基因型 1-6 亚型内按地理区域划分的丙型肝炎病毒遗传多样性，在接受 glecaprevir 和 pibrentasvir 治疗的患者中。
Hepatitis C virus genetic diversity by geographic region within genotype 1-6 subtypes among patients treated with glecaprevir and pibrentasvir.
机构信息
Research & Development, AbbVie Inc., North Chicago, Illinois, United States of America.
出版信息
PLoS One. 2018 Oct 4;13(10):e0205186. doi: 10.1371/journal.pone.0205186. eCollection 2018.
Hepatitis C virus (HCV) is genetically diverse and includes 7 genotypes and 67 confirmed subtypes, and the global distribution of each HCV genotype (GT) varies by geographic region. In this report, we utilized a large dataset of NS3/4A and NS5A sequences isolated from 2348 HCV GT1-6-infected patients treated with the regimen containing glecaprevir/pibrentasvir (GLE/PIB) to assess genetic diversity within HCV subtypes by geographic region using phylogenetic analyses, and evaluated the prevalence of baseline amino acid polymorphisms in NS3 and NS5A by region/country and phylogenetic cluster. Among 2348 NS3/4A and NS5A sequences, phylogenetic analysis identified 6 genotypes and 44 subtypes, including 3 GT1, 8 GT2, 3 GT3, 13 GT4, 1 GT5, and 16 GT6 subtypes. Phylogenetic analysis of HCV subtype 1a confirmed the presence of two clades, which differed by geographic region distribution and NS3 Q80K prevalence. We detected phylogenetic clustering by country in HCV subtypes 1a, 1b, 2a, 2b, and 5a, suggesting that genetically distinct virus lineages are circulating in different countries. In addition, two clades were detected in HCV GT4a and GT6e, and NS5A amino acid polymorphisms were differentially distributed between the 2 clades in each subtype. The prevalence of NS3 and NS5A baseline polymorphisms varied substantially by genotype and subtype; therefore, we also determined the activity of GLE or PIB against replicons containing NS3/4A or NS5A from HCV GT1-6 clinical samples representing 6 genotypes and 21 subtypes overall. GLE and PIB retained activity against the majority of HCV replicons containing NS3/4A or NS5A from HCV GT1-6 clinical samples, with a median EC50 of 0.29 nM for GLE and 1.1 pM for PIB in a transient replicon assay. The data presented in this report expands the available data on HCV epidemiology, subtype diversity by geographic region, and NS3 and NS5A baseline polymorphism prevalence.
丙型肝炎病毒 (HCV) 具有遗传多样性，包括 7 种基因型和 67 种已确认的亚型，并且每种 HCV 基因型 (GT) 的全球分布因地理位置而异。在本报告中，我们利用包含 glecaprevir/pibrentasvir (GLE/PIB) 的方案治疗的 2348 例 HCV GT1-6 感染患者的 NS3/4A 和 NS5A 序列的大型数据集，通过系统进化分析评估按地理位置划分的 HCV 亚型内的遗传多样性，并按区域/国家和系统进化簇评估 NS3 和 NS5A 中基线氨基酸多态性的流行率。在 2348 个 NS3/4A 和 NS5A 序列中，系统进化分析鉴定出 6 种基因型和 44 种亚型，包括 3 种 GT1、8 种 GT2、3 种 GT3、13 种 GT4、1 种 GT5 和 16 种 GT6 亚型。HCV 亚型 1a 的系统进化分析证实了两个分支的存在，这些分支的地理分布和 NS3 Q80K 流行率不同。我们在 HCV 亚型 1a、1b、2a、2b 和 5a 中检测到按国家聚类的情况，表明不同国家正在传播遗传上不同的病毒谱系。此外，在 HCV GT4a 和 GT6e 中检测到两个分支，在每个亚型的两个分支中，NS5A 氨基酸多态性的分布存在差异。NS3 和 NS5A 基线多态性的流行率因基因型和亚型而异；因此，我们还针对代表总体 6 种基因型和 21 种亚型的 HCV GT1-6 临床样本中的 NS3/4A 或 NS5A 测定了 GLE 或 PIB 对复制子的活性。在瞬时复制子测定中，GLE 和 PIB 对包含 HCV GT1-6 临床样本中 NS3/4A 或 NS5A 的大多数 HCV 复制子保持活性，GLE 的中位 EC50 为 0.29 nM，PIB 的中位 EC50 为 1.1 pM。本报告中提供的数据扩展了 HCV 流行病学、按地理位置划分的亚型多样性以及 NS3 和 NS5A 基线多态性流行率的现有数据。
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