
Br J Math Stat Psychol. 2017 Feb;70(1):1-24. doi: 10.1111/bmsp.12084.
3
Clustering microarray data.聚类微阵列数据。
Methods Enzymol. 2006;411:194-213. doi: 10.1016/S0076-6879(06)11010-1.
4
Profiling local optima in K-means clustering: developing a diagnostic technique.剖析K均值聚类中的局部最优：开发一种诊断技术。
Psychol Methods. 2006 Jun;11(2):178-92. doi: 10.1037/1082-989X.11.2.178.
5
Optimally adjusted last cluster for prediction based on balancing the bias and variance by bootstrapping.通过自举法平衡偏差和方差，对基于预测的最后一个聚类进行最优调整。
PLoS One. 2019 Nov 4;14(11):e0223529. doi: 10.1371/journal.pone.0223529. eCollection 2019.
6
Cross-Clustering: A Partial Clustering Algorithm with Automatic Estimation of the Number of Clusters.交叉聚类：一种具有自动估计聚类数量功能的部分聚类算法。
PLoS One. 2016 Mar 25;11(3):e0152333. doi: 10.1371/journal.pone.0152333. eCollection 2016.
7
Hierarchical Maximum Likelihood Clustering Approach.分层最大似然聚类方法。
IEEE Trans Biomed Eng. 2017 Jan;64(1):112-122. doi: 10.1109/TBME.2016.2542212. Epub 2016 Mar 24.
8
Network transitivity and matrix models.
Phys Rev E Stat Nonlin Soft Matter Phys. 2004 Feb;69(2 Pt 2):026106. doi: 10.1103/PhysRevE.69.026106. Epub 2004 Feb 20.
9
A hybrid approach to clustering biomedical data.一种用于生物医学数据聚类的混合方法。
Biomed Sci Instrum. 1996;32:39-46.
10
Identifying clusters in genomics data by recursive partitioning.通过递归划分识别基因组学数据中的聚类。
Stat Appl Genet Mol Biol. 2013 Oct 1;12(5):637-52. doi: 10.1515/sagmb-2013-0016.

引用本文的文献

1
clusterMaker2: a major update to clusterMaker, a multi-algorithm clustering app for Cytoscape.clusterMaker2：clusterMaker 的一个主要更新，clusterMaker 是 Cytoscape 的一个多算法聚类应用程序。
BMC Bioinformatics. 2023 Apr 5;24(1):134. doi: 10.1186/s12859-023-05225-z.
2
A dual cellular-heterogeneous catalyst strategy for the production of olefins from glucose.一种从葡萄糖生产烯烃的双细胞-多相催化剂策略。
Nat Chem. 2021 Dec;13(12):1178-1185. doi: 10.1038/s41557-021-00820-0. Epub 2021 Nov 22.
3
ADEPT: a domain independent sequence alignment strategy for gpu architectures.

本文引用的文献

1
Integration of biological networks and gene expression data using Cytoscape.使用Cytoscape整合生物网络与基因表达数据。
Nat Protoc. 2007;2(10):2366-82. doi: 10.1038/nprot.2007.324.
2
Large scale clustering of protein sequences with FORCE -A layout based heuristic for weighted cluster editing.基于FORCE -A布局启发式算法的蛋白质序列大规模聚类用于加权聚类编辑。
BMC Bioinformatics. 2007 Oct 17;8:396. doi: 10.1186/1471-2105-8-396.
3
An efficient algorithm for large-scale detection of protein families.一种用于大规模检测蛋白质家族的高效算法。
ADEPT：一种适用于 GPU 架构的与领域无关的序列比对策略。
BMC Bioinformatics. 2020 Sep 15;21(1):406. doi: 10.1186/s12859-020-03720-1.
4
Comparative genome characterization of the periodontal pathogen Tannerella forsythia.福赛坦纳氏菌的比较基因组特征分析。
BMC Genomics. 2020 Feb 11;21(1):150. doi: 10.1186/s12864-020-6535-y.
5
Time-Resolved Systems Medicine Reveals Viral Infection-Modulating Host Targets.时间分辨系统医学揭示病毒感染调节宿主靶点。
Syst Med (New Rochelle). 2019 Mar 28;2(1):1-9. doi: 10.1089/sysm.2018.0013. eCollection 2019.
6
A novel methodology on distributed representations of proteins using their interacting ligands.一种利用蛋白质相互作用配体进行蛋白质分布表示的新方法。
Bioinformatics. 2018 Jul 1;34(13):i295-i303. doi: 10.1093/bioinformatics/bty287.
7
Guiding biomedical clustering with ClustEval.用 ClustEval 指导生物医学聚类。
Nat Protoc. 2018 Jun;13(6):1429-1444. doi: 10.1038/nprot.2018.038. Epub 2018 May 24.
8
Detecting complexes from edge-weighted PPI networks via genes expression analysis.通过基因表达分析从边加权蛋白质-蛋白质相互作用网络中检测复合物。
BMC Syst Biol. 2018 Apr 24;12(Suppl 4):40. doi: 10.1186/s12918-018-0565-y.
9
Bipartite graphs in systems biology and medicine: a survey of methods and applications.系统生物学和医学中的二部图：方法和应用综述。
Gigascience. 2018 Apr 1;7(4):1-31. doi: 10.1093/gigascience/giy014.
10
A comprehensive evaluation of module detection methods for gene expression data.基因表达数据模块检测方法的综合评估
Nat Commun. 2018 Mar 15;9(1):1090. doi: 10.1038/s41467-018-03424-4.
Nucleic Acids Res. 2002 Apr 1;30(7):1575-84. doi: 10.1093/nar/30.7.1575.