Excel 中的 MetaMap Lite：面向非技术用户的生物医学命名实体识别
MetaMap Lite in Excel: Biomedical Named-Entity Recognition for Non-Technical Users.
作者信息
Bhupatiraju Ravi Teja, Fung Kin Wah, Bodenreider Olivier
机构信息
National Library of Medicine, Bethesda, MD, USA.
出版信息
Stud Health Technol Inform. 2017;245:1252.
Abstract
We developed an easy-to-use tool for non-technical biomedical researchers to conduct Named-Entity Recognition (NER) on biomedical text, in a familiar spreadsheet environment. The system is a simple, offline, easy to install, end-user front-end to the new MetaMap Lite. Early adopters found it to be a quick starting-point to incorporate NER in their investigations.
摘要
我们为非技术型生物医学研究人员开发了一种易于使用的工具，以便他们在熟悉的电子表格环境中对生物医学文本进行命名实体识别（NER）。该系统是全新MetaMap Lite的一个简单、离线、易于安装的终端用户前端。早期使用者发现它是在其研究中纳入NER的一个快速起点。
相似文献
1
MetaMap Lite in Excel: Biomedical Named-Entity Recognition for Non-Technical Users.Excel 中的 MetaMap Lite：面向非技术用户的生物医学命名实体识别
Stud Health Technol Inform. 2017;245:1252.
2
MetaMap Lite: an evaluation of a new Java implementation of MetaMap.MetaMap精简版：对MetaMap新Java实现的评估
J Am Med Inform Assoc. 2017 Jul 1;24(4):841-844. doi: 10.1093/jamia/ocw177.
3
Assessment of disease named entity recognition on a corpus of annotated sentences.基于带注释句子语料库的疾病命名实体识别评估。
BMC Bioinformatics. 2008 Apr 11;9 Suppl 3(Suppl 3):S3. doi: 10.1186/1471-2105-9-S3-S3.
4
Challenges in clinical natural language processing for automated disorder normalization.临床自然语言处理中自动疾病标准化的挑战。
J Biomed Inform. 2015 Oct;57:28-37. doi: 10.1016/j.jbi.2015.07.010. Epub 2015 Jul 14.
5
POSBIOTM-NER: a trainable biomedical named-entity recognition system.POSBIOTM-NER：一个可训练的生物医学命名实体识别系统。
Bioinformatics. 2005 Jun 1;21(11):2794-6. doi: 10.1093/bioinformatics/bti414. Epub 2005 Apr 6.
6
Cimind: A phonetic-based tool for multilingual named entity recognition in biomedical texts.Cimind：一种基于语音的生物医学文本多语言命名实体识别工具。
J Biomed Inform. 2019 Jun;94:103176. doi: 10.1016/j.jbi.2019.103176. Epub 2019 Apr 11.
7
8
MMBERT: a unified framework for biomedical named entity recognition.MMBERT：一个用于生物医学命名实体识别的统一框架。
Med Biol Eng Comput. 2024 Jan;62(1):327-341. doi: 10.1007/s11517-023-02934-8. Epub 2023 Oct 14.
9
Various criteria in the evaluation of biomedical named entity recognition.生物医学命名实体识别评估中的各种标准。
BMC Bioinformatics. 2006 Feb 24;7:92. doi: 10.1186/1471-2105-7-92.
10
Improving named entity recognition accuracy for gene and protein in biomedical text literature.提高生物医学文本中基因和蛋白质的命名实体识别准确性。
Int J Data Min Bioinform. 2014;10(3):239-68. doi: 10.1504/ijdmb.2014.064523.
引用本文的文献
1
A Systematic Approach to Configuring MetaMap for Optimal Performance.系统方法配置 MetaMap 以实现最佳性能。
Methods Inf Med. 2022 Dec;61(S 02):e51-e63. doi: 10.1055/a-1862-0421. Epub 2022 May 25.
2
A Systematic Framework for Analyzing Patient-Generated Narrative Data: Protocol for a Content Analysis.用于分析患者生成的叙事数据的系统框架：内容分析方案
JMIR Res Protoc. 2019 Aug 26;8(8):13914. doi: 10.2196/13914.
3
DQueST: dynamic questionnaire for search of clinical trials.DQueST：用于临床试验搜索的动态问卷。
J Am Med Inform Assoc. 2019 Nov 1;26(11):1333-1343. doi: 10.1093/jamia/ocz121.
Zotero 插件