• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利:CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法,用中文像聊天一样搜索,搜遍4000万医学文献。AI智能推荐,让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版,准确专业,支持PDF/Word/PPT等文件格式,支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述,25分钟生成高质量综述,智能提取关键信息,辅助科研写作。

立即免费体验

流式细胞术的高维建模:使用GemStone™和Verity Cen-se'™高清t-SNE映射构建坚如磐石的模型。

High-Dimensional Modeling for Cytometry: Building Rock Solid Models Using GemStone™ and Verity Cen-se'™ High-Definition t-SNE Mapping.

作者信息

Bruce Bagwell C

机构信息

Verity Software House, P.O. Box 247, 45A Augusta Road, Topshsam, ME, 04086, USA.

出版信息

Methods Mol Biol. 2018;1678:11-36. doi: 10.1007/978-1-4939-7346-0_2.

DOI:10.1007/978-1-4939-7346-0_2
PMID:29071673
Abstract

This chapter outlines how to approach the complex tasks associated with designing models for high-dimensional cytometry data. Unlike gating approaches, modeling lends itself to automation and accounts for measurement overlap among cellular populations. Designing these models is now easier because of a new technique called high-definition t-SNE mapping. Nontrivial examples are provided that serve as a guide to create models that are consistent with data.

摘要

本章概述了如何处理与高维细胞计数数据模型设计相关的复杂任务。与门控方法不同,建模便于自动化操作,并能处理细胞群体间的测量重叠问题。由于一种名为高清t-SNE映射的新技术,现在设计这些模型变得更加容易。文中提供了一些重要示例,可作为创建与数据相符模型的指南。

相似文献

1
High-Dimensional Modeling for Cytometry: Building Rock Solid Models Using GemStone™ and Verity Cen-se'™ High-Definition t-SNE Mapping.流式细胞术的高维建模:使用GemStone™和Verity Cen-se'™高清t-SNE映射构建坚如磐石的模型。
Methods Mol Biol. 2018;1678:11-36. doi: 10.1007/978-1-4939-7346-0_2.
2
Probability state modeling theory.概率状态建模理论
Cytometry A. 2015 Jul;87(7):646-60. doi: 10.1002/cyto.a.22687. Epub 2015 May 25.
3
Automated quantitation of fetomaternal hemorrhage by flow cytometry for HbF-containing fetal red blood cells using probability state modeling.采用概率状态建模的流式细胞术对含 HbF 的胎儿红细胞进行胎母出血的自动定量分析。
Int J Lab Hematol. 2013 Oct;35(5):548-54. doi: 10.1111/ijlh.12060. Epub 2013 Mar 22.
4
Automated analysis of flow cytometric data for measuring neutrophil CD64 expression using a multi-instrument compatible probability state model.使用多仪器兼容概率状态模型对测量中性粒细胞CD64表达的流式细胞术数据进行自动化分析。
Cytometry B Clin Cytom. 2015 Jul-Aug;88(4):227-35. doi: 10.1002/cyto.b.21217. Epub 2015 Feb 6.
5
The end of gating? An introduction to automated analysis of high dimensional cytometry data.门控的终结?高维细胞计数数据自动分析简介。
Eur J Immunol. 2016 Jan;46(1):34-43. doi: 10.1002/eji.201545774. Epub 2015 Nov 30.
6
Automated analysis of GPI-deficient leukocyte flow cytometric data using GemStone™.使用 GemStone™ 对 GPI 缺陷白细胞流式细胞术数据进行自动化分析。
Cytometry B Clin Cytom. 2012 Sep;82(5):319-24. doi: 10.1002/cyto.b.21024. Epub 2012 May 4.
7
Quantitative Comparison of Conventional and t-SNE-guided Gating Analyses.常规门控分析与 t-SNE 引导门控分析的定量比较。
Front Immunol. 2019 Jun 5;10:1194. doi: 10.3389/fimmu.2019.01194. eCollection 2019.
8
cytometree: A binary tree algorithm for automatic gating in cytometry analysis.细胞计量树:流式细胞分析中用于自动门控的二叉树算法。
Cytometry A. 2018 Nov;93(11):1132-1140. doi: 10.1002/cyto.a.23601. Epub 2018 Oct 2.
9
MIMIC: an optimization method to identify cell type-specific marker panel for cell sorting.MIMIC:一种用于鉴定细胞分选的细胞类型特异性标记组合的优化方法。
Brief Bioinform. 2021 Nov 5;22(6). doi: 10.1093/bib/bbab235.
10
Automated optimized parameters for T-distributed stochastic neighbor embedding improve visualization and analysis of large datasets.自动优化的 T 分布随机近邻嵌入参数可改善大数据集的可视化和分析。
Nat Commun. 2019 Nov 28;10(1):5415. doi: 10.1038/s41467-019-13055-y.

引用本文的文献

1
OPTIMAL: An OPTimized Imaging Mass cytometry AnaLysis framework for benchmarking segmentation and data exploration.OPTIMAL:用于基准测试分割和数据探索的优化成像质谱细胞分析框架。
Cytometry A. 2024 Jan;105(1):36-53. doi: 10.1002/cyto.a.24803. Epub 2023 Oct 5.
2
Development of Single-Cell Transcriptomics and Its Application in COVID-19.单细胞转录组学的发展及其在 COVID-19 中的应用。
Viruses. 2022 Oct 16;14(10):2271. doi: 10.3390/v14102271.
3
Loss-of-function of the hippo transducer TAZ reduces mammary tumor growth through a myeloid-derived suppressor cell-dependent mechanism.
TAZ 是 hippo 信号通路的效应物,其功能丧失通过髓系来源的抑制性细胞依赖的机制减少了乳腺肿瘤的生长。
Cancer Gene Ther. 2022 Nov;29(11):1791-1800. doi: 10.1038/s41417-022-00502-0. Epub 2022 Jul 15.
4
Multi-site reproducibility of a human immunophenotyping assay in whole blood and peripheral blood mononuclear cells preparations using CyTOF technology coupled with Maxpar Pathsetter, an automated data analysis system.使用 CyTOF 技术和 Maxpar Pathsetter(一种自动化数据分析系统),在全血和外周血单核细胞制备物中进行人类免疫表型分析测定的多站点重现性。
Cytometry B Clin Cytom. 2020 Mar;98(2):146-160. doi: 10.1002/cyto.b.21858. Epub 2019 Nov 23.