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GEE：一种用于基因表达数据探索的信息学工具。

GEE: An Informatics Tool for Gene Expression Data Explore.

作者信息

Lee Soo Youn, Park Chan Hee, Yoon Jun Hee, Yun Sunmin, Kim Ju Han

机构信息

Seoul National University Biomedical Informatics (SNUBI), Seoul National University College of Medicine, Seoul, Korea.

Seoul National University Biomedical Informatics (SNUBI), Seoul National University College of Medicine, Seoul, Korea.; Systems Biomedical Informatics-National Core Research Center (SBI-NCRC), Seoul National University College of Medicine, Seoul, Korea.

出版信息

Healthc Inform Res. 2016 Apr;22(2):81-8. doi: 10.4258/hir.2016.22.2.81. Epub 2016 Apr 30.

DOI:10.4258/hir.2016.22.2.81
PMID:27200217
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC4871849/
Abstract

OBJECTIVES

Major public high-throughput functional genomic data repositories, including the Gene Expression Omnibus (GEO) and ArrayExpress have rapidly expanded. As a result, a large number of diverse high-throughput functional genomic data retrieval systems have been developed. However, high-throughput functional genomic data retrieval remains challenging.

METHODS

We developed Gene Expression data Explore (GEE), the first powerful, flexible web and mobile search application for searching whole-genome epigenetic data and microarray data in public databases, such as GEO and ArrayExpress.

RESULTS

GEE provides an elaborate, convenient interface of query generation competences not available via various high-throughput functional genomic data retrieval systems, including GEO, ArrayExpress, and Atlas. In particular, GEE provides a suitable query generator using eVOC, the Experimental Factor Ontology (EFO), which is well represented with a variety of high-throughput functional genomic data experimental conditions. In addition, GEE provides an experimental design query constructor (EDQC), which provides elaborate retrieval filter conditions when the user designs real experiments.

CONCLUSIONS

The web version of GEE is available at http://www.snubi.org/software/gee, and its app version is available from the Apple App Store.

摘要

目的

包括基因表达综合数据库（GEO）和ArrayExpress在内的主要公共高通量功能基因组数据存储库迅速扩展。因此，大量不同的高通量功能基因组数据检索系统得以开发。然而，高通量功能基因组数据检索仍然具有挑战性。

方法

我们开发了基因表达数据探索工具（GEE），这是首个功能强大、灵活的网络和移动搜索应用程序，用于在诸如GEO和ArrayExpress等公共数据库中搜索全基因组表观遗传数据和微阵列数据。

结果

GEE提供了一个精心设计、便捷的查询生成界面，这是包括GEO、ArrayExpress和Atlas在内的各种高通量功能基因组数据检索系统所不具备的。特别是，GEE使用实验因子本体（EFO）中的eVOC提供了一个合适 的查询生成器，它能很好地代表各种高通量功能基因组数据实验条件。此外，GEE还提供了一个实验设计查询构造器（EDQC），当用户设计实际实验时，它能提供精心设计的检索过滤条件。

结论

GEE的网络版可在http://www.snubi.org/software/gee上获取，其应用程序版本可从苹果应用商店获得。

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