PhylOligo：一个用于鉴定基因组组装中污染物或非目标生物序列的软件包。
PhylOligo: a package to identify contaminant or untargeted organism sequences in genome assemblies.
机构信息
INRA UR875, Unité Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse (MIAT), Auzeville, 31326 Castanet-Tolosan, France.
CNRS UMR7590, Sorbonne Universités, Université Pierre et Marie Curie - Paris 6, MNHN, IRD - IUC, Paris, France.
出版信息
Bioinformatics. 2017 Oct 15;33(20):3283-3285. doi: 10.1093/bioinformatics/btx396.
MOTIVATION
Genome sequencing projects sometimes uncover more organisms than expected, especially for complex and/or non-model organisms. It is therefore useful to develop software to identify mix of organisms from genome sequence assemblies.
RESULTS
Here we present PhylOligo, a new package including tools to explore, identify and extract organism-specific sequences in a genome assembly using the analysis of their DNA compositional characteristics.
AVAILABILITY AND IMPLEMENTATION
The tools are written in Python3 and R under the GPLv3 Licence and can be found at https://github.com/itsmeludo/Phyloligo/.
CONTACT
SUPPLEMENTARY INFORMATION
Supplementary data are available at Bioinformatics online.
动机
基因组测序项目有时会发现超出预期的生物体，特别是对于复杂和/或非模式生物体。因此，开发一种能够从基因组序列组装中识别混合生物体的软件是很有用的。
结果
在这里，我们提出了 PhylOligo，这是一个新的软件包，包括使用分析其 DNA 组成特征来探索、识别和提取基因组组装中特定生物体序列的工具。
可用性和实现
这些工具是在 GPLv3 许可证下使用 Python3 和 R 编写的，可以在 https://github.com/itsmeludo/Phyloligo/ 找到。
联系方式
补充信息
补充数据可在“Bioinformatics”在线获取。
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