• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利:CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法,用中文像聊天一样搜索,搜遍4000万医学文献。AI智能推荐,让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版,准确专业,支持PDF/Word/PPT等文件格式,支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述,25分钟生成高质量综述,智能提取关键信息,辅助科研写作。

立即免费体验

通过力谱法对碱基类似物修饰的核酸进行力学特性分析。

Mechanical characterization of base analogue modified nucleic acids by force spectroscopy.

机构信息

Department of Chemistry and Chemical Engineering, Chalmers University of Technology, Sweden.

Small Biosystems Lab, Condensed Matter Physics Department, Universitat de Barcelona, C/Marti i Franques 1, Barcelona 08028, Spain.

出版信息

Phys Chem Chem Phys. 2021 Jul 7;23(26):14151-14155. doi: 10.1039/d1cp01985f.

DOI:10.1039/d1cp01985f
PMID:34180930
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC8261857/
Abstract

We use mechanical unfolding of single DNA hairpins with modified bases to accurately assess intra- and intermolecular forces in nucleic acids. As expected, the modification stabilizes the hybridized hairpin, but we also observe intriguing stacking interactions in the unfolded hairpin. Our study highlights the benefit of using base-modified nucleic acids in force-spectroscopy.

摘要

我们使用带有修饰碱基的单链 DNA 发夹的机械展开来准确评估核酸的分子内和分子间力。正如预期的那样,修饰稳定了杂交发夹,但我们也观察到在展开的发夹中存在有趣的堆积相互作用。我们的研究强调了在力谱学中使用碱基修饰核酸的好处。

https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/d8ea/8261857/18db494b3182/d1cp01985f-f3.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/d8ea/8261857/f52e54a7488c/d1cp01985f-f1.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/d8ea/8261857/7b9cf3268353/d1cp01985f-f2.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/d8ea/8261857/18db494b3182/d1cp01985f-f3.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/d8ea/8261857/f52e54a7488c/d1cp01985f-f1.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/d8ea/8261857/7b9cf3268353/d1cp01985f-f2.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/d8ea/8261857/18db494b3182/d1cp01985f-f3.jpg

相似文献

1
Mechanical characterization of base analogue modified nucleic acids by force spectroscopy.通过力谱法对碱基类似物修饰的核酸进行力学特性分析。
Phys Chem Chem Phys. 2021 Jul 7;23(26):14151-14155. doi: 10.1039/d1cp01985f.
2
DNA hairpins containing the cytidine analog pyrrolo-dC: structural, thermodynamic, and spectroscopic studies.含有胞苷类似物吡咯并-dC的DNA发夹结构:结构、热力学和光谱学研究
Biophys J. 2009 Mar 4;96(5):1884-91. doi: 10.1016/j.bpj.2008.12.3890.
3
Integrated magnetic tweezers and single-molecule FRET for investigating the mechanical properties of nucleic acid.集成磁镊和单分子荧光共振能量转移技术用于研究核酸的力学性质。
Methods. 2016 Aug 1;105:16-25. doi: 10.1016/j.ymeth.2016.06.009. Epub 2016 Jun 15.
4
Detecting force-induced molecular transitions with fluorescence resonant energy transfer.利用荧光共振能量转移检测力诱导的分子跃迁。
Angew Chem Int Ed Engl. 2007;46(12):1999-2001. doi: 10.1002/anie.200604546.
5
Different fluorophore labeling strategies and designs affect millisecond kinetics of DNA hairpins.不同的荧光团标记策略和设计会影响DNA发夹的毫秒级动力学。
Molecules. 2014 Sep 3;19(9):13735-54. doi: 10.3390/molecules190913735.
6
DNA Hairpin Hybridization under Extreme Pressures: A Single-Molecule FRET Study.极端压力下的 DNA 发夹杂交:单分子 FRET 研究。
J Phys Chem B. 2020 Jan 9;124(1):110-120. doi: 10.1021/acs.jpcb.9b10131. Epub 2019 Dec 26.
7
Stacking-induced fluorescence increase reveals allosteric interactions through DNA.堆积诱导荧光增强揭示了 DNA 中的变构相互作用。
Nucleic Acids Res. 2018 Nov 30;46(21):11618-11626. doi: 10.1093/nar/gky887.
8
Transition Path Times Measured by Single-Molecule Spectroscopy.通过单分子光谱学测量的转变路径时间。
J Mol Biol. 2018 Feb 16;430(4):409-423. doi: 10.1016/j.jmb.2017.05.018. Epub 2017 May 25.
9
Folding and unfolding kinetics of DNA hairpins in flowing solution by multiparameter fluorescence correlation spectroscopy.利用多参数荧光相关光谱法研究流动溶液中DNA发夹的折叠与解折叠动力学
J Phys Chem B. 2005 Mar 3;109(8):3648-57. doi: 10.1021/jp0453515.
10
Structural, mechanical, and thermodynamic properties of a coarse-grained DNA model.一个粗粒化 DNA 模型的结构、力学和热力学性质。
J Chem Phys. 2011 Feb 28;134(8):085101. doi: 10.1063/1.3552946.

引用本文的文献

1
Force-induced melting and S-DNA pathways for DNA overstretching exhibit distinct kinetics.力诱导的DNA过度拉伸的熔化和S-DNA途径表现出不同的动力学。
Nucleic Acids Res. 2025 Jan 7;53(1). doi: 10.1093/nar/gkae1183.
2
Exploring the conformational dynamics of the SARS-CoV-2 SL4 hairpin by combining optical tweezers and base analogues.通过结合光学镊子和碱基类似物探索 SARS-CoV-2 SL4 发夹的构象动力学。
Nanoscale. 2024 Jan 3;16(2):752-764. doi: 10.1039/d3nr04110g.
3
Complex Conformational Dynamics of the Heart Failure-Associated Pre-miRNA-377 Hairpin Revealed by Single-Molecule Optical Tweezers.

本文引用的文献

1
Detection of base analogs incorporated during DNA replication by nanopore sequencing.通过纳米孔测序检测 DNA 复制过程中掺入的碱基类似物。
Nucleic Acids Res. 2020 Sep 4;48(15):e88. doi: 10.1093/nar/gkaa517.
2
Getting DNA and RNA out of the dark with 2CNqA: a bright adenine analogue and interbase FRET donor.利用 2CNqA 将 DNA 和 RNA 从黑暗中解救出来:一种明亮的腺嘌呤类似物和碱基间 FRET 供体。
Nucleic Acids Res. 2020 Aug 20;48(14):7640-7652. doi: 10.1093/nar/gkaa525.
3
Duplex DNA Is Weakened in Nanoconfinement.双螺旋 DNA 在纳米受限环境下变得脆弱。
单分子光学镊子揭示心力衰竭相关前 microRNA-377 发夹的复杂构象动力学。
Int J Mol Sci. 2021 Aug 20;22(16):9008. doi: 10.3390/ijms22169008.
J Am Chem Soc. 2020 Jun 3;142(22):10042-10049. doi: 10.1021/jacs.0c01978. Epub 2020 May 21.
4
Detection of single DNA mismatches by force spectroscopy in short DNA hairpins.通过短 DNA 发夹中的力谱法检测单链 DNA 错配。
J Chem Phys. 2020 Feb 21;152(7):074204. doi: 10.1063/1.5139284.
5
Interbase FRET in RNA: from A to Z.RNA 中的 FRET:从 A 到 Z。
Nucleic Acids Res. 2019 Nov 4;47(19):9990-9997. doi: 10.1093/nar/gkz812.
6
Single-Molecule Detection of a Fluorescent Nucleobase Analogue via Multiphoton Excitation.通过多光子激发对荧光核碱基类似物进行单分子检测。
J Phys Chem Lett. 2019 Sep 5;10(17):5008-5012. doi: 10.1021/acs.jpclett.9b02108. Epub 2019 Aug 16.
7
Nanomechanics of Diaminopurine-Substituted DNA.二氨基嘌呤取代 DNA 的纳力学。
Biophys J. 2019 Mar 5;116(5):760-771. doi: 10.1016/j.bpj.2019.01.027. Epub 2019 Feb 1.
8
Pulse-shaped two-photon excitation of a fluorescent base analogue approaches single-molecule sensitivity.脉冲状双光子激发荧光碱基类似物接近单分子灵敏度。
Phys Chem Chem Phys. 2018 Nov 21;20(45):28487-28498. doi: 10.1039/c8cp05496g.
9
Single-Molecule Mechanical Folding and Unfolding of RNA Hairpins: Effects of Single A-U to A·C Pair Substitutions and Single Proton Binding and Implications for mRNA Structure-Induced -1 Ribosomal Frameshifting.单分子机械折叠和 RNA 发夹的展开:单 A-U 到 A·C 碱基对取代和单质子结合的影响及其对 mRNA 结构诱导的-1 核糖体移码的意义。
J Am Chem Soc. 2018 Jul 5;140(26):8172-8184. doi: 10.1021/jacs.8b02970. Epub 2018 Jun 21.
10
Quantifying the stability of oxidatively damaged DNA by single-molecule DNA stretching.通过单分子 DNA 拉伸定量氧化损伤 DNA 的稳定性。
Nucleic Acids Res. 2018 May 4;46(8):4033-4043. doi: 10.1093/nar/gky148.