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CySBML：一个用于 SBML 的 Cytoscape 插件。

CySBML: a Cytoscape plugin for SBML.

机构信息

Department of Biochemistry, University Medicine Charité Berlin, 13347, Berlin, Germany.

出版信息

Bioinformatics. 2012 Sep 15;28(18):2402-3. doi: 10.1093/bioinformatics/bts432. Epub 2012 Jul 5.

DOI:10.1093/bioinformatics/bts432
PMID:22772946
Abstract

SUMMARY

CySBML is a plugin designed to work with Systems Biology Markup Language (SBML) in Cytoscape having the following features: SBML import, support of the SBML layout and qualitative model packages, navigation in network layouts based on SBML structure, access to MIRIAM and SBO-based annotations and SBML validation. CySBML includes an importer for BioModels to load SBML from standard repositories.

AVAILABILITY AND IMPLEMENTATION

Freely available for non-commercial purposes through the Cytoscape plugin manager or for download at http://sourceforge.net/projects/cysbml/.

CONTACT

cysbml-team@lists.sourceforge.net

SUPPLEMENTARY INFORMATION

Tutorial, usage guide, installation instructions and additional figures are available for download at http://www.charite.de/sysbio/people/koenig/software/cysbml/.

摘要

摘要

CySBML 是一个与 Cytoscape 中的系统生物学标记语言 (SBML) 配合使用的插件，具有以下功能：SBML 导入、支持 SBML 布局和定性模型包、基于 SBML 结构的网络布局导航、访问基于 MIRIAM 和 SBO 的注释和 SBML 验证。CySBML 包括一个用于加载来自标准存储库的 SBML 的 BioModels 导入器。

可用性和实现

可通过 Cytoscape 插件管理器免费用于非商业目的，也可从 http://sourceforge.net/projects/cysbml/ 下载。

联系人

cysbml-team@lists.sourceforge.net

补充信息

教程、使用指南、安装说明和其他图形可在 http://www.charite.de/sysbio/people/koenig/software/cysbml/ 下载。

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