• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利:CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法,用中文像聊天一样搜索,搜遍4000万医学文献。AI智能推荐,让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版,准确专业,支持PDF/Word/PPT等文件格式,支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述,25分钟生成高质量综述,智能提取关键信息,辅助科研写作。

立即免费体验

一个人类 ORFs 的公共基因组规模慢病毒表达文库。

A public genome-scale lentiviral expression library of human ORFs.

机构信息

RNA interference (RNAi) Platform, Broad Institute of Harvard and Massachusetts Institute of Technology, Cambridge, Massachusetts, USA.

出版信息

Nat Methods. 2011 Jun 26;8(8):659-61. doi: 10.1038/nmeth.1638.

DOI:10.1038/nmeth.1638
PMID:21706014
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC3234135/
Abstract

Functional characterization of the human genome requires tools for systematically modulating gene expression in both loss-of-function and gain-of-function experiments. We describe the production of a sequence-confirmed, clonal collection of over 16,100 human open-reading frames (ORFs) encoded in a versatile Gateway vector system. Using this ORFeome resource, we created a genome-scale expression collection in a lentiviral vector, thereby enabling both targeted experiments and high-throughput screens in diverse cell types.

摘要

功能基因组学的研究要求能够系统地在基因功能丧失和获得实验中调节基因表达的工具。我们描述了一个经过序列验证的、克隆的超过 16100 个人类开放阅读框(ORF)的集合的产生,这些 ORF 编码在一个多功能的 Gateway 载体系统中。利用这个 ORFeome 资源,我们在慢病毒载体中创建了一个基因组规模的表达谱集合,从而能够在多种细胞类型中进行靶向实验和高通量筛选。

https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/b6f9/3234135/3e1d639e815b/nihms301941f2.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/b6f9/3234135/9e2e7f932948/nihms301941f1.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/b6f9/3234135/3e1d639e815b/nihms301941f2.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/b6f9/3234135/9e2e7f932948/nihms301941f1.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/b6f9/3234135/3e1d639e815b/nihms301941f2.jpg

相似文献

1
A public genome-scale lentiviral expression library of human ORFs.一个人类 ORFs 的公共基因组规模慢病毒表达文库。
Nat Methods. 2011 Jun 26;8(8):659-61. doi: 10.1038/nmeth.1638.
2
Generation of a genome scale lentiviral vector library for EF1α promoter-driven expression of human ORFs and identification of human genes affecting viral titer.生成一个基于 EF1α 启动子的人类 ORF 慢病毒载体文库,用于高效表达,并鉴定影响病毒滴度的人类基因。
PLoS One. 2012;7(12):e51733. doi: 10.1371/journal.pone.0051733. Epub 2012 Dec 12.
3
The full-ORF clone resource of the German cDNA Consortium.德国cDNA联盟的全长开放阅读框克隆资源。
BMC Genomics. 2007 Oct 31;8:399. doi: 10.1186/1471-2164-8-399.
4
A plasmid toolkit for cloning chimeric cDNAs encoding customized fusion proteins into any Gateway destination expression vector.一个用于克隆编码定制融合蛋白的嵌合 cDNA 的质粒工具包,可将其插入任何 Gateway 目的表达载体。
BMC Mol Biol. 2013 Aug 20;14(1):18. doi: 10.1186/1471-2199-14-18.
5
A high-throughput platform for lentiviral overexpression screening of the human ORFeome.高通量平台用于人 ORFeome 的慢病毒过表达筛选。
PLoS One. 2011;6(5):e20057. doi: 10.1371/journal.pone.0020057. Epub 2011 May 24.
6
hORFeome v3.1: a resource of human open reading frames representing over 10,000 human genes.人类开放阅读框组v3.1:一个代表超过10000个人类基因的人类开放阅读框资源库。
Genomics. 2007 Mar;89(3):307-15. doi: 10.1016/j.ygeno.2006.11.012. Epub 2007 Jan 5.
7
Human ORFeome version 1.1: a platform for reverse proteomics.人类开放阅读框表达文库1.1版:一个反向蛋白质组学平台。
Genome Res. 2004 Oct;14(10B):2128-35. doi: 10.1101/gr.2973604.
8
The Xenopus ORFeome: A resource that enables functional genomics.非洲爪蟾开放阅读框文库:一个助力功能基因组学研究的资源。
Dev Biol. 2015 Dec 15;408(2):345-57. doi: 10.1016/j.ydbio.2015.09.004. Epub 2015 Sep 29.
9
Simultaneous cloning of open reading frames into several different expression vectors.将开放阅读框同时克隆到几种不同的表达载体中。
Biotechniques. 2003 Sep;35(3):520-2, 524-6. doi: 10.2144/03353st05.
10
Homologous recombination-mediated cloning and manipulation of genomic DNA regions using Gateway and recombineering systems.利用Gateway和重组工程系统通过同源重组介导的基因组DNA区域的克隆与操作。
BMC Biotechnol. 2008 Nov 17;8:88. doi: 10.1186/1472-6750-8-88.

引用本文的文献

1
RNA Pol II inhibition activates cell death independently from the loss of transcription.RNA聚合酶II抑制作用可独立于转录缺失激活细胞死亡。
Cell. 2025 Aug 14. doi: 10.1016/j.cell.2025.07.034.
2
Comprehensively Testing the Function of Missense Variation in the Tumour Suppressor.全面测试肿瘤抑制因子中错义变异的功能。
bioRxiv. 2025 Jul 18:2025.07.14.664734. doi: 10.1101/2025.07.14.664734.
3
Morphological map of under- and overexpression of genes in human cells.人类细胞中基因表达不足和过度表达的形态学图谱。

本文引用的文献

1
COT drives resistance to RAF inhibition through MAP kinase pathway reactivation.COT 通过激活 MAP 激酶通路驱动 RAF 抑制耐药。
Nature. 2010 Dec 16;468(7326):968-72. doi: 10.1038/nature09627. Epub 2010 Nov 24.
2
Advances in understanding cancer genomes through second-generation sequencing.通过第二代测序技术深入了解癌症基因组。
Nat Rev Genet. 2010 Oct;11(10):685-96. doi: 10.1038/nrg2841.
3
Functional genomics and cancer drug target discovery.功能基因组学与癌症药物靶点发现
Nat Methods. 2025 Aug;22(8):1742-1752. doi: 10.1038/s41592-025-02753-9. Epub 2025 Aug 7.
4
Membrane-wide screening identifies potential tissue-specific determinants of SARS-CoV-2 tropism.全膜筛选确定了新冠病毒嗜性的潜在组织特异性决定因素。
PLoS Pathog. 2025 Jul 17;21(7):e1013157. doi: 10.1371/journal.ppat.1013157. eCollection 2025 Jul.
5
Utilizing small molecules to probe and harness the proteome by pooled protein tagging with ligandable domains.利用小分子通过与可配体结构域进行汇集蛋白质标记来探测和利用蛋白质组。
Front Pharmacol. 2025 Jun 23;16:1593844. doi: 10.3389/fphar.2025.1593844. eCollection 2025.
6
Cytidine diphosphate diacylglycerol synthase 2 is a synthetic lethal target in mesenchymal-like cancers.胞苷二磷酸二酰甘油合酶2是间充质样癌症中的一个合成致死靶点。
Nat Genet. 2025 Jul 4. doi: 10.1038/s41588-025-02221-2.
7
ZNF280A links DNA double-strand break repair to human 22q11.2 distal deletion syndrome.锌指蛋白280A将DNA双链断裂修复与人类22q11.2远端缺失综合征联系起来。
Nat Cell Biol. 2025 Jun;27(6):1006-1020. doi: 10.1038/s41556-025-01674-1. Epub 2025 Jun 16.
8
Transcription factors form a ternary complex with NIPBL/MAU2 to localize cohesin at enhancers.转录因子与NIPBL/MAU2形成三元复合物,以使黏连蛋白定位于增强子处。
Nucleic Acids Res. 2025 May 10;53(9). doi: 10.1093/nar/gkaf415.
9
CRISPR-based shuttle cloning of 1397 human genes into UAS vectors.基于CRISPR技术将1397个人类基因穿梭克隆到UAS载体中。
Acta Biochim Biophys Sin (Shanghai). 2025 Apr 25;57(8):1376-1380. doi: 10.3724/abbs.2025050.
10
Multimodal cell maps as a foundation for structural and functional genomics.多模态细胞图谱作为结构和功能基因组学的基础。
Nature. 2025 Apr 9. doi: 10.1038/s41586-025-08878-3.
Curr Opin Mol Ther. 2010 Jun;12(3):284-93.
4
The completion of the Mammalian Gene Collection (MGC).哺乳动物基因集(MGC)的完成。
Genome Res. 2009 Dec;19(12):2324-33. doi: 10.1101/gr.095976.109. Epub 2009 Sep 18.
5
Fast and accurate short read alignment with Burrows-Wheeler transform.使用Burrows-Wheeler变换进行快速准确的短读比对。
Bioinformatics. 2009 Jul 15;25(14):1754-60. doi: 10.1093/bioinformatics/btp324. Epub 2009 May 18.
6
Human protein factory for converting the transcriptome into an in vitro-expressed proteome,用于将转录组转化为体外表达蛋白质组的人类蛋白质工厂
Nat Methods. 2008 Dec;5(12):1011-7. doi: 10.1038/nmeth.1273.
7
Isoform discovery by targeted cloning, 'deep-well' pooling and parallel sequencing.通过靶向克隆、“深孔”汇集和平行测序进行异构体发现。
Nat Methods. 2008 Jul;5(7):597-600. doi: 10.1038/nmeth.1224. Epub 2008 Jun 15.
8
A biomedically enriched collection of 7000 human ORF clones.一个包含7000个人类开放阅读框克隆的生物医学富集文库。
PLoS One. 2008 Jan 30;3(1):e1528. doi: 10.1371/journal.pone.0001528.
9
The full-ORF clone resource of the German cDNA Consortium.德国cDNA联盟的全长开放阅读框克隆资源。
BMC Genomics. 2007 Oct 31;8:399. doi: 10.1186/1471-2164-8-399.
10
hORFeome v3.1: a resource of human open reading frames representing over 10,000 human genes.人类开放阅读框组v3.1:一个代表超过10000个人类基因的人类开放阅读框资源库。
Genomics. 2007 Mar;89(3):307-15. doi: 10.1016/j.ygeno.2006.11.012. Epub 2007 Jan 5.