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HIV-1 在其结构 RNA 基因组背景下的 A-核苷酸偏好性。

The A-nucleotide preference of HIV-1 in the context of its structured RNA genome.

机构信息

Laboratory of Experimental Virology, Department of Medical Microbiology, Center for Infection and Immunity Amsterdam CINIMA, Academic Medical Center, University of Amsterdam, Amsterdam, The Netherlands.

出版信息

RNA Biol. 2013 Feb;10(2):211-5. doi: 10.4161/rna.22896. Epub 2012 Dec 12.

DOI:10.4161/rna.22896
PMID:23235488
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC3594280/
Abstract

A bipartition of HIV-1 RNA genome sequences into single- and double-stranded nucleotides is possible based on the secondary structure model of a complete 9 kb genome. Subsequent analysis revealed that the well-known lentiviral property of A-accumulation is profoundly present in single-stranded domains, yet absent in double-stranded domains. Mutational rate analysis by means of an unrestricted model of nucleotide substitution suggests the presence of an evolutionary equilibrium to preserve this biased nucleotide distribution.

摘要

根据完整的 9 kb 基因组的二级结构模型，HIV-1 RNA 基因组序列可以分为单链和双链核苷酸。随后的分析表明，在单链结构域中存在着众所周知的慢病毒 A 积累特性，而在双链结构域中则不存在。通过无限制的核苷酸替换模型进行的突变率分析表明，存在一种进化平衡来维持这种偏向性核苷酸分布。

https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/2b7c/3594280/928fcf91863d/rna-10-211-g2.jpg
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