• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利:CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法,用中文像聊天一样搜索,搜遍4000万医学文献。AI智能推荐,让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版,准确专业,支持PDF/Word/PPT等文件格式,支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述,25分钟生成高质量综述,智能提取关键信息,辅助科研写作。

立即免费体验

植物中的非编码RNA与DNA甲基化

Noncoding RNAs and DNA Methylation in Plants.

作者信息

Zhao Yuanyuan, Chen Xuemei

机构信息

Department of Botany and Plant Sciences, Institute of Integrative Genome Biology, University of California, Riverside, CA 92521.

Department of Botany and Plant Sciences, Institute of Integrative Genome Biology, University of California, Riverside, CA 92521 ; Howard Hughes Medical Institute, University of California, Riverside, CA 92521.

出版信息

Natl Sci Rev. 2014 Jun;1(2):219-229. doi: 10.1093/nsr/nwu003.

DOI:10.1093/nsr/nwu003
PMID:25635229
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC4307843/
Abstract

Cytosine DNA methylation is an epigenetic modification in eukaryotes that maintains genome integrity and regulates gene expression. The DNA methylation patterns in plants are more complex than those in animals, and plants and animals have common as well as distinct pathways in regulating DNA methylation. Recent studies involving genetic, molecular, biochemical and genomic approaches have greatly expanded our knowledge of DNA methylation in plants. The roles of many proteins as well as non-coding RNAs in DNA methylation have been uncovered.

摘要

胞嘧啶DNA甲基化是真核生物中的一种表观遗传修饰,可维持基因组完整性并调节基因表达。植物中的DNA甲基化模式比动物中的更为复杂,并且植物和动物在调节DNA甲基化方面既有共同的途径,也有不同的途径。最近涉及遗传学、分子生物学、生物化学和基因组学方法的研究极大地扩展了我们对植物DNA甲基化的认识。许多蛋白质以及非编码RNA在DNA甲基化中的作用已被揭示。

相似文献

1
Noncoding RNAs and DNA Methylation in Plants.植物中的非编码RNA与DNA甲基化
Natl Sci Rev. 2014 Jun;1(2):219-229. doi: 10.1093/nsr/nwu003.
2
Arabidopsis RNA Polymerases IV and V Are Required To Establish H3K9 Methylation, but Not Cytosine Methylation, on Geminivirus Chromatin.拟南芥RNA聚合酶IV和V是在双生病毒染色质上建立H3K9甲基化而非胞嘧啶甲基化所必需的。
J Virol. 2016 Jul 27;90(16):7529-7540. doi: 10.1128/JVI.00656-16. Print 2016 Aug 15.
3
RNA-directed DNA methylation involves co-transcriptional small-RNA-guided slicing of polymerase V transcripts in Arabidopsis.RNA 指导的 DNA 甲基化涉及拟南芥中转录物聚合酶 V 转录物的共转录性小 RNA 引导的切割。
Nat Plants. 2018 Mar;4(3):181-188. doi: 10.1038/s41477-017-0100-y. Epub 2018 Jan 29.
4
The RNAs of RNA-directed DNA methylation.RNA 指导的 DNA 甲基化的 RNA。
Biochim Biophys Acta Gene Regul Mech. 2017 Jan;1860(1):140-148. doi: 10.1016/j.bbagrm.2016.08.004. Epub 2016 Aug 10.
5
An siRNA-guided ARGONAUTE protein directs RNA polymerase V to initiate DNA methylation.一个 siRNA 引导的 ARGONAUTE 蛋白指导 RNA 聚合酶 V 启动 DNA 甲基化。
Nat Plants. 2021 Nov;7(11):1461-1474. doi: 10.1038/s41477-021-01008-7. Epub 2021 Nov 8.
6
Advances of RNA polymerase IV in controlling DNA methylation and development in plants.RNA 聚合酶 IV 在调控植物 DNA 甲基化和发育中的进展。
Yi Chuan. 2022 Jul 20;44(7):567-580. doi: 10.16288/j.yczz.22-063.
7
Spatial and functional relationships among Pol V-associated loci, Pol IV-dependent siRNAs, and cytosine methylation in the Arabidopsis epigenome.拟南芥表观基因组中 Pol V 相关基因座、Pol IV 依赖的 siRNAs 和胞嘧啶甲基化之间的空间和功能关系。
Genes Dev. 2012 Aug 15;26(16):1825-36. doi: 10.1101/gad.197772.112. Epub 2012 Aug 1.
8
Arabidopsis RNA Polymerase V Mediates Enhanced Compaction and Silencing of Geminivirus and Transposon Chromatin during Host Recovery from Infection.拟南芥RNA聚合酶V在宿主从感染中恢复期间介导双生病毒和转座子染色质的增强压缩和沉默。
J Virol. 2018 Mar 14;92(7). doi: 10.1128/JVI.01320-17. Print 2018 Apr 1.
9
Epigenomics in stress tolerance of plants under the climate change.植物在气候变化下的应激耐受中的表观基因组学。
Mol Biol Rep. 2023 Jul;50(7):6201-6216. doi: 10.1007/s11033-023-08539-6. Epub 2023 Jun 9.
10
Protocol: a beginner's guide to the analysis of RNA-directed DNA methylation in plants.方案:植物中RNA指导的DNA甲基化分析初学者指南
Plant Methods. 2014 Jun 14;10:18. doi: 10.1186/1746-4811-10-18. eCollection 2014.

引用本文的文献

1
A conserved Pol II elongator SPT6L mediates Pol V transcription to regulate RNA-directed DNA methylation in Arabidopsis.一个保守的 Pol II 延伸因子 SPT6L 介导 Pol V 转录以调节拟南芥中的 RNA 指导的 DNA 甲基化。
Nat Commun. 2024 May 25;15(1):4460. doi: 10.1038/s41467-024-48940-8.
2
RNA-directed DNA methylation as a weapon in parental conflict.RNA 指导的 DNA 甲基化作为亲代冲突中的一种手段。
Plant Physiol. 2024 Mar 29;194(4):1931-1933. doi: 10.1093/plphys/kiad664.
3
Beyond transcription factors: more regulatory layers affecting soybean gene expression under abiotic stress.超越转录因子:非生物胁迫下影响大豆基因表达的更多调控层次
Genet Mol Biol. 2023 Jan 23;46(1 Suppl 1):e20220166. doi: 10.1590/1678-4685-GMB-2022-0166. eCollection 2023.
4
Systematic genome-wide and expression analysis of RNA-directed DNA methylation pathway genes in grapes predicts their involvement in multiple biological processes.葡萄中RNA定向DNA甲基化途径基因的全基因组系统分析和表达分析预测了它们参与多种生物学过程。
Front Plant Sci. 2022 Dec 9;13:1089392. doi: 10.3389/fpls.2022.1089392. eCollection 2022.
5
Regulatory non-coding RNAs: Emerging roles during plant cell reprogramming and regeneration.调控性非编码RNA:在植物细胞重编程和再生过程中的新作用
Front Plant Sci. 2022 Nov 10;13:1049631. doi: 10.3389/fpls.2022.1049631. eCollection 2022.
6
Structure and Mechanism of Plant DNA Methyltransferases.植物 DNA 甲基转移酶的结构与机制。
Adv Exp Med Biol. 2022;1389:137-157. doi: 10.1007/978-3-031-11454-0_6.
7
Chemoenzymatic labeling of DNA methylation patterns for single-molecule epigenetic mapping.基于化学酶标记的 DNA 甲基化模式用于单分子表观遗传学图谱绘制。
Nucleic Acids Res. 2022 Sep 9;50(16):e92. doi: 10.1093/nar/gkac460.
8
In Response to Abiotic Stress, DNA Methylation Confers EpiGenetic Changes in Plants.响应非生物胁迫时,DNA甲基化赋予植物表观遗传变化。
Plants (Basel). 2021 May 30;10(6):1096. doi: 10.3390/plants10061096.
9
Exploring sunflower responses to Sclerotinia head rot at early stages of infection using RNA-seq analysis.利用 RNA 测序分析探讨向日葵感染早发性菌核病的反应。
Sci Rep. 2020 Aug 7;10(1):13347. doi: 10.1038/s41598-020-70315-4.
10
Plant Regulomics Portal (PRP): a comprehensive integrated regulatory information and analysis portal for plant genomes.植物调控组学门户(PRP):一个全面的综合调控信息和分析植物基因组门户。
Database (Oxford). 2019 Jan 1;2019. doi: 10.1093/database/baz130.

本文引用的文献

1
The SET domain proteins SUVH2 and SUVH9 are required for Pol V occupancy at RNA-directed DNA methylation loci.SET 结构域蛋白 SUVH2 和 SUVH9 是 Pol V 占据 RNA 指导的 DNA 甲基化位点所必需的。
PLoS Genet. 2014 Jan;10(1):e1003948. doi: 10.1371/journal.pgen.1003948. Epub 2014 Jan 22.
2
SRA- and SET-domain-containing proteins link RNA polymerase V occupancy to DNA methylation.SRA- 和 SET 结构域蛋白将 RNA 聚合酶 V 的占据与 DNA 甲基化联系起来。
Nature. 2014 Mar 6;507(7490):124-128. doi: 10.1038/nature12931. Epub 2014 Jan 22.
3
DNMT1-interacting RNAs block gene-specific DNA methylation.DNMT1 相互作用 RNA 阻断基因特异性 DNA 甲基化。
Nature. 2013 Nov 21;503(7476):371-6. doi: 10.1038/nature12598. Epub 2013 Oct 9.
4
The PRP6-like splicing factor STA1 is involved in RNA-directed DNA methylation by facilitating the production of Pol V-dependent scaffold RNAs.PRP6 样剪接因子 STA1 通过促进 Pol V 依赖性支架 RNA 的产生而参与 RNA 指导的 DNA 甲基化。
Nucleic Acids Res. 2013 Oct;41(18):8489-502. doi: 10.1093/nar/gkt639. Epub 2013 Jul 22.
5
Global epigenomic reconfiguration during mammalian brain development.哺乳动物大脑发育过程中的全基因组表观遗传重编程。
Science. 2013 Aug 9;341(6146):1237905. doi: 10.1126/science.1237905. Epub 2013 Jul 4.
6
The maize methylome influences mRNA splice sites and reveals widespread paramutation-like switches guided by small RNA.玉米的甲基组影响 mRNA 的剪接位点,并揭示了由小 RNA 指导的广泛的类表观遗传变异开关。
Genome Res. 2013 Oct;23(10):1651-62. doi: 10.1101/gr.153510.112. Epub 2013 Jun 5.
7
Epigenome-wide inheritance of cytosine methylation variants in a recombinant inbred population.重组近交系群体中胞嘧啶甲基化变体的全基因组遗传。
Genome Res. 2013 Oct;23(10):1663-74. doi: 10.1101/gr.152538.112. Epub 2013 Jun 5.
8
Polymerase IV occupancy at RNA-directed DNA methylation sites requires SHH1.聚合酶 IV 在 RNA 指导的 DNA 甲基化位点的占据需要 SHH1。
Nature. 2013 Jun 20;498(7454):385-9. doi: 10.1038/nature12178. Epub 2013 May 1.
9
The Arabidopsis nucleosome remodeler DDM1 allows DNA methyltransferases to access H1-containing heterochromatin.拟南芥核小体重塑酶 DDM1 使 DNA 甲基转移酶能够接近含有 H1 的异染色质。
Cell. 2013 Mar 28;153(1):193-205. doi: 10.1016/j.cell.2013.02.033.
10
Patterns of population epigenomic diversity.人群表观基因组多样性模式。
Nature. 2013 Mar 14;495(7440):193-8. doi: 10.1038/nature11968. Epub 2013 Mar 6.