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TransLiG：一种基于线图迭代的从头转录组组装算法。

TransLiG: a de novo transcriptome assembler that uses line graph iteration.

机构信息

School of Mathematics, Shandong University, Jinan, 250100, China.

出版信息

Genome Biol. 2019 Apr 23;20(1):81. doi: 10.1186/s13059-019-1690-7.

DOI:10.1186/s13059-019-1690-7
PMID:31014374
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC6480747/
Abstract

We present TransLiG, a new de novo transcriptome assembler, which is able to integrate the sequence depth and pair-end information into the assembling procedure by phasing paths and iteratively constructing line graphs starting from splicing graphs. TransLiG is shown to be significantly superior to all the salient de novo assemblers in both accuracy and computing resources when tested on artificial and real RNA-seq data. TransLiG is freely available at https://sourceforge.net/projects/transcriptomeassembly/files/ .

摘要

我们提出了 TransLiG，这是一种新的从头转录组组装器，它能够通过相位路径将序列深度和双端信息集成到组装过程中，并从拼接图开始迭代构建线图。在测试人工和真实 RNA-seq 数据时，TransLiG 在准确性和计算资源方面明显优于所有突出的从头组装器。TransLiG 可在 https://sourceforge.net/projects/transcriptomeassembly/files/ 免费获得。

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