• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利:CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法,用中文像聊天一样搜索,搜遍4000万医学文献。AI智能推荐,让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版,准确专业,支持PDF/Word/PPT等文件格式,支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述,25分钟生成高质量综述,智能提取关键信息,辅助科研写作。

立即免费体验

持续定向进化DNA结合蛋白以提高转录激活样效应因子核酸酶(TALEN)的特异性。

Continuous directed evolution of DNA-binding proteins to improve TALEN specificity.

作者信息

Hubbard Basil P, Badran Ahmed H, Zuris John A, Guilinger John P, Davis Kevin M, Chen Liwei, Tsai Shengdar Q, Sander Jeffry D, Joung J Keith, Liu David R

机构信息

Department of Chemistry and Chemical Biology, Harvard University, Cambridge, Massachusetts, USA.

Molecular Pathology Unit, Massachusetts General Hospital, Charlestown, Massachusetts, USA.

出版信息

Nat Methods. 2015 Oct;12(10):939-42. doi: 10.1038/nmeth.3515. Epub 2015 Aug 10.

DOI:10.1038/nmeth.3515
PMID:26258293
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC4589463/
Abstract

Nucleases containing programmable DNA-binding domains can alter the genomes of model organisms and have the potential to become human therapeutics. Here we present DNA-binding phage-assisted continuous evolution (DB-PACE) as a general approach for the laboratory evolution of DNA-binding activity and specificity. We used this system to generate transcription activator-like effectors nucleases (TALENs) with broadly improved DNA cleavage specificity, establishing DB-PACE as a versatile approach for improving the accuracy of genome-editing agents.

摘要

含有可编程DNA结合结构域的核酸酶可以改变模式生物的基因组,并有可能成为人类治疗药物。在此,我们提出了DNA结合噬菌体辅助连续进化(DB-PACE),作为一种用于DNA结合活性和特异性实验室进化的通用方法。我们使用该系统生成了具有广泛改善的DNA切割特异性的转录激活样效应物核酸酶(TALENs),确立了DB-PACE作为提高基因组编辑试剂准确性的通用方法。

https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/aa25/4589463/4340b2747b6b/nihms707553f2.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/aa25/4589463/2effaabf7d2c/nihms707553f1.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/aa25/4589463/4340b2747b6b/nihms707553f2.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/aa25/4589463/2effaabf7d2c/nihms707553f1.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/aa25/4589463/4340b2747b6b/nihms707553f2.jpg

相似文献

1
Continuous directed evolution of DNA-binding proteins to improve TALEN specificity.持续定向进化DNA结合蛋白以提高转录激活样效应因子核酸酶(TALEN)的特异性。
Nat Methods. 2015 Oct;12(10):939-42. doi: 10.1038/nmeth.3515. Epub 2015 Aug 10.
2
A novel TALE nuclease scaffold enables high genome editing activity in combination with low toxicity.一种新型的 TALE 核酸酶支架与低毒性相结合,可实现高基因组编辑活性。
Nucleic Acids Res. 2011 Nov;39(21):9283-93. doi: 10.1093/nar/gkr597. Epub 2011 Aug 3.
3
Transcription activator-like effector nucleases (TALENs): a highly efficient and versatile tool for genome editing.转录激活样效应物核酸酶(TALENs):一种高效、多功能的基因组编辑工具。
Biotechnol Bioeng. 2013 Jul;110(7):1811-21. doi: 10.1002/bit.24890. Epub 2013 Apr 7.
4
SunnyTALEN: a second-generation TALEN system for human genome editing.SunnyTALEN:一种用于人类基因组编辑的第二代 TALEN 系统。
Biotechnol Bioeng. 2014 Apr;111(4):683-91. doi: 10.1002/bit.25154. Epub 2013 Dec 11.
5
Broad specificity profiling of TALENs results in engineered nucleases with improved DNA-cleavage specificity.TALEN 广谱特异性分析导致工程化核酸酶具有改善的 DNA 切割特异性。
Nat Methods. 2014 Apr;11(4):429-35. doi: 10.1038/nmeth.2845. Epub 2014 Feb 16.
6
Engineering Customized TALENs Using the Platinum Gate TALEN Kit.使用铂门TALEN试剂盒构建定制化TALENs
Methods Mol Biol. 2016;1338:61-70. doi: 10.1007/978-1-4939-2932-0_6.
7
TALENs: a widely applicable technology for targeted genome editing.TALENs:一种广泛应用的靶向基因组编辑技术。
Nat Rev Mol Cell Biol. 2013 Jan;14(1):49-55. doi: 10.1038/nrm3486. Epub 2012 Nov 21.
8
Efficient TALEN construction and evaluation methods for human cell and animal applications.高效 TALEN 的构建和评估方法在人类细胞和动物中的应用。
Genes Cells. 2013 Apr;18(4):315-26. doi: 10.1111/gtc.12037. Epub 2013 Feb 6.
9
TALENs-Assisted Multiplex Editing for Accelerated Genome Evolution To Improve Yeast Phenotypes.TALENs辅助的多重编辑加速基因组进化以改善酵母表型
ACS Synth Biol. 2015 Oct 16;4(10):1101-11. doi: 10.1021/acssynbio.5b00074. Epub 2015 Sep 11.
10
Designing and testing the activities of TAL effector nucleases.设计并测试转录激活样效应因子核酸酶的活性。
Methods Mol Biol. 2014;1114:203-19. doi: 10.1007/978-1-62703-761-7_13.

引用本文的文献

1
PANCS-Binders: a rapid, high-throughput binder discovery platform.PANCS 结合物:一个快速、高通量的结合物发现平台。
Nat Methods. 2025 Aug;22(8):1720-1730. doi: 10.1038/s41592-025-02740-0. Epub 2025 Aug 6.
2
A genetically encoded selection for amyloid-β oligomer binders.一种针对淀粉样β寡聚体结合剂的基因编码筛选方法。
Nat Chem Biol. 2025 Jul 15. doi: 10.1038/s41589-025-01975-4.
3
Mechanisms and engineering of a miniature type V-N CRISPR-Cas12 effector enzyme.微型V型-N型CRISPR-Cas12效应酶的作用机制与工程学

本文引用的文献

1
Cationic lipid-mediated delivery of proteins enables efficient protein-based genome editing in vitro and in vivo.阳离子脂质介导的蛋白质递送能够在体外和体内实现高效的基于蛋白质的基因组编辑。
Nat Biotechnol. 2015 Jan;33(1):73-80. doi: 10.1038/nbt.3081. Epub 2014 Oct 30.
2
A system for the continuous directed evolution of proteases rapidly reveals drug-resistance mutations.一种用于蛋白酶连续定向进化的系统能快速揭示耐药性突变。
Nat Commun. 2014 Oct 30;5:5352. doi: 10.1038/ncomms6352.
3
Gene editing of CCR5 in autologous CD4 T cells of persons infected with HIV.
Nat Commun. 2025 Jul 1;16(1):5667. doi: 10.1038/s41467-025-61290-3.
4
Programmable gene insertion in human cells with a laboratory-evolved CRISPR-associated transposase.利用实验室进化的CRISPR相关转座酶在人类细胞中进行可编程基因插入。
Science. 2025 May 15;388(6748):eadt5199. doi: 10.1126/science.adt5199.
5
Nickase fidelity drives EvolvR-mediated diversification in mammalian cells.切口酶保真度驱动EvolvR介导的哺乳动物细胞多样化。
Nat Commun. 2025 Apr 19;16(1):3723. doi: 10.1038/s41467-025-58414-0.
6
High-throughput protein binder discovery by rapid in vivo selection.通过快速体内筛选进行高通量蛋白质结合剂发现
bioRxiv. 2025 Jan 17:2025.01.06.631531. doi: 10.1101/2025.01.06.631531.
7
Rapid discovery of cyclic peptide protein aggregation inhibitors by continuous selection.通过连续筛选快速发现环肽蛋白聚集抑制剂
Nat Chem Biol. 2025 Apr;21(4):588-597. doi: 10.1038/s41589-024-01823-x. Epub 2025 Jan 13.
8
Unconstrained Precision Mitochondrial Genome Editing with αDdCBEs.无约束精度的 αDdCBE 介导的线粒体基因组编辑。
Hum Gene Ther. 2024 Oct;35(19-20):798-813. doi: 10.1089/hum.2024.073. Epub 2024 Sep 24.
9
Directed evolution of hyperactive integrases for site specific insertion of transgenes.定向进化超活整合酶实现转基因的位点特异性插入。
Nucleic Acids Res. 2024 Aug 12;52(14):e64. doi: 10.1093/nar/gkae534.
10
Directed evolution of hyperactive integrases for site specific insertion of transgenes.用于转基因位点特异性插入的高活性整合酶的定向进化。
bioRxiv. 2024 Jun 11:2024.06.10.598370. doi: 10.1101/2024.06.10.598370.
对感染 HIV 人群的自体 CD4 T 细胞中的 CCR5 进行基因编辑。
N Engl J Med. 2014 Mar 6;370(10):901-10. doi: 10.1056/NEJMoa1300662.
4
Broad specificity profiling of TALENs results in engineered nucleases with improved DNA-cleavage specificity.TALEN 广谱特异性分析导致工程化核酸酶具有改善的 DNA 切割特异性。
Nat Methods. 2014 Apr;11(4):429-35. doi: 10.1038/nmeth.2845. Epub 2014 Feb 16.
5
Negative selection and stringency modulation in phage-assisted continuous evolution.噬菌体辅助连续进化中的负选择和字符串强度调制。
Nat Chem Biol. 2014 Mar;10(3):216-22. doi: 10.1038/nchembio.1453. Epub 2014 Feb 2.
6
Creating a TALE protein with unbiased 5'-T binding.利用无偏 5'-T 结合创建 TALE 蛋白。
Biochem Biophys Res Commun. 2013 Nov 8;441(1):262-5. doi: 10.1016/j.bbrc.2013.10.060. Epub 2013 Oct 19.
7
Directed evolution of the TALE N-terminal domain for recognition of all 5' bases.靶向进化 TALE 蛋白 N 端结构域以识别所有 5' 碱基。
Nucleic Acids Res. 2013 Nov;41(21):9779-85. doi: 10.1093/nar/gkt754. Epub 2013 Aug 26.
8
Experimental interrogation of the path dependence and stochasticity of protein evolution using phage-assisted continuous evolution.利用噬菌体辅助连续进化实验研究蛋白质进化的路径依赖性和随机性。
Proc Natl Acad Sci U S A. 2013 May 28;110(22):9007-12. doi: 10.1073/pnas.1220670110. Epub 2013 May 14.
9
ZFN, TALEN, and CRISPR/Cas-based methods for genome engineering.基于 ZFN、TALEN 和 CRISPR/Cas 的基因组编辑方法。
Trends Biotechnol. 2013 Jul;31(7):397-405. doi: 10.1016/j.tibtech.2013.04.004. Epub 2013 May 9.
10
Comprehensive interrogation of natural TALE DNA-binding modules and transcriptional repressor domains.全面研究天然 TALE DNA 结合模块和转录抑制结构域。
Nat Commun. 2012 Jul 24;3:968. doi: 10.1038/ncomms1962.