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FISH Oracle：一个用于在基因组背景下灵活可视化DNA拷贝数数据的网络服务器。

FISH Oracle: a web server for flexible visualization of DNA copy number data in a genomic context.

作者信息

Mader Malte, Simon Ronald, Steinbiss Sascha, Kurtz Stefan

机构信息

Center for Bioinformatics, University of Hamburg, Bundesstrasse 43, 20146 Hamburg, Germany.

出版信息

J Clin Bioinforma. 2011 Jul 28;1(1):20. doi: 10.1186/2043-9113-1-20.

DOI:10.1186/2043-9113-1-20
PMID:21884636
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC3164613/
Abstract

BACKGROUND

The rapidly growing amount of array CGH data requires improved visualization software supporting the process of identifying candidate cancer genes. Optimally, such software should work across multiple microarray platforms, should be able to cope with data from different sources and should be easy to operate.

RESULTS

We have developed a web-based software FISH Oracle to visualize data from multiple array CGH experiments in a genomic context. Its fast visualization engine and advanced web and database technology supports highly interactive use. FISH Oracle comes with a convenient data import mechanism, powerful search options for genomic elements (e.g. gene names or karyobands), quick navigation and zooming into interesting regions, and mechanisms to export the visualization into different high quality formats. These features make the software especially suitable for the needs of life scientists.

CONCLUSIONS

FISH Oracle offers a fast and easy to use visualization tool for array CGH and SNP array data. It allows for the identification of genomic regions representing minimal common changes based on data from one or more experiments. FISH Oracle will be instrumental to identify candidate onco and tumor suppressor genes based on the frequency and genomic position of DNA copy number changes. The FISH Oracle application and an installed demo web server are available at http://www.zbh.uni-hamburg.de/fishoracle.

摘要

背景

阵列比较基因组杂交（array CGH）数据量的快速增长需要改进的可视化软件来支持候选癌症基因的识别过程。理想情况下，此类软件应能跨多个微阵列平台运行，能够处理来自不同来源的数据，并且易于操作。

结果

我们开发了基于网络的软件FISH Oracle，以在基因组背景下可视化来自多个阵列CGH实验的数据。其快速可视化引擎以及先进的网络和数据库技术支持高度交互式使用。FISH Oracle具有便捷的数据导入机制、针对基因组元件（如基因名称或染色体带）的强大搜索选项、快速导航和放大到感兴趣区域的功能，以及将可视化结果导出为不同高质量格式的机制。这些特性使该软件特别适合生命科学家的需求。

结论

FISH Oracle为阵列CGH和SNP阵列数据提供了一个快速且易于使用的可视化工具。它允许根据来自一个或多个实验的数据识别代表最小共同变化的基因组区域。FISH Oracle将有助于根据DNA拷贝数变化的频率和基因组位置识别候选癌基因和肿瘤抑制基因。可通过http://www.zbh.uni-hamburg.de/fishoracle获取FISH Oracle应用程序和已安装的演示网络服务器。

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