基于结构和功能从表达序列标签中鉴定菜豆（Phaseolus）的微小RNA及其靶标。
Structural and functional based identification of the bean (Phaseolus) microRNAs and their targets from expressed sequence tags.
作者信息
Barozai Muhammad Younas Khan, Din Muhammad, Baloch Iftikhar Ahmed
机构信息
Department of Botany, University of Balochistan, Sariab Road, Quetta, Pakistan.
出版信息
J Struct Funct Genomics. 2013 Mar;14(1):11-8. doi: 10.1007/s10969-013-9152-z. Epub 2013 Apr 19.
MicroRNAs (miRNAs) are small, 18-26 nucleotides long, non-coding RNAs that play role in post-transcriptional gene regulation. Many of these are evolutionarily conserved. This suggests a powerful approach to predict new miRNAs in other species. In this research, structural and functional approaches were combined to make computational prediction of potential miRNAs and their targets in Bean (Phaseolus). Total 55 novel miRNAs were detected from 38 miRNAs families in Bean (Phaseolus). These families are; miR156, 160, 164, 168, 170, 171, 172, 319, 393, 396, 397, 398, 408, 414, 438, 444, 535, 1310, 1424, 1426, 1848, 1860, 1863, 2055, 2091, 2093, 2094, 2102, 2103, 2105, 2864, 2866, 2925, 2926, 4221, 4245, 4246 and 4250. In the 55 putative miRNAs; 28 miRNAs belong to Phaseolus acutifolius, 23 to Phaseolus vulgaris, 4 to Phaseolus coccineus. All the mature miRNAs reside in the stem portion of the hairpin structures. Total 146 potential protein targets were predicted for these miRNAs.
微小RNA（miRNA）是一类长度为18 - 26个核苷酸的小型非编码RNA，在转录后基因调控中发挥作用。其中许多在进化上是保守的。这为预测其他物种中的新miRNA提供了一种强大的方法。在本研究中，结合结构和功能方法对菜豆（Phaseolus）中潜在的miRNA及其靶标进行了计算预测。从菜豆（Phaseolus）的38个miRNA家族中总共检测到55个新的miRNA。这些家族包括：miR156、160、164、168、170、171、172、319、393、396、397、398、408、414、438、444、535、1310、1424、1426、1848、1860、1863、2055、2091、2093、2094、2102、2103、2105、2864、2866、2925、2926、4221、4245、4246和4250。在这55个假定的miRNA中，28个miRNA属于尖叶菜豆（Phaseolus acutifolius），23个属于普通菜豆（Phaseolus vulgaris），4个属于多花菜豆（Phaseolus coccineus）。所有成熟的miRNA都位于发夹结构的茎部。为这些miRNA总共预测了146个潜在的蛋白质靶标。
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