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一个高质量基因组和两个转录组数据集，用于研究 Mantamonas 新物种，这是一个分支很深的真核生物进化枝。

One high quality genome and two transcriptome datasets for new species of Mantamonas, a deep-branching eukaryote clade.

机构信息

Unité d'Ecologie Systématique et Evolution, CNRS, Université Paris-Saclay, AgroParisTech, Gif-sur-Yvette, France.

Department of Biology, University of Oxford, Oxford, United Kingdom.

出版信息

Sci Data. 2023 Sep 9;10(1):603. doi: 10.1038/s41597-023-02488-2.

DOI:10.1038/s41597-023-02488-2
PMID:37689692
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC10492846/
Abstract

Mantamonads were long considered to represent an "orphan" lineage in the tree of eukaryotes, likely branching near the most frequently assumed position for the root of eukaryotes. Recent phylogenomic analyses have placed them as part of the "CRuMs" supergroup, along with collodictyonids and rigifilids. This supergroup appears to branch at the base of Amorphea, making it of special importance for understanding the deep evolutionary history of eukaryotes. However, the lack of representative species and complete genomic data associated with them has hampered the investigation of their biology and evolution. Here, we isolated and described two new species of mantamonads, Mantamonas vickermani sp. nov. and Mantamonas sphyraenae sp. nov., for each of which we generated transcriptomic sequence data, as well as a high-quality genome for the latter. The estimated size of the M. sphyraenae genome is 25 Mb; our de novo assembly appears to be highly contiguous and complete with 9,416 predicted protein-coding genes. This near-chromosome-scale genome assembly is the first described for the CRuMs supergroup.

摘要

曼塔虫长期以来被认为是真核生物树中的一个“孤儿”谱系，可能在最常被假定的真核生物根部附近分支。最近的系统基因组分析将它们与 collodictyonids 和 rigifilids 一起置于“CRuMs”超群中。这个超群似乎在 Amorphea 的基部分支，因此对于理解真核生物的深层进化历史具有特殊意义。然而，由于缺乏代表性物种和与之相关的完整基因组数据，阻碍了对它们的生物学和进化的研究。在这里，我们分离并描述了两种新的曼塔虫，Mantamonas vickermani sp. nov. 和 Mantamonas sphyraenae sp. nov.，对于每一种，我们都生成了转录组序列数据，以及后者的高质量基因组。M. sphyraenae 基因组的估计大小为 25Mb；我们的从头组装似乎具有高度的连续性和完整性，预测了 9416 个蛋白质编码基因。这个近染色体规模的基因组组装是首次为 CRuMs 超群描述的。

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