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超标签:密集和层次分子 3D 模型的浏览。

HyperLabels: Browsing of Dense and Hierarchical Molecular 3D Models.

出版信息

IEEE Trans Vis Comput Graph. 2021 Aug;27(8):3493-3504. doi: 10.1109/TVCG.2020.2975583. Epub 2021 Jun 30.

DOI:10.1109/TVCG.2020.2975583
PMID:32092008
Abstract

We present a method for the browsing of hierarchical 3D models in which we combine the typical navigation of hierarchical structures in a 2D environment-using clicks on nodes, links, or icons-with a 3D spatial data visualization. Our approach is motivated by large molecular models, for which the traditional single-scale navigational metaphors are not suitable. Multi-scale phenomena, e. g., in astronomy or geography, are complex to navigate due to their large data spaces and multi-level organization. Models from structural biology are in addition also densely crowded in space and scale. Cutaways are needed to show individual model subparts. The camera has to support exploration on the level of a whole virus, as well as on the level of a small molecule. We address these challenges by employing HyperLabels: active labels that-in addition to their annotational role-also support user interaction. Clicks on HyperLabels select the next structure to be explored. Then, we adjust the visualization to showcase the inner composition of the selected subpart and enable further exploration. Finally, we use a breadcrumbs panel for orientation and as a mechanism to traverse upwards in the model hierarchy. We demonstrate our concept of hierarchical 3D model browsing using two exemplary models from meso-scale biology.

摘要

我们提出了一种用于浏览层次 3D 模型的方法,该方法将 2D 环境中层次结构的典型导航(使用点击节点、链接或图标)与 3D 空间数据可视化相结合。我们的方法受到大型分子模型的启发,对于这些模型,传统的单一尺度导航隐喻并不适用。多尺度现象,例如天文学或地理学中的现象,由于其大数据空间和多层次组织,难以进行导航。结构生物学的模型在空间和规模上也非常拥挤。需要进行剖切以显示单个模型子部分。相机必须支持整个病毒级别的探索,以及小分子级别的探索。我们通过使用 HyperLabels 来应对这些挑战:这些标签除了具有注释作用外,还支持用户交互。点击 HyperLabels 选择要探索的下一个结构。然后,我们调整可视化效果以展示所选子部分的内部组成,并启用进一步的探索。最后,我们使用面包屑面板进行定位,并作为在模型层次结构中向上遍历的机制。我们使用来自中尺度生物学的两个示例模型来演示我们的层次 3D 模型浏览概念。

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