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豌豆蚜基因组的GyDB可移动基因组学:长末端重复序列反转录元件和整合酶相关转座子

GyDB mobilomics: LTR retroelements and integrase-related transposons of the pea aphid Acyrthosiphon pisum genome.

作者信息

Bernet Guillermo P, Muñoz-Pomer Alfonso, Domínguez-Escribá Laura, Covelli Laura, Bernad Lucía, Ramasamy Sukanya, Futami Ricardo, Sempere Jose M, Moya Andrés, Llorens Carlos

机构信息

Biotechvana; Parc Cientific de la Universitat de València; Valencia, Spain.

出版信息

Mob Genet Elements. 2011 Jul;1(2):97-102. doi: 10.4161/mge.1.2.17635. Epub 2011 Jul 1.

Abstract

The Gypsy Database concerning Mobile Genetic Elements (release 2.0) is a wiki-style project devoted to the phylogenetic classification of LTR retroelements and their viral and host gene relatives characterized from distinct organisms. Furthermore, GyDB 2.0 is concerned with studying mobile elements within genomes. Therefore, an in-progress repository was created for databases with annotations of mobile genetic elements from particular genomes. This repository is called Mobilomics and the first uploaded database contains 549 LTR retroelements and related transposases which have been annotated from the genome of the Pea aphid Acyrthosiphon pisum. Mobilomics is accessible from the GyDB 2.0 project using the URL: http://gydb.org/index.php/Mobilomics.

摘要

关于移动遗传元件的吉普赛数据库(版本2.0)是一个维基风格的项目,致力于对长末端重复序列逆转录元件及其从不同生物体中鉴定出的病毒和宿主基因亲属进行系统发育分类。此外,吉普赛数据库2.0关注基因组内的移动元件研究。因此,创建了一个正在建设中的存储库,用于存储来自特定基因组的带有移动遗传元件注释的数据库。这个存储库称为移动组学,第一个上传的数据库包含549个从豌豆蚜基因组中注释的长末端重复序列逆转录元件和相关转座酶。可通过以下网址从吉普赛数据库2.0项目访问移动组学:http://gydb.org/index.php/Mobilomics

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