• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利：CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法，用中文像聊天一样搜索，搜遍4000万医学文献。AI智能推荐，让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版，准确专业，支持PDF/Word/PPT等文件格式，支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述，25分钟生成高质量综述，智能提取关键信息，辅助科研写作。

立即免费体验

GenBank's reliability is uncertain for biodiversity researchers seeking species-level assignment for eDNA.

作者信息

Locatelli Nicolas S, McIntyre Peter B, Therkildsen Nina O, Baetscher Diana S

机构信息

Department of Natural Resources, Cornell University, Ithaca, NY 14853;

Department of Natural Resources, Cornell University, Ithaca, NY 14853.

出版信息

Proc Natl Acad Sci U S A. 2020 Dec 22;117(51):32211-32212. doi: 10.1073/pnas.2007421117. Epub 2020 Nov 24.

DOI:10.1073/pnas.2007421117
PMID:33234565
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC7768753/
Abstract
摘要

相似文献

1
GenBank's reliability is uncertain for biodiversity researchers seeking species-level assignment for eDNA.对于寻求对环境DNA进行物种水平分类的生物多样性研究人员而言，GenBank的可靠性尚不确定。
Proc Natl Acad Sci U S A. 2020 Dec 22;117(51):32211-32212. doi: 10.1073/pnas.2007421117. Epub 2020 Nov 24.
2
Improving metabarcoding taxonomic assignment: A case study of fishes in a large marine ecosystem.改进代谢条码分类学分配：大型海洋生态系统中鱼类的案例研究。
Mol Ecol Resour. 2021 Oct;21(7):2546-2564. doi: 10.1111/1755-0998.13450. Epub 2021 Jul 8.
3
Integrating eDNA metabarcoding and simultaneous underwater visual surveys to describe complex fish communities in a marine biodiversity hotspot.利用 eDNA 宏条形码和同步水下视觉调查来描述海洋生物多样性热点地区复杂的鱼类群落。
Mol Ecol Resour. 2021 Jul;21(5):1558-1574. doi: 10.1111/1755-0998.13375. Epub 2021 Mar 31.
4
Improving the reliability of eDNA data interpretation.提高 eDNA 数据解读的可靠性。
Mol Ecol Resour. 2021 Jul;21(5):1422-1433. doi: 10.1111/1755-0998.13367. Epub 2021 Mar 25.
5
Barcoding in the dark? A critical view of the sufficiency of zoological DNA barcoding databases and a plea for broader integration of taxonomic knowledge.在黑暗中进行条码编制？对动物 DNA 条码数据库充分性的批判性观察，以及对更广泛整合分类学知识的呼吁。
Mol Phylogenet Evol. 2013 Oct;69(1):39-45. doi: 10.1016/j.ympev.2013.05.012. Epub 2013 May 28.
6
Spatial Representativeness of Environmental DNA Metabarcoding Signal for Fish Biodiversity Assessment in a Natural Freshwater System.自然淡水系统中用于鱼类生物多样性评估的环境DNA宏条形码信号的空间代表性
PLoS One. 2016 Jun 30;11(6):e0157366. doi: 10.1371/journal.pone.0157366. eCollection 2016.
7
DNA barcoding in Mexico: an introduction.墨西哥 DNA 条形码：简介。
Mol Ecol Resour. 2013 Nov;13(6):1093-6. doi: 10.1111/1755-0998.12149. Epub 2013 Aug 6.
8
Ideating iDNA: Lessons and limitations from leeches in legacy collections.构想 iDNA：从陈旧馆藏中的水蛭中吸取的经验教训和局限性。
PLoS One. 2019 Feb 22;14(2):e0212226. doi: 10.1371/journal.pone.0212226. eCollection 2019.
9
Trends in DNA barcoding and metabarcoding.DNA条形码和宏条形码技术的发展趋势。
Genome. 2019 Mar;62(3):v-viii. doi: 10.1139/gen-2019-0054.
10
Benchmarking bioinformatic tools for fast and accurate eDNA metabarcoding species identification.用于快速准确的 eDNA 代谢组条形码物种鉴定的生物信息学工具基准测试。
Mol Ecol Resour. 2021 Oct;21(7):2565-2579. doi: 10.1111/1755-0998.13430. Epub 2021 Jun 14.

引用本文的文献

1
A taxonomically reliable DNA barcode reference library for North Sea macrobenthos.一个用于北海大型底栖动物的分类学可靠的DNA条形码参考文库。
Sci Data. 2025 Jul 11;12(1):1198. doi: 10.1038/s41597-025-05500-z.
2
Development of environmental DNA metabarcoding primers for marine mollusks and comparison with published primers.海洋贝类环境 DNA metabarcoding 引物的开发及与已发表引物的比较。
BMC Ecol Evol. 2024 May 31;24(1):73. doi: 10.1186/s12862-024-02265-8.
3
DNA metabarcoding assessment of Neotropical ichthyoplankton communities is marker-dependent.新热带区浮游鱼类群落的DNA宏条形码评估取决于标记物。
Ecol Evol. 2023 Oct 20;13(10):e10649. doi: 10.1002/ece3.10649. eCollection 2023 Oct.
4
Benthic invertebrates in Svalbard fjords-when metabarcoding does not outperform traditional biodiversity assessment.斯瓦尔巴德峡湾的底栖无脊椎动物——当 metabarcoding 未能优于传统生物多样性评估时。
PeerJ. 2022 Nov 17;10:e14321. doi: 10.7717/peerj.14321. eCollection 2022.
5
Towards comprehensive integration and curation of chloroplast genomes.迈向叶绿体基因组的全面整合与管理
Plant Biotechnol J. 2022 Dec;20(12):2239-2241. doi: 10.1111/pbi.13923. Epub 2022 Sep 20.
6
The critical role of natural history museums in advancing eDNA for biodiversity studies: a case study with Amazonian fishes.自然历史博物馆在推进 eDNA 用于生物多样性研究中的关键作用：以亚马孙鱼类为例的案例研究。
Sci Rep. 2021 Sep 13;11(1):18159. doi: 10.1038/s41598-021-97128-3.
7
Reply to Locatelli et al.: Evaluating species-level accuracy of GenBank metazoan sequences will require experts' effort in each group.回复洛卡特利等人：评估GenBank后生动物序列在物种水平上的准确性需要各领域专家的努力。
Proc Natl Acad Sci U S A. 2020 Dec 22;117(51):32213-32214. doi: 10.1073/pnas.2019903117. Epub 2020 Nov 24.

本文引用的文献

1
Environmental DNA reveals seasonal shifts and potential interactions in a marine community.环境 DNA 揭示海洋群落的季节性变化和潜在相互作用。
Nat Commun. 2020 Jan 14;11(1):254. doi: 10.1038/s41467-019-14105-1.
2
GenBank is a reliable resource for 21st century biodiversity research.GenBank 是 21 世纪生物多样性研究的可靠资源。
Proc Natl Acad Sci U S A. 2019 Nov 5;116(45):22651-22656. doi: 10.1073/pnas.1911714116. Epub 2019 Oct 21.
3
Using metabarcoding to compare the suitability of two blood-feeding leech species for sampling mammalian diversity in North Borneo.利用代谢条形码比较两种吸血蛭在北婆罗洲采样哺乳动物多样性的适用性。
Mol Ecol Resour. 2019 Jan;19(1):105-117. doi: 10.1111/1755-0998.12943. Epub 2018 Oct 16.
4
Quantitative species-level ecology of reef fish larvae via metabarcoding.通过 metabarcoding 对珊瑚礁鱼类幼虫进行定量种级生态学研究。
Nat Ecol Evol. 2018 Feb;2(2):306-316. doi: 10.1038/s41559-017-0413-2. Epub 2017 Dec 18.
5
DNA barcoding and metabarcoding of standardized samples reveal patterns of marine benthic diversity.标准化样本的DNA条形码和宏条形码揭示了海洋底栖生物多样性模式。
Proc Natl Acad Sci U S A. 2015 Feb 17;112(7):2076-81. doi: 10.1073/pnas.1424997112. Epub 2015 Feb 2.
6
GenBank.基因银行
Nucleic Acids Res. 2008 Jan;36(Database issue):D25-30. doi: 10.1093/nar/gkm929. Epub 2007 Dec 11.
7
Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs.空位BLAST和位置特异性迭代BLAST：新一代蛋白质数据库搜索程序。
Nucleic Acids Res. 1997 Sep 1;25(17):3389-402. doi: 10.1093/nar/25.17.3389.