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Cross-reactive DNA microarray probes lead to false discovery of autosomal sex-associated DNA methylation.交叉反应性DNA微阵列探针导致常染色体性别相关DNA甲基化的错误发现。
Am J Hum Genet. 2012 Oct 5;91(4):762-4. doi: 10.1016/j.ajhg.2012.06.020.
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Illuminating potential technical artifacts of DNA-methylation array probes.揭示DNA甲基化阵列探针潜在的技术假象。
Am J Hum Genet. 2012 Oct 5;91(4):760-2. doi: 10.1016/j.ajhg.2012.05.028.
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DNA methylation signatures in development and aging of the human prefrontal cortex.人类前额叶皮层发育和衰老过程中的 DNA 甲基化特征。
Am J Hum Genet. 2012 Feb 10;90(2):260-72. doi: 10.1016/j.ajhg.2011.12.020. Epub 2012 Feb 2.
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Discovery of cross-reactive probes and polymorphic CpGs in the Illumina Infinium HumanMethylation450 microarray.发现 Illumina Infinium HumanMethylation450 微阵列中的交叉反应探针和多态性 CpG 位点。
Epigenetics. 2013 Feb;8(2):203-9. doi: 10.4161/epi.23470. Epub 2013 Jan 11.
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Neurodevelopment and behavior in neonatal OXYS rats with genetically determined accelerated senescence.具有基因决定的加速衰老的新生OXYS大鼠的神经发育与行为
Brain Res. 2018 Feb 15;1681:75-84. doi: 10.1016/j.brainres.2017.12.021. Epub 2017 Dec 22.
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Overlapping signatures of chronic pain in the DNA methylation landscape of prefrontal cortex and peripheral T cells.前额叶皮层和外周 T 细胞 DNA 甲基化图谱中慢性疼痛的重叠特征。
Sci Rep. 2016 Jan 28;6:19615. doi: 10.1038/srep19615.
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Choline supplementation and DNA methylation in the hippocampus and prefrontal cortex of rats exposed to alcohol during development.发育过程中暴露于酒精的大鼠海马体和前额叶皮层中的胆碱补充和 DNA 甲基化。
Alcohol Clin Exp Res. 2012 Oct;36(10):1701-9. doi: 10.1111/j.1530-0277.2012.01784.x. Epub 2012 Apr 17.
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Hypermethylation of BDNF and SST Genes in the Orbital Frontal Cortex of Older Individuals: A Putative Mechanism for Declining Gene Expression with Age.老年个体眶额皮质中脑源性神经营养因子（BDNF）和生长抑素（SST）基因的高甲基化：基因表达随年龄下降的一种潜在机制。
Neuropsychopharmacology. 2015 Oct;40(11):2604-13. doi: 10.1038/npp.2015.107. Epub 2015 Apr 16.
9
Molecular aging in human prefrontal cortex is selective and continuous throughout adult life.人类前额叶皮层的分子衰老在成年期具有选择性且持续存在。
Biol Psychiatry. 2005 Mar 1;57(5):549-58. doi: 10.1016/j.biopsych.2004.10.034.
10
Age-related DNA methylation changes are sex-specific: a comprehensive assessment.与年龄相关的 DNA 甲基化变化具有性别特异性：全面评估。
Aging (Albany NY). 2020 Dec 3;12(23):24057-24080. doi: 10.18632/aging.202251.

引用本文的文献

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Black Americans With Sickle Cell Disease (SCD) Demonstrate Accelerated Epigenetic Pace of Aging Compared to Black Americans Without SCD.与不患有镰状细胞病（SCD）的非裔美国人相比，患有镰状细胞病（SCD）的非裔美国人表现出加速的衰老表观遗传进程。
J Gerontol A Biol Sci Med Sci. 2024 Nov 1;79(11). doi: 10.1093/gerona/glae230.
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A new blood DNA methylation signature for Koolen-de Vries syndrome: Classification of missense KANSL1 variants and comparison to fibroblast cells.Koolen-de Vries 综合征新的血液 DNA 甲基化特征：错义 KANSL1 变异体的分类和与成纤维细胞的比较。
Eur J Hum Genet. 2024 Mar;32(3):324-332. doi: 10.1038/s41431-024-01538-6. Epub 2024 Jan 29.
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Characterizing epigenetic aging in an adult sickle cell disease cohort.描述成人镰状细胞病队列中的表观遗传衰老。
Blood Adv. 2024 Jan 9;8(1):47-55. doi: 10.1182/bloodadvances.2023011188.
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ANKRD11 pathogenic variants and 16q24.3 microdeletions share an altered DNA methylation signature in patients with KBG syndrome.ANKRD11 致病性变异与 16q24.3 微缺失在 KBG 综合征患者中具有改变的 DNA 甲基化特征。
Hum Mol Genet. 2023 Apr 20;32(9):1429-1438. doi: 10.1093/hmg/ddac289.
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DNA methylation signature associated with Bohring-Opitz syndrome: a new tool for functional classification of variants in ASXL genes.与 Bohring-Opitz 综合征相关的 DNA 甲基化特征：ASXL 基因变异的功能分类的新工具。
Eur J Hum Genet. 2022 Jun;30(6):695-702. doi: 10.1038/s41431-022-01083-0. Epub 2022 Apr 1.
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A cross-cohort analysis of autosomal DNA methylation sex differences in the term placenta.足月胎盘中常染色体 DNA 甲基化性别差异的跨队列分析。
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Truncating SRCAP variants outside the Floating-Harbor syndrome locus cause a distinct neurodevelopmental disorder with a specific DNA methylation signature.截断 Floating-Harbor 综合征位点以外的 SRCAP 变异会导致具有特定 DNA 甲基化特征的明显神经发育障碍。
Am J Hum Genet. 2021 Jun 3;108(6):1053-1068. doi: 10.1016/j.ajhg.2021.04.008. Epub 2021 Apr 27.
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Evaluating human autosomal loci for sexually antagonistic viability selection in two large biobanks.评估两个大型生物库中人类常染色体基因座的性拮抗生存力选择。
Genetics. 2021 Mar 3;217(1):1-10. doi: 10.1093/genetics/iyaa015.
10
Epigenome-wide change and variation in DNA methylation in childhood: trajectories from birth to late adolescence.儿童期表观基因组范围内的 DNA 甲基化变化和变异：从出生到青春期后期的轨迹。
Hum Mol Genet. 2021 Mar 25;30(1):119-134. doi: 10.1093/hmg/ddaa280.

本文引用的文献

1
DNA methylation signatures in development and aging of the human prefrontal cortex.人类前额叶皮层发育和衰老过程中的 DNA 甲基化特征。
Am J Hum Genet. 2012 Feb 10;90(2):260-72. doi: 10.1016/j.ajhg.2011.12.020. Epub 2012 Feb 2.
2
Chromosome-wide DNA methylation analysis predicts human tissue-specific X inactivation.全染色体 DNA 甲基化分析预测人类组织特异性 X 染色体失活。
Hum Genet. 2011 Aug;130(2):187-201. doi: 10.1007/s00439-011-1007-8. Epub 2011 May 20.
3
Parental ages and levels of DNA methylation in the newborn are correlated.父母年龄与新生儿的 DNA 甲基化水平相关。
BMC Med Genet. 2011 Mar 31;12:47. doi: 10.1186/1471-2350-12-47.
4
Racial differences in gene-specific DNA methylation levels are present at birth.基因特异性DNA甲基化水平的种族差异在出生时就已存在。
Birth Defects Res A Clin Mol Teratol. 2011 Aug;91(8):728-36. doi: 10.1002/bdra.20770. Epub 2011 Feb 9.
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Sequence overlap between autosomal and sex-linked probes on the Illumina HumanMethylation27 microarray.Illumina HumanMethylation27 微阵列上常染色体和性连锁探针之间的序列重叠。
Genomics. 2011 Apr;97(4):214-22. doi: 10.1016/j.ygeno.2010.12.004. Epub 2011 Jan 4.
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A study of the influence of sex on genome wide methylation.一项关于性别对全基因组甲基化影响的研究。
PLoS One. 2010 Apr 6;5(4):e10028. doi: 10.1371/journal.pone.0010028.
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Gender specific differences in levels of DNA methylation at selected loci from human total blood: a tendency toward higher methylation levels in males.人类全血中选定基因座处DNA甲基化水平的性别特异性差异：男性甲基化水平有更高的趋势。
Hum Genet. 2007 Dec;122(5):505-14. doi: 10.1007/s00439-007-0430-3. Epub 2007 Sep 13.
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Sex differential in methylation patterns of selected genes in Singapore Chinese.新加坡华人中特定基因甲基化模式的性别差异。
Hum Genet. 2005 Aug;117(4):402-3. doi: 10.1007/s00439-005-1317-9. Epub 2005 Jun 1.

Cross-reactive DNA microarray probes lead to false discovery of autosomal sex-associated DNA methylation.

作者信息

Chen Yi-an, Choufani Sanaa, Grafodatskaya Daria, Butcher Darci T, Ferreira Jose C, Weksberg Rosanna

出版信息

Am J Hum Genet. 2012 Oct 5;91(4):762-4. doi: 10.1016/j.ajhg.2012.06.020.

DOI:10.1016/j.ajhg.2012.06.020
PMID:23040499
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC3484480/
Abstract
摘要