• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利：CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法，用中文像聊天一样搜索，搜遍4000万医学文献。AI智能推荐，让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版，准确专业，支持PDF/Word/PPT等文件格式，支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述，25分钟生成高质量综述，智能提取关键信息，辅助科研写作。

立即免费体验

相似文献

1
Bedtk: finding interval overlap with implicit interval tree.贝德克：使用隐式区间树查找区间重叠。
Bioinformatics. 2021 Jun 9;37(9):1315-1316. doi: 10.1093/bioinformatics/btaa827.
2
JOA: Joint Overlap Analysis of multiple genomic interval sets.JOA：多个基因组区间集的联合重叠分析。
BMC Bioinformatics. 2019 Mar 8;20(1):121. doi: 10.1186/s12859-019-2698-4.
3
PyRanges: efficient comparison of genomic intervals in Python.PyRanges：在 Python 中高效比较基因组区间。
Bioinformatics. 2020 Feb 1;36(3):918-919. doi: 10.1093/bioinformatics/btz615.
4
Pygenomics: manipulating genomic intervals and data files in Python.Pygenomics：在 Python 中操作基因组区间和数据文件。
Bioinformatics. 2023 Jun 1;39(6). doi: 10.1093/bioinformatics/btad346.
5
wgatools: an ultrafast toolkit for manipulating whole genome alignments.Wgatools：一个用于操作全基因组比对的超快速工具包。
ArXiv. 2024 Sep 13:arXiv:2409.08569v1.
6
VARAN-GIE: curation of genomic interval sets.基因组区间集的管理。
Bioinformatics. 2019 Mar 1;35(5):868-870. doi: 10.1093/bioinformatics/bty723.
7
ChromaX: a fast and scalable breeding program simulator.ChromaX：一款快速且可扩展的育种计划模拟器。
Bioinformatics. 2023 Dec 1;39(12). doi: 10.1093/bioinformatics/btad691.
8
IMMerge: merging imputation data at scale.IMMerge：大规模合并插补数据。
Bioinformatics. 2023 Jan 1;39(1). doi: 10.1093/bioinformatics/btac750.
9
Branch Length Transforms using Optimal Tree Metric Matching.使用最优树度量匹配的分支长度变换
bioRxiv. 2025 Mar 2:2023.11.13.566962. doi: 10.1101/2023.11.13.566962.
10
ALPHA: a toolkit for Automated Local PHylogenomic Analyses.ALPHA：一个自动化局部基因组分析工具包。
Bioinformatics. 2018 Aug 15;34(16):2848-2850. doi: 10.1093/bioinformatics/bty173.

引用本文的文献

1
Efficient Grammar Compression via RLZ-based RePair.通过基于RLZ的RePair实现高效语法压缩
bioRxiv. 2025 Jul 26:2025.07.22.666196. doi: 10.1101/2025.07.22.666196.
2
A comprehensive benchmark of tools for efficient genomic interval querying.用于高效基因组区间查询的工具的全面基准测试。
Brief Bioinform. 2025 Jul 2;26(4). doi: 10.1093/bib/bbaf379.
3
Krait2: a versatile software for microsatellite investigation, visualization and marker development.Krait2：一款用于微卫星研究、可视化及标记开发的多功能软件。
BMC Genomics. 2025 Jan 25;26(1):72. doi: 10.1186/s12864-025-11252-2.
4
Bioframe: operations on genomic intervals in Pandas dataframes.Bioframe：在 Pandas 数据框中操作基因组区间。
Bioinformatics. 2024 Feb 1;40(2). doi: 10.1093/bioinformatics/btae088.
5
Unbiased pangenome graphs.无偏泛基因组图。
Bioinformatics. 2023 Jan 1;39(1). doi: 10.1093/bioinformatics/btac743.
6
Preparation of Non-overlapping Transposable Elements (TEs) Annotation by Interval Tree.利用区间树制备非重叠转座元件（TEs）注释。
Methods Mol Biol. 2022;2509:353-360. doi: 10.1007/978-1-0716-2380-0_21.
7
Comprehensive understanding of Tn5 insertion preference improves transcription regulatory element identification.对Tn5插入偏好的全面理解有助于改善转录调控元件的识别。
NAR Genom Bioinform. 2021 Oct 27;3(4):lqab094. doi: 10.1093/nargab/lqab094. eCollection 2021 Dec.

本文引用的文献

1
Augmented Interval List: a novel data structure for efficient genomic interval search.增强型区间列表：一种用于高效基因组区间搜索的新型数据结构。
Bioinformatics. 2019 Dec 1;35(23):4907-4911. doi: 10.1093/bioinformatics/btz407.
2
BEDOPS: high-performance genomic feature operations.BEDOPS：高性能基因组特征操作。
Bioinformatics. 2012 Jul 15;28(14):1919-20. doi: 10.1093/bioinformatics/bts277. Epub 2012 May 9.
3
BEDTools: a flexible suite of utilities for comparing genomic features.BEDTools：一套灵活的基因组特征比较工具套件。
Bioinformatics. 2010 Mar 15;26(6):841-2. doi: 10.1093/bioinformatics/btq033. Epub 2010 Jan 28.
4
Nested Containment List (NCList): a new algorithm for accelerating interval query of genome alignment and interval databases.嵌套包含列表（NCList）：一种加速基因组比对和区间数据库区间查询的新算法。
Bioinformatics. 2007 Jun 1;23(11):1386-93. doi: 10.1093/bioinformatics/btl647. Epub 2007 Jan 18.

贝德克：使用隐式区间树查找区间重叠。

Bedtk: finding interval overlap with implicit interval tree.

机构信息

Department of Data Science, Dana-Faber Cancer Institute, Boston, MA 02215, USA.

Department of Biomedical Informatics, Harvard Medical School, Boston, MA 02215, USA.

出版信息

Bioinformatics. 2021 Jun 9;37(9):1315-1316. doi: 10.1093/bioinformatics/btaa827.

DOI:10.1093/bioinformatics/btaa827
PMID:32966548
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC8189672/
Abstract

SUMMARY

We present bedtk, a new toolkit for manipulating genomic intervals in the BED format. It supports sorting, merging, intersection, subtraction and the calculation of the breadth of coverage. Bedtk uses implicit interval tree, a data structure for fast interval overlap queries. It is several to tens of times faster than existing tools and tends to use less memory.

AVAILABILITY AND IMPLEMENTATION

The source code is available at https://github.com/lh3/bedtk.

摘要

摘要

我们介绍了 bedtk，这是一个用于操作 BED 格式基因组区间的新工具包。它支持排序、合并、交集、差集和覆盖度计算。bedtk 使用隐式区间树，这是一种用于快速区间重叠查询的数据结构。它比现有工具快几倍到几十倍，并且倾向于使用更少的内存。

可用性和实现

源代码可在 https://github.com/lh3/bedtk 获得。