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利用454测序技术,我们能了解到关于狂犬病病毒基因组的哪些信息呢?

What can we learn about lyssavirus genomes using 454 sequencing?

作者信息

Höper Dirk, Finke Stefan, Freuling Conrad M, Hoffmann Bernd, Beer Martin

机构信息

Institute of Diagnostic Virology, Friedrich-Loeffler-Institut, Greifswald - Insel Riems, Germany.

出版信息

Berl Munch Tierarztl Wochenschr. 2012 May-Jun;125(5-6):242-8.

PMID:22712422
Abstract

The main task of the individual project number four"Whole genome sequencing, virus-host adaptation, and molecular epidemiological analyses of lyssaviruses "within the network" Lyssaviruses--a potential re-emerging public health threat" is to provide high quality complete genome sequences from lyssaviruses. These sequences are analysed in-depth with regard to the diversity of the viral populations as to both quasi-species and so-called defective interfering RNAs. Moreover, the sequence data will facilitate further epidemiological analyses, will provide insight into the evolution of lyssaviruses and will be the basis for the design of novel nucleic acid based diagnostics. The first results presented here indicate that not only high quality full-length lyssavirus genome sequences can be generated, but indeed efficient analysis of the viral population gets feasible.

摘要

“狂犬病病毒——一种潜在的再度出现的公共卫生威胁”网络内的第四个个体项目“狂犬病病毒的全基因组测序、病毒-宿主适应性及分子流行病学分析”的主要任务是提供来自狂犬病病毒的高质量完整基因组序列。这些序列将针对病毒群体在准种和所谓缺陷干扰RNA方面的多样性进行深入分析。此外,序列数据将有助于进一步的流行病学分析,深入了解狂犬病病毒的进化,并将成为设计新型基于核酸的诊断方法的基础。此处展示的首批结果表明,不仅能够生成高质量的全长狂犬病病毒基因组序列,而且对病毒群体进行高效分析也切实可行。

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引用本文的文献

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Sci Rep. 2016 Apr 5;6:23887. doi: 10.1038/srep23887.