使用 QuickSearch 探索 FlyBase 数据。

Exploring FlyBase Data Using QuickSearch.

机构信息

Department of Physiology, Development and Neuroscience, University of Cambridge, Downing Street, Cambridge, United Kingdom.

出版信息

Curr Protoc. 2023 Apr;3(4):e731. doi: 10.1002/cpz1.731.

DOI:10.1002/cpz1.731

PMID:37014762

原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC10088454/

Abstract

FlyBase (www.flybase.org) is the primary online database of genetic, genomic, and functional information about Drosophila melanogaster. The long and rich history of Drosophila research, combined with recent surges in genomic-scale and high-throughput technologies, means that FlyBase now houses a huge quantity of data. Researchers need to be able to query these data rapidly and intuitively, and the QuickSearch tool has been designed to meet these needs. This tool is conveniently located on the FlyBase homepage and is organized into a series of simple tabbed interfaces that cover the major data and annotation classes within the database. This article describes the functionality of all aspects of the QuickSearch tool. With this knowledge, FlyBase users will be equipped to take full advantage of all QuickSearch features and thereby gain improved access to data relevant to their research. © 2023 The Authors. Current Protocols published by Wiley Periodicals LLC. Basic Protocol 1: Using the "Search FlyBase" tab of QuickSearch Basic Protocol 2: Using the "Data Class" tab of QuickSearch Basic Protocol 3: Using the "References" tab of QuickSearch Basic Protocol 4: Using the "Gene Groups" tab of QuickSearch Basic Protocol 5: Using the "Pathways" tab of QuickSearch Basic Protocol 6: Using the "GO" tab of QuickSearch Basic Protocol 7: Using the "Protein Domains" tab of QuickSearch Basic Protocol 8: Using the "Expression" tab of QuickSearch Basic Protocol 9: Using the "GAL4 etc" tab of QuickSearch Basic Protocol 10: Using the "Phenotype" tab of QuickSearch Basic Protocol 11: Using the "Human Disease" tab of QuickSearch Basic Protocol 12: Using the "Homologs" tab of QuickSearch Support Protocol 1: Managing FlyBase hit lists.

摘要

FlyBase（www.flybase.org）是关于黑腹果蝇的遗传、基因组和功能信息的主要在线数据库。果蝇研究的悠久而丰富的历史，加上最近基因组规模和高通量技术的激增，意味着 FlyBase 现在拥有大量的数据。研究人员需要能够快速直观地查询这些数据，而 QuickSearch 工具就是为满足这些需求而设计的。该工具方便地位于 FlyBase 主页上，并组织成一系列简单的选项卡界面，涵盖了数据库中的主要数据和注释类。本文介绍了 QuickSearch 工具的所有方面的功能。有了这些知识，FlyBase 用户将能够充分利用 QuickSearch 的所有功能，从而更方便地访问与其研究相关的数据。© 2023 作者。Wiley Periodicals LLC 出版的《当代协议》。基础方案 1：使用“搜索 FlyBase”选项卡中的 QuickSearch 基础方案 2：使用“数据类”选项卡中的 QuickSearch 基础方案 3：使用“参考文献”选项卡中的 QuickSearch 基础方案 4：使用“基因组”选项卡中的 QuickSearch 基础方案 5：使用“途径”选项卡中的 QuickSearch 基础方案 6：使用“GO”选项卡中的 QuickSearch 基础方案 7：使用“蛋白结构域”选项卡中的 QuickSearch 基础方案 8：使用“表达”选项卡中的 QuickSearch 基础方案 9：使用“GAL4 等”选项卡中的 QuickSearch 基础方案 10：使用“表型”选项卡中的 QuickSearch 基础方案 11：使用“人类疾病”选项卡中的 QuickSearch 基础方案 12：使用“同源物”选项卡中的 QuickSearch 支持方案 1：管理 FlyBase 命中列表。