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动力学数据评估:这些数字告诉我们关于 PRMTs 的什么信息。

Evaluation of kinetic data: What the numbers tell us about PRMTs.

机构信息

Faculty of Pharmaceutical Sciences, University of British Columbia, 2405 Wesbrook Mall, Vancouver, BC V6T 1Z3, Canada.

Faculty of Pharmaceutical Sciences, University of British Columbia, 2405 Wesbrook Mall, Vancouver, BC V6T 1Z3, Canada.

出版信息

Biochim Biophys Acta Proteins Proteom. 2019 Mar;1867(3):306-316. doi: 10.1016/j.bbapap.2018.10.010. Epub 2018 Oct 17.

DOI:10.1016/j.bbapap.2018.10.010
PMID:30342239
Abstract

Protein arginine N-methyltransferase (PRMT) kinetic parameters have been catalogued over the past fifteen years for eight of the nine mammalian enzyme family members. Like the majority of methyltransferases, these enzymes employ the highly ubiquitous cofactor S-adenosyl-l-methionine as a co-substrate to methylate arginine residues in peptidic substrates with an approximately 4-μM median K. The median values for PRMT turnover number (k) and catalytic efficiency (k/K) are 0.0051 s and 708 M s, respectively. When comparing PRMT metrics to entries found in the BRENDA database, we find that while PRMTs exhibit high substrate affinity relative to other enzyme-substrate pairs, PRMTs display largely lower k and k/K values. We observe that kinetic parameters for PRMTs and arginine demethylase activity from dual-functioning lysine demethylases are statistically similar, paralleling what the broader enzyme families in which they belong reveal, and adding to the evidence in support of arginine methylation reversibility.

摘要

在过去的十五年中,已经对九种哺乳动物酶家族成员中的八种进行了蛋白质精氨酸 N-甲基转移酶 (PRMT) 的动力学参数编目。与大多数甲基转移酶一样,这些酶采用高度普遍存在的辅因子 S-腺苷甲硫氨酸作为共底物,以约 4-μM 的中位数 K 将精氨酸残基甲基化到肽底物中。PRMT 周转率 (k) 和催化效率 (k/K) 的中位数值分别为 0.0051 s 和 708 M s。当将 PRMT 指标与 BRENDA 数据库中的条目进行比较时,我们发现,虽然 PRMT 相对于其他酶-底物对表现出高底物亲和力,但 PRMT 显示出的 k 和 k/K 值要低得多。我们观察到,双功能赖氨酸去甲基酶的 PRMT 动力学参数和精氨酸去甲基酶活性在统计学上相似,这与它们所属的更广泛的酶家族所揭示的情况一致,并为支持精氨酸甲基化的可逆性增加了证据。

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