• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利:CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法,用中文像聊天一样搜索,搜遍4000万医学文献。AI智能推荐,让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版,准确专业,支持PDF/Word/PPT等文件格式,支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述,25分钟生成高质量综述,智能提取关键信息,辅助科研写作。

立即免费体验

锌指转录因子与其同源启动子结合的蛋白-DNA 结合分析方案。

Protocols for protein-DNA binding analysis of a zinc finger transcription factor bound to its cognate promoter.

机构信息

School of Biotechnology and Biomolecular Sciences, University of New South Wales, Sydney, NSW 2052, Australia.

School of Life Sciences, Division of Life Sciences and Medicine, University of Science and Technology of China, Hefei, Anhui 230026, China; Ministry of Education Key Laboratory for Membraneless Organelles and Cellular Dynamics, University of Science and Technology of China, Hefei, China.

出版信息

STAR Protoc. 2022 Jul 31;3(3):101598. doi: 10.1016/j.xpro.2022.101598. eCollection 2022 Sep 16.

DOI:10.1016/j.xpro.2022.101598
PMID:35928006
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC9344028/
Abstract

Here, we describe protocols to interrogate the binding of the zinc fingers of the transcription factor ZBTB7A to the fetal () promoter. We detail the steps for performing electrophoretic mobility shift assays (EMSAs), X-ray crystallography, and isothermal titration calorimetry (ITC) to explore this interaction. These techniques could readily be applied to the structural studies of other zinc finger transcription factors and cognate DNA sequences. For complete details on the use and execution of this protocol, please refer to Yang et al. (2021).

摘要

在这里,我们描述了探究转录因子 ZBTB7A 的锌指与胎儿 () 启动子结合的实验方案。我们详细介绍了进行电泳迁移率变动分析 (EMSA)、X 射线晶体学和等温热力学滴定 (ITC) 以探索这种相互作用的步骤。这些技术可以很容易地应用于其他锌指转录因子和同源 DNA 序列的结构研究。有关此方案使用和执行的完整详细信息,请参阅 Yang 等人。(2021)。

https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/5024/9344028/d815cdbeeb39/gr2.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/5024/9344028/93334dd4a6aa/fx1.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/5024/9344028/d815cdbeeb39/gr2.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/5024/9344028/93334dd4a6aa/fx1.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/5024/9344028/d815cdbeeb39/gr2.jpg

相似文献

1
Protocols for protein-DNA binding analysis of a zinc finger transcription factor bound to its cognate promoter.锌指转录因子与其同源启动子结合的蛋白-DNA 结合分析方案。
STAR Protoc. 2022 Jul 31;3(3):101598. doi: 10.1016/j.xpro.2022.101598. eCollection 2022 Sep 16.
2
Structural basis for human ZBTB7A action at the fetal globin promoter.人类 ZBTB7A 在胎儿珠蛋白启动子上作用的结构基础。
Cell Rep. 2021 Sep 28;36(13):109759. doi: 10.1016/j.celrep.2021.109759.
3
Structural and biophysical characterization of the nucleosome-binding PZP domain.核小体结合 PZP 结构域的结构和生物物理特性分析。
STAR Protoc. 2021 Apr 19;2(2):100479. doi: 10.1016/j.xpro.2021.100479. eCollection 2021 Jun 18.
4
ZBTB7A regulates primed-to-naïve transition of pluripotent stem cells via recognition of the PNT-associated sequence by zinc fingers 1-2 and recognition of γ-globin -200 gene element by zinc fingers 1-4.ZBTB7A 通过锌指 1-2 识别 PNT 相关序列和锌指 1-4 识别 γ-珠蛋白-200 基因元件,调节多能干细胞向原始-幼稚状态的转变。
FEBS J. 2023 Aug;290(15):3896-3909. doi: 10.1111/febs.16789. Epub 2023 Apr 14.
5
Electrophoretic mobility shift assays (EMSAs) for in vitro detection of protein-nucleic acid interactions.电泳迁移率变动分析(EMSA)可用于体外检测蛋白-核酸相互作用。
STAR Protoc. 2024 Jun 21;5(2):103128. doi: 10.1016/j.xpro.2024.103128. Epub 2024 Jun 13.
6
Nucleic acid binding properties of SmZF1, a zinc finger protein of Schistosoma mansoni.曼氏血吸虫锌指蛋白SmZF1的核酸结合特性
Int J Parasitol. 2004 Oct;34(11):1211-9. doi: 10.1016/j.ijpara.2004.07.006.
7
ZEC, a zinc finger protein with novel binding specificity and transcription regulatory activity.ZEC,一种具有新型结合特异性和转录调控活性的锌指蛋白。
Gene. 2004 Sep 29;340(1):71-81. doi: 10.1016/j.gene.2004.06.016.
8
Characterization of the E-box binding affinity to snag-zinc finger proteins.E盒对snag锌指蛋白的结合亲和力的表征
Mol Biol (Mosk). 2012 Nov-Dec;46(6):907-14.
9
Characterization of the isoforms of MOVO zinc finger protein, a mouse homologue of Drosophila Ovo, as transcription factors.MOVO锌指蛋白(果蝇Ovo的小鼠同源物)的亚型作为转录因子的特性分析。
Gene. 2004 Jul 7;336(1):47-58. doi: 10.1016/j.gene.2004.03.013.
10
The human promyelocytic leukemia zinc finger gene is regulated by the Evi-1 oncoprotein and a novel guanine-rich site binding protein.人类早幼粒细胞白血病锌指基因受Evi-1癌蛋白和一种新型富含鸟嘌呤位点结合蛋白的调控。
Leukemia. 2002 Sep;16(9):1755-62. doi: 10.1038/sj.leu.2402682.

本文引用的文献

1
Structural basis for human ZBTB7A action at the fetal globin promoter.人类 ZBTB7A 在胎儿珠蛋白启动子上作用的结构基础。
Cell Rep. 2021 Sep 28;36(13):109759. doi: 10.1016/j.celrep.2021.109759.
2
Role of ZBTB7A zinc finger in tumorigenesis and metastasis.ZBTB7A锌指在肿瘤发生和转移中的作用。
Mol Biol Rep. 2021 May;48(5):4703-4719. doi: 10.1007/s11033-021-06405-x. Epub 2021 May 20.
3
Estimation of non-constant variance in isothermal titration calorimetry using an ITC measurement model.使用 ITC 测量模型估计等温滴定量热法中的非恒定方差。
PLoS One. 2020 Dec 30;15(12):e0244739. doi: 10.1371/journal.pone.0244739. eCollection 2020.
4
Measurements of Protein-DNA Complexes Interactions by Isothermal Titration Calorimetry (ITC) and Microscale Thermophoresis (MST).使用等温滴定量热法(ITC)和微量热泳动(MST)测量蛋白质-DNA 复合物相互作用。
Methods Mol Biol. 2021;2247:125-143. doi: 10.1007/978-1-0716-1126-5_7.
5
Structural insights into the recognition of γ-globin gene promoter by BCL11A.BCL11A对γ-珠蛋白基因启动子识别的结构见解。
Cell Res. 2019 Nov;29(11):960-963. doi: 10.1038/s41422-019-0221-0. Epub 2019 Aug 29.
6
DNA methylation repels targeting of Arabidopsis REF6.DNA 甲基化排斥拟南芥 REF6 的靶向。
Nat Commun. 2019 May 2;10(1):2063. doi: 10.1038/s41467-019-10026-1.
7
ITC Measurement for High-Affinity Aptamers Binding to Their Target Proteins.用于高亲和力适配体与其靶蛋白结合的等温滴定量热法测量。
Methods Mol Biol. 2019;1964:119-128. doi: 10.1007/978-1-4939-9179-2_9.
8
Natural regulatory mutations elevate the fetal globin gene via disruption of BCL11A or ZBTB7A binding.自然调控突变通过破坏 BCL11A 或 ZBTB7A 的结合来提高胎儿珠蛋白基因。
Nat Genet. 2018 Apr;50(4):498-503. doi: 10.1038/s41588-018-0085-0. Epub 2018 Apr 2.
9
Polycomb-like proteins link the PRC2 complex to CpG islands.类多梳蛋白将PRC2复合物与CpG岛连接起来。
Nature. 2017 Sep 14;549(7671):287-291. doi: 10.1038/nature23881. Epub 2017 Sep 6.
10
Characterization of How DNA Modifications Affect DNA Binding by C2H2 Zinc Finger Proteins.DNA修饰对C2H2锌指蛋白结合DNA的影响的表征
Methods Enzymol. 2016;573:387-401. doi: 10.1016/bs.mie.2016.01.019. Epub 2016 Feb 16.