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GppFst:FST和dXY的基因组后验预测模拟,用于从群体基因组数据中识别异常位点。

GppFst: genomic posterior predictive simulations of FST and dXY for identifying outlier loci from population genomic data.

作者信息

Adams Richard H, Schield Drew R, Card Daren C, Blackmon Heath, Castoe Todd A

机构信息

Department of Biology, The University of Texas at Arlington, Arlington, TX 76019, USA.

Department of Ecology, Evolution & Behavior, University of Minnesota, Saint Paul, MN 55108, USA.

出版信息

Bioinformatics. 2017 May 1;33(9):1414-1415. doi: 10.1093/bioinformatics/btw795.

Abstract

SUMMARY

We introduce GppFst, an open source R package that generates posterior predictive distributions of FST and dx under a neutral coalescent model to identify putative targets of selection from genomic data.

AVAILABILITY AND IMPLEMENTATION

GppFst is available at ( https://github.com/radamsRHA/GppFst ).

CONTACT

todd.castoe@uta.edu.

SUPPLEMENTARY INFORMATION

Supplementary data are available at Bioinformatics online.

摘要

摘要

我们介绍了GppFst,这是一个开源的R包,它在中性合并模型下生成FST和dx的后验预测分布,以从基因组数据中识别潜在的选择目标。

可用性和实现方式

GppFst可在(https://github.com/radamsRHA/GppFst)获取。

联系方式

todd.castoe@uta.edu

补充信息

补充数据可在《生物信息学》在线获取。

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