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日本 DNA 数据库 (DDBJ) 更新报告 2021.

DNA Data Bank of Japan (DDBJ) update report 2021.

机构信息

Bioinformation and DDBJ Center, National Institute of Genetics, Mishima, Shizuoka 411-8540, Japan.

出版信息

Nucleic Acids Res. 2022 Jan 7;50(D1):D102-D105. doi: 10.1093/nar/gkab995.

Abstract

The Bioinformation and DDBJ (DNA Data Bank of Japan) Center (DDBJ Center; https://www.ddbj.nig.ac.jp) operates archival databases that collect nucleotide sequences, study and sample information, and distribute them without access restriction to progress life science research as a member of the International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC), in collaboration with the National Center for Biotechnology Information (NCBI) and the European Bioinformatics Institute. Besides the INSDC databases, the DDBJ Center also provides the Genomic Expression Archive for functional genomics data and the Japanese Genotype-phenotype Archive for human data requiring controlled access. Additionally, the DDBJ Center started a new public repository, MetaboBank, for experimental raw data and metadata from metabolomics research in October 2020. In response to the COVID-19 pandemic, the DDBJ Center openly shares SARS-CoV-2 genome sequences in collaboration with Shizuoka Prefecture and Keio University. The operation of DDBJ is based on the National Institute of Genetics (NIG) supercomputer, which is open for large-scale sequence data analysis for life science researchers. This paper reports recent updates on the archival databases and the services of DDBJ.

摘要

生物信息学和 DDBJ(日本 DNA 数据库)中心(DDBJ 中心;https://www.ddbj.nig.ac.jp)作为国际核苷酸序列数据库合作组织(INSDC)的成员,与国家生物技术信息中心(NCBI)和欧洲生物信息学研究所合作,运营档案数据库,收集核苷酸序列、研究和样本信息,并在无访问限制的情况下分发这些信息,以促进生命科学研究。除了 INSDC 数据库外,DDBJ 中心还提供基因组表达档案,用于功能基因组学数据,以及日本基因型-表型档案,用于需要受控访问的人类数据。此外,DDBJ 中心于 2020 年 10 月启动了一个新的公共存储库 MetaboBank,用于存储代谢组学研究的实验原始数据和元数据。为了应对 COVID-19 大流行,DDBJ 中心与静冈县和庆应义塾大学合作,公开分享 SARS-CoV-2 基因组序列。DDBJ 的运作基于国立遗传学研究所(NIG)的超级计算机,该计算机为生命科学研究人员提供大规模序列数据分析。本文报告了 DDBJ 档案数据库和服务的最新更新。

https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/0430/8728156/ddb15a123856/gkab995fig1.jpg

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