Suppr超能文献

将 NMR 数据直接完整地存入 PDBe。

Straightforward and complete deposition of NMR data to the PDBe.

机构信息

Protein Data Bank in Europe, European Bioinformatics Institute, Wellcome Trust Genome Campus, Hinxton, Cambridge CB101SD, UK.

出版信息

J Biomol NMR. 2010 Oct;48(2):85-92. doi: 10.1007/s10858-010-9439-3. Epub 2010 Aug 3.

Abstract

We present a suite of software for the complete and easy deposition of NMR data to the PDB and BMRB. This suite uses the CCPN framework and introduces a freely downloadable, graphical desktop application called CcpNmr Entry Completion Interface (ECI) for the secure editing of experimental information and associated datasets through the lifetime of an NMR project. CCPN projects can be created within the CcpNmr Analysis software or by importing existing NMR data files using the CcpNmr FormatConverter. After further data entry and checking with the ECI, the project can then be rapidly deposited to the PDBe using AutoDep, or exported as a complete deposition NMR-STAR file. In full CCPN projects created with ECI, it is straightforward to select chemical shift lists, restraint data sets, structural ensembles and all relevant associated experimental collection details, which all are or will become mandatory when depositing to the PDB. Instructions and download information for the ECI are available from the PDBe web site at http://www.ebi.ac.uk/pdbe/nmr/deposition/eci.html .

摘要

我们提供了一套完整易用的软件,可将 NMR 数据完整、轻松地提交到 PDB 和 BMRB。该套件使用 CCPN 框架,并引入了一个名为 CcpNmr Entry Completion Interface (ECI) 的免费下载图形桌面应用程序,用于在 NMR 项目的整个生命周期内安全编辑实验信息和相关数据集。CCPN 项目可以在 CcpNmr Analysis 软件中创建,也可以通过使用 CcpNmr FormatConverter 导入现有的 NMR 数据文件。在使用 ECI 进一步输入和检查数据后,项目可以使用 AutoDep 快速提交到 PDBe,也可以导出为完整的 NMR-STAR 文件。在使用 ECI 创建的完整 CCPN 项目中,可以轻松选择化学位移列表、约束数据集、结构集合以及所有相关的实验集合详细信息,这些信息在提交到 PDB 时都是或将会成为强制性的。有关 ECI 的说明和下载信息可从 PDBe 网站获取,网址为 http://www.ebi.ac.uk/pdbe/nmr/deposition/eci.html。

https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/516a/2950272/162c86f7bdcf/10858_2010_9439_Fig1_HTML.jpg

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