• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利:CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法,用中文像聊天一样搜索,搜遍4000万医学文献。AI智能推荐,让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版,准确专业,支持PDF/Word/PPT等文件格式,支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述,25分钟生成高质量综述,智能提取关键信息,辅助科研写作。

立即免费体验

综述:蛋白质组学中的应用结构生物信息学。

Minireview: applied structural bioinformatics in proteomics.

机构信息

Institute for Research in Molecular Medicine (INFORMM), Universiti Sains Malaysia, 11800, Minden, Pulau Pinang, Malaysia,

出版信息

Protein J. 2013 Oct;32(7):505-11. doi: 10.1007/s10930-013-9514-1.

DOI:10.1007/s10930-013-9514-1
PMID:24096348
Abstract

The limited sequence similarity of protein sequences with known structures has led to an indispensable need for computational technology to predict their structures. Structural bioinformatics (SB) has become integral in elucidating the sequence-structure-function relationship of a protein. This report focuses on the applications of SB within the context of protein engineering including its limitation and future challenges.

摘要

已知结构的蛋白质序列的有限序列相似性导致了对计算技术预测其结构的不可或缺的需求。结构生物信息学(SB)已经成为阐明蛋白质序列-结构-功能关系的不可或缺的部分。本报告重点介绍了 SB 在蛋白质工程中的应用,包括其局限性和未来挑战。

相似文献

1
Minireview: applied structural bioinformatics in proteomics.综述:蛋白质组学中的应用结构生物信息学。
Protein J. 2013 Oct;32(7):505-11. doi: 10.1007/s10930-013-9514-1.
2
Structural bioinformatics and its impact to biomedical science.结构生物信息学及其对生物医学科学的影响。
Curr Med Chem. 2004 Aug;11(16):2105-34. doi: 10.2174/0929867043364667.
3
Accurate prediction for atomic-level protein design and its application in diversifying the near-optimal sequence space.原子水平蛋白质设计的准确预测及其在扩展近最优序列空间中的应用。
Proteins. 2009 May 15;75(3):682-705. doi: 10.1002/prot.22280.
4
Intrinsic disorder and functional proteomics.内在无序与功能蛋白质组学
Biophys J. 2007 Mar 1;92(5):1439-56. doi: 10.1529/biophysj.106.094045. Epub 2006 Dec 8.
5
From Genome Mining to Protein Engineering: A Structural Bioinformatics Route.从基因组挖掘到蛋白质工程:结构生物信息学途径。
Methods Mol Biol. 2023;2553:79-94. doi: 10.1007/978-1-0716-2617-7_5.
6
Molecular dynamics simulation for rational protein engineering: Present and future prospectus.分子动力学模拟在理性蛋白质工程中的应用:现状与未来展望。
J Mol Graph Model. 2018 Sep;84:43-53. doi: 10.1016/j.jmgm.2018.06.009. Epub 2018 Jun 9.
7
Molecular evolution of protein conformational changes revealed by a network of evolutionarily coupled residues.通过进化耦合残基网络揭示蛋白质构象变化的分子进化。
Mol Biol Evol. 2011 Sep;28(9):2675-85. doi: 10.1093/molbev/msr094. Epub 2011 Apr 6.
8
Recent developments in structural proteomics for protein structure determination.用于蛋白质结构测定的结构蛋白质组学的最新进展。
Proteomics. 2005 May;5(8):2056-68. doi: 10.1002/pmic.200401104.
9
Challenges in the computational design of proteins.蛋白质计算设计中的挑战。
J R Soc Interface. 2009 Aug 6;6 Suppl 4(Suppl 4):S477-91. doi: 10.1098/rsif.2008.0508.focus. Epub 2009 Mar 11.
10
Where Informatics Lags Chemistry Leads.信息学滞后之处,化学引领前行。
Biochemistry. 2018 Feb 6;57(5):503-506. doi: 10.1021/acs.biochem.7b01073. Epub 2017 Dec 22.

本文引用的文献

1
Hot spots in a network of functional sites.网络功能位点中的热点。
PLoS One. 2013 Sep 2;8(9):e74320. doi: 10.1371/journal.pone.0074320. eCollection 2013.
2
eFindSite: improved prediction of ligand binding sites in protein models using meta-threading, machine learning and auxiliary ligands.eFindSite:利用元线程、机器学习和辅助配体改进蛋白质模型中配体结合位点的预测。
J Comput Aided Mol Des. 2013 Jun;27(6):551-67. doi: 10.1007/s10822-013-9663-5. Epub 2013 Jul 10.
3
Conformational heterogeneity within the LID domain mediates substrate binding to Escherichia coli adenylate kinase: function follows fluctuations.
LID结构域内的构象异质性介导底物与大肠杆菌腺苷酸激酶的结合:功能随波动而变化。
Top Curr Chem. 2013;337:95-121. doi: 10.1007/128_2012_410.
4
Inhibitors of the p53/hdm2 protein-protein interaction-path to the clinic.p53/hdm2 蛋白-蛋白相互作用抑制剂-通往临床之路。
Bioorg Med Chem Lett. 2013 May 1;23(9):2480-5. doi: 10.1016/j.bmcl.2013.03.034. Epub 2013 Mar 16.
5
Bioinformatics and molecular dynamics simulation study of L1 stalk non-canonical rRNA elements: kink-turns, loops, and tetraloops.L1 茎部非典型 rRNA 元件(发夹环、环和四联体环)的生物信息学和分子动力学模拟研究。
J Phys Chem B. 2013 May 9;117(18):5540-55. doi: 10.1021/jp401482m. Epub 2013 Apr 24.
6
Design of peptide affinity ligands for S-protein: a comparison of combinatorial and de novo design strategies.设计针对 S 蛋白的肽亲和配体:组合设计与从头设计策略的比较。
Mol Divers. 2013 May;17(2):357-69. doi: 10.1007/s11030-013-9436-z. Epub 2013 Mar 27.
7
A matrix based algorithm for Protein-Protein Interaction prediction using Domain-Domain Associations.基于矩阵的算法,利用域-域关联预测蛋白质-蛋白质相互作用。
J Theor Biol. 2013 Jun 7;326:36-42. doi: 10.1016/j.jtbi.2013.02.016. Epub 2013 Mar 6.
8
Design of an activity and stability improved carbonyl reductase from Candida parapsilosis.设计一种来源于近平滑假丝酵母的活性和稳定性提高的羰基还原酶。
J Biotechnol. 2013 May 10;165(1):52-62. doi: 10.1016/j.jbiotec.2013.02.006. Epub 2013 Mar 5.
9
Assembling a xylanase-lichenase chimera through all-atom molecular dynamics simulations.通过全原子分子动力学模拟组装木聚糖酶-地衣聚糖酶嵌合体。
Biochim Biophys Acta. 2013 Aug;1834(8):1492-500. doi: 10.1016/j.bbapap.2013.02.030. Epub 2013 Feb 28.
10
Modifying the catalytic preference of tributyrin in Bacillus thermocatenulatus lipase through in-silico modeling of enzyme-substrate complex.通过酶-底物复合物的计算机建模来改变嗜热脂肪芽孢杆菌脂肪酶对三丁酸甘油酯的催化偏好。
Protein Eng Des Sel. 2013 May;26(5):325-33. doi: 10.1093/protein/gzt004. Epub 2013 Feb 18.