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日本蛋白质数据库的历史:站在结构基因组学时代的开端。

History of Protein Data Bank Japan: standing at the beginning of the age of structural genomics.

作者信息

Kurisu Genji, Bekker Gert-Jan, Nakagawa Atsushi

机构信息

Institute for Protein Research, Osaka University, 3-2 Yamadaoka, Suita, Osaka 565-0871 Japan.

出版信息

Biophys Rev. 2022 Dec 9;14(6):1233-1238. doi: 10.1007/s12551-022-01021-w. eCollection 2022 Dec.

DOI:10.1007/s12551-022-01021-w
PMID:36532871
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC9734456/
Abstract

Prof. Haruki Nakamura, who is the former head of Protein Data Bank Japan (PDBj) and an expert in computational biology, retired from Osaka University at the end of March 2018. He founded PDBj at the Institute for Protein Research, together with other faculty members, researchers, engineers, and annotators in 2000, and subsequently established the worldwide Protein Data Bank (wwPDB) in 2003 to manage the core archive of the Protein Data Bank (PDB), collaborating with RCSB-PDB in the USA and PDBe in Europe. As the former head of PDBj and also an expert in structural bioinformatics, he has grown PDBj to become a well-known data center within the structural biology community and developed several related databases, tools and integrated with new technologies, such as the semantic web, as primary services offered by PDBj.

摘要

中村春樹教授是日本蛋白质数据库(PDBj)的前负责人,也是计算生物学领域的专家,他于2018年3月底从大阪大学退休。2000年,他与蛋白质研究所的其他教员、研究人员、工程师和注释人员一起在该研究所创立了PDBj,随后在2003年与美国的RCSB - PDB和欧洲的PDBe合作,建立了全球蛋白质数据库(wwPDB),以管理蛋白质数据库(PDB)的核心存档。作为PDBj的前负责人以及结构生物信息学专家,他将PDBj发展成为结构生物学界知名的数据中心,并开发了多个相关数据库、工具,并与语义网等新技术集成,作为PDBj提供的主要服务。

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