tmle.npvi：靶向、综合搜索 DNA 拷贝数和基因表达之间的关联，考虑 DNA 甲基化。
tmle.npvi: targeted, integrative search of associations between DNA copy number and gene expression, accounting for DNA methylation.
机构信息
Modal'X, Université Paris Ouest Nanterre, Nanterre, France and Laboratoire de Mathématiques et Modélisation d'Évry, Université d'Évry val d'Essonne, UMR CNRS 8071, ENSIIE, USC INRA, Évry, France.
出版信息
Bioinformatics. 2015 Sep 15;31(18):3054-6. doi: 10.1093/bioinformatics/btv320. Epub 2015 May 21.
UNLABELLED
We describe the implementation of the method introduced by Chambaz et al. in 2012. We also demonstrate its genome-wide application to the integrative search of new regions with strong association between DNA copy number and gene expression accounting for DNA methylation in breast cancers.
AVAILABILITY AND IMPLEMENTATION
An open-source R package tmle.npvi is available from CRAN (http://cran.r-project.org/).
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未加标签
我们描述了 2012 年 Chambaz 等人引入的方法的实施情况。我们还展示了它在全基因组范围内的应用，即综合搜索新区域，这些区域在乳腺癌中具有较强的 DNA 拷贝数和基因表达之间的关联，同时考虑了 DNA 甲基化。
可用性和实现
一个名为 tmle.npvi 的开源 R 包可从 CRAN（http://cran.r-project.org/）获得。
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