• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利:CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法,用中文像聊天一样搜索,搜遍4000万医学文献。AI智能推荐,让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版,准确专业,支持PDF/Word/PPT等文件格式,支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述,25分钟生成高质量综述,智能提取关键信息,辅助科研写作。

立即免费体验

从新加坡污水处理设施中利用凝胶微滴分离得到的陶厄氏菌属菌株SWB20的基因组序列草图

Draft Genome Sequence of Thauera sp. Strain SWB20, Isolated from a Singapore Wastewater Treatment Facility Using Gel Microdroplets.

作者信息

Dichosa Armand E K, Davenport Karen W, Li Po-E, Ahmed Sanaa A, Daligault Hajnalka, Gleasner Cheryl D, Kunde Yuliya, McMurry Kim, Lo Chien-Chi, Reitenga Krista G, Daughton Ashlynn R, Shen Xiaohong, Frietze Seth, Wang Dongping, Johnson Shannon L, Drautz-Moses Daniela I, Schuster Stephan, Chain Patrick S, Han Cliff

机构信息

Bioscience Division, Los Alamos National Laboratory, Los Alamos, New Mexico, USA

Bioscience Division, Los Alamos National Laboratory, Los Alamos, New Mexico, USA.

出版信息

Genome Announc. 2015 Mar 19;3(2):e00132-15. doi: 10.1128/genomeA.00132-15.

DOI:10.1128/genomeA.00132-15
PMID:25792053
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC4395064/
Abstract

We report here the genome sequence of Thauera sp. strain SWB20, isolated from a Singaporean wastewater treatment facility using gel microdroplets (GMDs) and single-cell genomics (SCG). This approach provided a single clonal microcolony that was sufficient to obtain a 4.9-Mbp genome assembly of an ecologically relevant Thauera species.

摘要

我们在此报告陶厄氏菌属菌株SWB20的基因组序列,该菌株是从新加坡的一个废水处理设施中分离出来的,采用了凝胶微滴(GMD)和单细胞基因组学(SCG)技术。这种方法提供了一个单一的克隆微菌落,足以获得一个与生态相关的陶厄氏菌物种的4.9兆碱基对基因组组装。

相似文献

1
Draft Genome Sequence of Thauera sp. Strain SWB20, Isolated from a Singapore Wastewater Treatment Facility Using Gel Microdroplets.从新加坡污水处理设施中利用凝胶微滴分离得到的陶厄氏菌属菌株SWB20的基因组序列草图
Genome Announc. 2015 Mar 19;3(2):e00132-15. doi: 10.1128/genomeA.00132-15.
2
Thauera phenolivorans sp. nov., a phenol degrading bacterium isolated from activated sludge.嗜酚陶厄氏菌新种,一种从活性污泥中分离出的苯酚降解细菌。
Antonie Van Leeuwenhoek. 2017 Dec;110(12):1681-1690. doi: 10.1007/s10482-017-0918-3. Epub 2017 Aug 3.
3
Complete genome of Thauera humireducens SgZ-1, a potential bacterium for environmental remediation and wastewater treatment.嗜水陶厄氏菌SgZ-1的全基因组,一种具有环境修复和废水处理潜力的细菌。
J Biotechnol. 2016 May 10;225:59-60. doi: 10.1016/j.jbiotec.2016.03.029. Epub 2016 Mar 18.
4
sp. nov., isolated from a saline lake in Inner Mongolia.sp. nov.,从内蒙古的一个盐湖中分离得到。
Int J Syst Evol Microbiol. 2019 Dec;69(12):3786-3791. doi: 10.1099/ijsem.0.003679.
5
Thauera hydrothermalis sp. nov., a thermophilic bacterium isolated from hot spring.嗜热栖热菌新种,一种从温泉中分离出的嗜热细菌。
Int J Syst Evol Microbiol. 2018 Oct;68(10):3163-3168. doi: 10.1099/ijsem.0.002960. Epub 2018 Aug 16.
6
[Specific-PCR and denaturing gradient gel electrophoresis assistant isolation of Thauera spp. from a coking wastewater treatment plant].
Wei Sheng Wu Xue Bao. 2008 Dec;48(12):1634-41.
7
Identification and nitrogen removal characteristics of Thauera sp. FDN-01 and application in sequencing batch biofilm reactor.鉴定和脱氮特性的 Thauera sp. FDN-01 及其在序批式生物膜反应器中的应用。
Sci Total Environ. 2019 Nov 10;690:61-69. doi: 10.1016/j.scitotenv.2019.06.453. Epub 2019 Jun 27.
8
Draft Genome Sequence of sp. Strain 260, Isolated from a Uranium Tailings Management Facility in Northern Saskatchewan, Canada.从加拿大萨斯喀彻温省北部铀尾矿管理设施中分离出的菌株260的基因组序列草图。
Microbiol Resour Announc. 2021 Jul;10(26):e0036021. doi: 10.1128/MRA.00360-21. Epub 2021 Jul 1.
9
Thauera propionica sp. nov., isolated from downstream sediment sample of the river Ganges, Kanpur, India.丙酸陶厄氏菌新种,从印度坎普尔恒河下游沉积物样本中分离得到。
Int J Syst Evol Microbiol. 2018 Jan;68(1):341-346. doi: 10.1099/ijsem.0.002508. Epub 2017 Nov 29.
10
Thauera sinica sp. nov., a phenol derivative-degrading bacterium isolated from activated sludge.中华陶厄氏菌新种,一种从活性污泥中分离出的可降解酚类衍生物的细菌。
Antonie Van Leeuwenhoek. 2018 Jun;111(6):945-954. doi: 10.1007/s10482-017-0993-5. Epub 2017 Dec 13.

引用本文的文献

1
Panel 3: Genomics, precision medicine and targeted therapies.板块3:基因组学、精准医学与靶向治疗。
Int J Pediatr Otorhinolaryngol. 2020 Mar;130 Suppl 1(Suppl 1):109835. doi: 10.1016/j.ijporl.2019.109835. Epub 2019 Dec 24.

本文引用的文献

1
Capturing and cultivating single bacterial cells in gel microdroplets to obtain near-complete genomes.在凝胶微滴中捕获和培养单个细菌细胞以获得近乎完整的基因组。
Nat Protoc. 2014 Mar;9(3):608-21. doi: 10.1038/nprot.2014.034. Epub 2014 Feb 13.
2
Using phage display selected antibodies to dissect microbiomes for complete de novo genome sequencing of low abundance microbes.利用噬菌体展示技术筛选出的抗体来解析微生物组,从而对低丰度微生物进行完整的从头基因组测序。
BMC Microbiol. 2013 Nov 27;13:270. doi: 10.1186/1471-2180-13-270.
3
Nonhybrid, finished microbial genome assemblies from long-read SMRT sequencing data.非杂交、基于长读长 SMRT 测序数据的完成微生物基因组组装。
Nat Methods. 2013 Jun;10(6):563-9. doi: 10.1038/nmeth.2474. Epub 2013 May 5.
4
Nearly finished genomes produced using gel microdroplet culturing reveal substantial intraspecies genomic diversity within the human microbiome.利用凝胶微滴培养技术完成的近全基因组序列揭示了人类微生物组内种内基因组的巨大多样性。
Genome Res. 2013 May;23(5):878-88. doi: 10.1101/gr.142208.112. Epub 2013 Mar 14.
5
Complete genome sequence of Thauera aminoaromatica strain MZ1T.氨基芳香族陶厄氏菌菌株MZ1T的全基因组序列
Stand Genomic Sci. 2012 Jul 30;6(3):325-35. doi: 10.4056/sigs.2696029. Epub 2012 Jul 20.
6
Draft genome sequences of five strains in the genus thauera.陶厄氏菌属五个菌株的基因组序列草图
Genome Announc. 2013 Jan;1(1). doi: 10.1128/genomeA.00052-12. Epub 2013 Jan 31.
7
Artificial polyploidy improves bacterial single cell genome recovery.人工多倍体可提高细菌单细胞基因组的回收率。
PLoS One. 2012;7(5):e37387. doi: 10.1371/journal.pone.0037387. Epub 2012 May 22.
8
IDBA-UD: a de novo assembler for single-cell and metagenomic sequencing data with highly uneven depth.IDBA-UD:一个用于具有高度不均匀深度的单细胞和宏基因组测序数据的从头组装程序。
Bioinformatics. 2012 Jun 1;28(11):1420-8. doi: 10.1093/bioinformatics/bts174. Epub 2012 Apr 11.
9
Ergatis: a web interface and scalable software system for bioinformatics workflows.Ergatis:一个用于生物信息学工作流程的网络界面和可扩展软件系统。
Bioinformatics. 2010 Jun 15;26(12):1488-92. doi: 10.1093/bioinformatics/btq167. Epub 2010 Apr 22.
10
Thauera butanivorans sp. nov., a C2-C9 alkane-oxidizing bacterium previously referred to as 'Pseudomonas butanovora'.布氏陶厄氏菌新种,一种先前被称为“丁酸假单胞菌”的C2 - C9烷氧化细菌。
Int J Syst Evol Microbiol. 2009 Jul;59(Pt 7):1576-8. doi: 10.1099/ijs.0.000638-0. Epub 2009 Jun 15.