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用于生物标志物发现的基质辅助激光解吸电离质谱数据的生物信息学分析。

Bioinformatic analysis of data generated from MALDI mass spectrometry for biomarker discovery.

作者信息

He Zengyou, Qi Robert Z, Yu Weichuan

机构信息

School of Software, Dalian University of Technology, Dalian, China.

出版信息

Top Curr Chem. 2013;331:193-209. doi: 10.1007/128_2012_365.

DOI:10.1007/128_2012_365
PMID:22976458
Abstract

In this chapter we first describe the applications of matrix-assisted laser desorption/ionization (MALDI) mass spectrometry (MS) in biomarker discovery. After a summary of the general analysis pipeline of MALDI MS data, each step of the pipeline will be elaborated in detail. In particular we try to provide a categorization of existing solutions with the hope that the reader can obtain a global picture on this topic. In addition we show how to apply such an analysis pipeline in protein and glycan profiling for biomarker discovery and for a deeper understanding of diseases. Finally we discuss the limitations of current analysis methods and the perspectives of future research.

摘要

在本章中,我们首先描述基质辅助激光解吸/电离(MALDI)质谱(MS)在生物标志物发现中的应用。在总结MALDI MS数据的一般分析流程后,将详细阐述该流程的每一步。特别是,我们试图对现有解决方案进行分类,希望读者能对该主题有一个全面的了解。此外,我们展示了如何将这样的分析流程应用于蛋白质和聚糖分析,以发现生物标志物并更深入地了解疾病。最后,我们讨论了当前分析方法的局限性以及未来研究的前景。

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