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# COVID通过空气传播:呼吸道气溶胶中Delta SARS-CoV-2的人工智能多尺度计算显微镜研究

#COVIDisAirborne: AI-Enabled Multiscale Computational Microscopy of Delta SARS-CoV-2 in a Respiratory Aerosol.

作者信息

Dommer Abigail, Casalino Lorenzo, Kearns Fiona, Rosenfeld Mia, Wauer Nicholas, Ahn Surl-Hee, Russo John, Oliveira Sofia, Morris Clare, Bogetti Anthony, Trifan Anda, Brace Alexander, Sztain Terra, Clyde Austin, Ma Heng, Chennubhotla Chakra, Lee Hyungro, Turilli Matteo, Khalid Syma, Tamayo-Mendoza Teresa, Welborn Matthew, Christensen Anders, Smith Daniel G A, Qiao Zhuoran, Sirumalla Sai Krishna, O'Connor Michael, Manby Frederick, Anandkumar Anima, Hardy David, Phillips James, Stern Abraham, Romero Josh, Clark David, Dorrell Mitchell, Maiden Tom, Huang Lei, McCalpin John, Woods Christopher, Gray Alan, Williams Matt, Barker Bryan, Rajapaksha Harinda, Pitts Richard, Gibbs Tom, Stone John, Zuckerman Daniel, Mulholland Adrian, Miller Thomas, Jha Shantenu, Ramanathan Arvind, Chong Lillian, Amaro Rommie

机构信息

UC San Diego.

Oregon Health & Science University.

出版信息

bioRxiv. 2021 Nov 15:2021.11.12.468428. doi: 10.1101/2021.11.12.468428.

Abstract

UNLABELLED

We seek to completely revise current models of airborne transmission of respiratory viruses by providing never-before-seen atomic-level views of the SARS-CoV-2 virus within a respiratory aerosol. Our work dramatically extends the capabilities of multiscale computational microscopy to address the significant gaps that exist in current experimental methods, which are limited in their ability to interrogate aerosols at the atomic/molecular level and thus ob-scure our understanding of airborne transmission. We demonstrate how our integrated data-driven platform provides a new way of exploring the composition, structure, and dynamics of aerosols and aerosolized viruses, while driving simulation method development along several important axes. We present a series of initial scientific discoveries for the SARS-CoV-2 Delta variant, noting that the full scientific impact of this work has yet to be realized.

ACM REFERENCE FORMAT

Abigail Dommer , Lorenzo Casalino , Fiona Kearns , Mia Rosenfeld , Nicholas Wauer , Surl-Hee Ahn , John Russo, Sofia Oliveira , Clare Morris , AnthonyBogetti , AndaTrifan , Alexander Brace , TerraSztain , Austin Clyde , Heng Ma , Chakra Chennubhotla , Hyungro Lee , Matteo Turilli , Syma Khalid , Teresa Tamayo-Mendoza , Matthew Welborn , Anders Christensen , Daniel G. A. Smith , Zhuoran Qiao , Sai Krishna Sirumalla , Michael O'Connor , Frederick Manby , Anima Anandkumar , David Hardy , James Phillips , Abraham Stern , Josh Romero , David Clark , Mitchell Dorrell , Tom Maiden , Lei Huang , John McCalpin , Christo- pherWoods , Alan Gray , MattWilliams , Bryan Barker , HarindaRajapaksha , Richard Pitts , Tom Gibbs , John Stone , Daniel Zuckerman *, Adrian Mulholland *, Thomas MillerIII *, ShantenuJha *, Arvind Ramanathan *, Lillian Chong *, Rommie Amaro *. 2021. #COVIDisAirborne: AI-Enabled Multiscale Computational Microscopy ofDeltaSARS-CoV-2 in a Respiratory Aerosol. In . ACM, New York, NY, USA, 14 pages. https://doi.org/finalDOI.

摘要

未标注

我们旨在通过提供呼吸道气溶胶中严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)病毒前所未有的原子级视图,彻底修订当前呼吸道病毒空气传播模型。我们的工作极大地扩展了多尺度计算显微镜的能力,以弥补当前实验方法中存在的重大差距,这些方法在原子/分子水平上研究气溶胶的能力有限,从而模糊了我们对空气传播的理解。我们展示了我们的集成数据驱动平台如何提供一种探索气溶胶和气溶胶化病毒的组成、结构和动力学的新方法,同时沿着几个重要方向推动模拟方法的发展。我们展示了一系列针对SARS-CoV-2 Delta变体的初步科学发现,并指出这项工作的全面科学影响尚未实现。

美国计算机协会引用格式

阿比盖尔·多默、洛伦佐·卡萨利诺、菲奥娜·卡恩斯、米娅·罗森菲尔德、尼古拉斯·瓦尔、瑟尔-希·安、约翰·鲁索、索菲亚·奥利维拉、克莱尔·莫里斯、安东尼·博杰蒂、安达·特里凡、亚历山大·布雷斯、特拉·斯泰因、奥斯汀·克莱德、马恒、查克拉·钦努布霍特拉、洪格罗·李、马泰奥·图里利、西玛·哈利德、特蕾莎·塔马约-门多萨、马修·韦尔伯恩、安德斯·克里斯蒂安森、丹尼尔·G.A.史密斯、卓然·乔、赛·克里希纳·西鲁马拉、迈克尔·奥康纳、弗雷德里克·曼比、阿尼马·阿南德库马尔、大卫·哈迪、詹姆斯·菲利普斯、亚伯拉罕·斯特恩、乔希·罗梅罗、大卫·克拉克、米切尔·多雷尔、汤姆·梅登、黄雷、约翰·麦卡尔平、克里斯托弗·伍兹、艾伦·格雷、马特·威廉姆斯、布莱恩·巴克、哈林达·拉贾帕克沙、理查德·皮茨、汤姆·吉布斯、约翰·斯通、丹尼尔·朱克曼*、阿德里安·马尔霍兰*、托马斯·米勒三世*、尚特努·贾*、阿尔文德·拉马纳坦*、莉莲·钟*、罗米·阿马罗*。2021年。#COVID是空气传播的:呼吸道气溶胶中Delta SARS-CoV-2的人工智能驱动多尺度计算显微镜。见 。美国计算机协会,纽约,纽约,美国,14页。https://doi.org/最终DOI。

https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/a1e8/8609898/8418d5b0973c/nihpp-2021.11.12.468428v1-f0001.jpg

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