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Aglaonema bacilliform virus (ABV) 全基因组序列。

Complete genome sequence of aglaonema bacilliform virus (ABV).

机构信息

Department of Plant Pathology, University of Minnesota, 495 Borlaug Hall, 1991 Upper Buford Circle, St. Paul, MN, 55108, USA.

Department of Plant Biology, University of Minnesota, St. Paul, MN, 55108, USA.

出版信息

Arch Virol. 2020 Jan;165(1):237-239. doi: 10.1007/s00705-019-04445-0. Epub 2019 Nov 2.

DOI:10.1007/s00705-019-04445-0
PMID:31679082
Abstract

Aglaonema bacilliform virus (ABV), a member of the genus Badnavirus in the family Caulimoviridae, is associated with leaf deformation and chlorosis in Aglaonema modestum. The complete genome sequence of a Minnesota isolate of ABV was determined. The ABV genome is 7,178 bp in length and similar in size and organization to those of the members of the genus Badnavirus, containing three open reading frames (ORFs) with the potential to encode three proteins of 14.92, 13.33 and 207.95 kDa, respectively. The last ORF (ORF3) encodes a putative polyprotein with conserved domains, including zinc finger, aspartic protease, reverse transcriptase (RT) and RNase H domains, in that order. Phylogenetic analysis using the amino acid sequence of the ORF3 polyprotein showed that ABV clusters with several isolates of taro bacilliform CH virus (TaBCHV). Pairwise alignment using the highly conserved RT/RNase H region reveals that ABV has the highest level of identity (71%) at the nucleotide level to a Hawaiian isolate of TaBCHV.

摘要

银脉单药花棒叶病毒(ABV)是呼肠孤病毒科菜马尔病毒属的成员,与 Aglaonema modestum 的叶片变形和黄化有关。测定了明尼苏达州 ABV 分离株的完整基因组序列。ABV 基因组长 7178bp,大小和组织与 Badnavirus 属的成员相似,包含三个开放阅读框(ORF),分别潜在编码 14.92、13.33 和 207.95kDa 的三种蛋白质。最后一个 ORF(ORF3)编码一个推定的多蛋白,具有保守结构域,包括锌指、天冬氨酸蛋白酶、逆转录酶(RT)和核糖核酸酶 H 结构域,按此顺序排列。使用 ORF3 多蛋白的氨基酸序列进行的系统发育分析表明,ABV 与几种芋花叶 CH 病毒(TaBCHV)分离株聚类。使用高度保守的 RT/RNase H 区域进行的成对比对表明,ABV 在核苷酸水平上与夏威夷 TaBCHV 分离株的同源性最高(71%)。

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