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卡布拉莫:一个互动的、基于网络的 BLAST 结果可视化工具。

Kablammo: an interactive, web-based BLAST results visualizer.

机构信息

Department of Ecosystem and Public Health, Faculty of Veterinary Medicine, University of Calgary, Calgary, Alberta, Canada.

出版信息

Bioinformatics. 2015 Apr 15;31(8):1305-6. doi: 10.1093/bioinformatics/btu808. Epub 2014 Dec 5.

Abstract

MOTIVATION

Kablammo is a web-based application that produces interactive, vector-based visualizations of sequence alignments generated by BLAST. These visualizations can illustrate many features, including shared protein domains, chromosome structural modifications and genome misassembly.

AVAILABILITY AND IMPLEMENTATION

Kablammo can be used at http://kablammo.wasmuthlab.org. For a local installation, the source code and instructions are available under the MIT license at http://github.com/jwintersinger/kablammo.

CONTACT

jeff@wintersinger.org.

摘要

动机

Kablammo 是一个基于网络的应用程序,它可以生成 BLAST 生成的序列比对的交互式、基于向量的可视化效果。这些可视化效果可以说明许多特征,包括共享的蛋白质域、染色体结构修饰和基因组错误组装。

可用性和实现

Kablammo 可在 http://kablammo.wasmuthlab.org 使用。对于本地安装,可以在 MIT 许可证下从 http://github.com/jwintersinger/kablammo 获取源代码和说明。

联系

jeff@wintersinger.org

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