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用于秀丽隐杆线虫特定内源性小干扰RNA(siRNA)类深度测序的小RNA文库克隆程序。

Small RNA library cloning procedure for deep sequencing of specific endogenous siRNA classes in Caenorhabditis elegans.

作者信息

Ow Maria C, Lau Nelson C, Hall Sarah E

机构信息

Department of Biology, Syracuse University, 110 Life Sciences Complex, 107 College Place, Syracuse, NY, 13244, USA.

出版信息

Methods Mol Biol. 2014;1173:59-70. doi: 10.1007/978-1-4939-0931-5_6.

DOI:10.1007/978-1-4939-0931-5_6
PMID:24920360
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC5328689/
Abstract

In recent years, distinct classes of small RNAs ranging in size from ~21 to 26 nucleotides have been discovered and shown to play important roles in a wide array of cellular functions. Because of the abundance of these small RNAs, library preparation from an RNA sample followed by deep sequencing provides the identity and quantity of a particular class of small RNAs. In this chapter we describe a detailed protocol for preparing small RNA libraries for deep sequencing on the Illumina platform from the nematode C. elegans.

摘要

近年来,人们发现了大小在约21至26个核苷酸之间的不同类别的小RNA,并表明它们在广泛的细胞功能中发挥着重要作用。由于这些小RNA数量丰富,从RNA样本中制备文库并进行深度测序可提供特定类别的小RNA的身份和数量。在本章中,我们描述了一种详细的方案,用于从线虫秀丽隐杆线虫中制备小RNA文库,以便在Illumina平台上进行深度测序。

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