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Galaxy 平台:用于可访问、可重复和协作的生物医学分析:2022 更新。

The Galaxy platform for accessible, reproducible and collaborative biomedical analyses: 2022 update.

出版信息

Nucleic Acids Res. 2022 Jul 5;50(W1):W345-W351. doi: 10.1093/nar/gkac247.

DOI:10.1093/nar/gkac247
PMID:35446428
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC9252830/
Abstract

Galaxy is a mature, browser accessible workbench for scientific computing. It enables scientists to share, analyze and visualize their own data, with minimal technical impediments. A thriving global community continues to use, maintain and contribute to the project, with support from multiple national infrastructure providers that enable freely accessible analysis and training services. The Galaxy Training Network supports free, self-directed, virtual training with >230 integrated tutorials. Project engagement metrics have continued to grow over the last 2 years, including source code contributions, publications, software packages wrapped as tools, registered users and their daily analysis jobs, and new independent specialized servers. Key Galaxy technical developments include an improved user interface for launching large-scale analyses with many files, interactive tools for exploratory data analysis, and a complete suite of machine learning tools. Important scientific developments enabled by Galaxy include Vertebrate Genome Project (VGP) assembly workflows and global SARS-CoV-2 collaborations.

摘要

Galaxy 是一个成熟的、可通过浏览器访问的科学计算工作台。它使科学家能够在最小的技术障碍下共享、分析和可视化自己的数据。一个蓬勃发展的全球社区继续使用、维护和为该项目做出贡献,多个国家基础设施提供商为其提供免费的可访问分析和培训服务。Galaxy 培训网络支持免费的、自我指导的、虚拟培训,提供超过 230 个集成教程。过去两年中,项目参与度指标持续增长,包括源代码贡献、出版物、作为工具包装的软件包、注册用户及其日常分析作业以及新的独立专用服务器。Galaxy 的关键技术发展包括用于启动具有大量文件的大规模分析的改进用户界面、用于探索性数据分析的交互式工具以及全套机器学习工具。Galaxy 支持的重要科学发展包括脊椎动物基因组计划 (VGP) 组装工作流程和全球 SARS-CoV-2 合作。

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