通过氨酰化作用使用质谱鉴定与 tRNA 结合的氨基酸的方案。

Protocol to identify amino acids bound to tRNA by aminoacylation using mass spectrometry.

机构信息

Universität des Saarlandes, Biologische Experimentalphysik, Zentrum f. Biophysik, Naturwissenschaftlich-Technische Fakultät, B2 1, Campus, 66123 Saarbrücken, Germany.

出版信息

STAR Protoc. 2023 Sep 15;4(3):102504. doi: 10.1016/j.xpro.2023.102504. Epub 2023 Aug 15.

DOI:10.1016/j.xpro.2023.102504

PMID:37585296

原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC10436234/

Abstract

tRNA-bound amino acids often need to be identified, for instance, in cases where different amino acids compete for binding to the same tRNA. Here, we present a mass-spectrometry-based protocol to determine the amino acids bound to tRNA by aminoacylation. We detail how to perform the aminoacylation reaction, the preparation of the aminoacyl-tRNA for measurement, and the mass spectrometric analysis. We use arginine acylation as an example; however, this protocol can be applied to any other amino acid.

摘要

tRNA 结合的氨基酸通常需要被鉴定，例如，在不同的氨基酸竞争结合同一 tRNA 的情况下。在这里，我们提出了一种基于质谱的方法来确定通过氨酰化结合到 tRNA 的氨基酸。我们详细介绍了如何进行氨酰化反应，如何制备用于测量的氨酰-tRNA，以及如何进行质谱分析。我们以精氨酸酰化为例；然而，此方案可应用于任何其他氨基酸。